Après son premier combat dans l'Evangelion , Shinji est hébergé chez son énergique supérieure Misato Katsuragi. Il découvre que Tokyo-3 est une cité -forteresse bâtie dans le but de repousser les Anges . De son côté, Gendo Ikari doit rendre des comptes au Comité.

Un Ange qui a revêtu la forme d'un virus informatique s'introduit dans les locaux de la NERV et entame le piratage du super-ordinateur MAGI. Le temps presse pour Ritsuko qui doit empêcher l'ennemi invisible de prendre le contrôle de toutes les installations.

À la demande de Ritsuko Akagi, Misato Katsuragi se résigne à superviser la première sortie de l'Evangelion Unité-03. Mais peu après le début des tests, l'Eva est possédée par un Ange et se retourne contre ses concepteurs. Elle porte en elle le pilote, Toji Suzuhara, prisonnier de l'Entry Plug. Asuka Langley Sohryu, Rei Ayanami et Shinji Ikari sont appelés en renfort et, sans le savoir, Shinji va devoir affronter l'un de ses meilleurs amis dans un combat sans pitié.

La psyché d'Asuka est réduite à néant depuis son affrontement avec Arael. La jeune adolescente a quitté la maison de Misato et loge chez la déléguée de sa classe. Elle est en proie à tous les cauchemars de son passé et devient incapable de piloter (son taux de synchronisation étant à zéro). Misato se rend compte que la NERV est bien autre chose que ce qu'on a bien voulue lui expliquer. Après avoir reçu une puce contenant des informations sensibles de Ryoji, elle veut découvrir la véritable nature des Evangelions et des activités menées par Gendo et Ritsuko. Elle décide d'attendre Ritsuko au cœur du Geo-Front, arme à la main, afin d'obtenir la réponse à ses questions lorsque...