NERV 本部在进行模拟体测试实验时，蛋白壁上发现异常，经 MAGI 判明为细菌规格的第十一使徒。该使徒能够急速分裂、增殖、进化，控制模拟体后开始侵蚀 MAGI 系统，并提速 NERV 自爆。对此，律子进入 MAGI 尚未被侵蚀的 CASPER3，依靠她母亲的残存记忆为使徒写入了进化（自灭，因为进化的终点是死亡）促进程序，之后使徒歼灭。

（这一剧本中理论的篇幅较大。真嗣与美里这类易被感情支配的角色出场比较少，但平日里冷静的律子这次却有大发挥。剧中源度有一句台词是“进化的终点就是死亡”，曾任人工进化所所长的他的这句话，究竟有何含义呢。副标题中的 LILLIPUTIAN 指的就是《格列佛游记》里的小人国人。真不知道体型巨大的 EVA 如何去应付这种细菌规格的使徒。）

三号机运到后，美里也前往松代指挥启动实验，但她没告诉真嗣有关东治的事。实验中，三号机失控，原因是被第十三使徒寄生。EVA 三机出动拦截使徒，零号机与二号机相继被击败。真嗣得知三号机内有驾驶员后拒绝执行任务。于是源度命令打开初号机的 Dummy 系统，将三号机撕成了碎片。当得知三号机驾驶员仍生存而稍得安慰的真嗣看到工作人员抬出了奄奄一息的东治时，他发出了绝望的悲鸣。

（本剧本开始后，就没有从东治的视角来描写，直至最后一个画面受伤的东治被抬出，没有一个他出现的场面。这样做的目的是为了与前一话对应。但虽然如此，观众仍然能感受到三号机中的东治以及他的不安感，这感觉贯穿着本话的始终。可以说，这是本话最成功的地方。源度开启了 Dummy 系统，即让初号机以暴走的状态去攻击，或者说，就是使用类似使徒的攻击方式。其残酷的一面，不仅使真嗣的心灵深受打击，也给观者带来很大的冲击感。副标题 AMBIVALENCE 的意思是同时持有两种相互矛盾的思想的状态。攻击使徒却又不能伤着人，大概就是这样的矛盾吧。）