在京都的废屋里与一个奇怪的女性交谈后，加持良治依旧执行他对 NERV 的侦探工作。第二日，真嗣与源堂一起来到唯的墓前，明日香则去应付约会。晚上，美里、律子与加持一同参加了友人的结婚宴会，在回来的途中，美里向加持吐露了自己的心声。翌日，在进行间谍工作的加持被美里发觉。于是，加持将她带到了被 NERV 隐藏的莉莉斯面前。

（到了这个剧本时，美里与加持的关系已经很明了了。依旧思慕加持的美里，在她面前，友人们结婚的事实使她动摇。加持与谜之女性的密会以及在类似于脑与脊髓装置中的丽，为这一话增添了神秘色彩。本话中分别有美里与加持、真嗣与明日香的接吻场面，当然性质是不同的。“那些女人强烈地渴望得到他人的亲吻”，这个副标题在全系列中是最长的。另外此话的副标题亦是片中所用 BGM 之一。）

只要与其接触到，连精神也会被其侵食的第十六使徒将绫波丽的零号机捕获，而明日香因为同步值低下而无法操作二号机。于是，源度启动冻结中的初号机去为丽解围。但是，丽为了保护真嗣，开启了自爆程序与使徒同归于尽。而当真嗣正为此痛苦的时候，丽又出现在他面前。当夜，因被元渡出卖意志消沉的律子，将真嗣与美里带到了制造丽的器械面前。

（随着丽的再出现，相信大家也能明白为什么适格者的英文要用 Children 了吧。）

第三新东京市在多次经受使徒侵袭之后，到处是战斗遗留下来的废墟。在夕阳西沉的湖边，真嗣遇见了一位少年，他就是由 Seele 来的第五适格者，渚薰。经过沟通，真嗣对这位少年产生了好感，但渚薰的真实面目却是第十七使徒。他带领着二号机，来到 NERV 地下的亚当处。但在追来的真嗣面前，他却要求真嗣将他杀死。

（在系列节目的开始就设定了这个人型的使徒 —— 渚薰。据说原本打算早几话就让他出场的，但根据作角色设计的贞本义行先生的意思，想让这位角色显得更为珍贵一些。结果，虽然只是在一话中出场的配角，却在 96 年角川 NEW TYPE 读者人气角色排行榜中排在男性角色的第三位，由此可见角色设计的成功之处。第 24 话中有关渚薰的画面设计，都是由副监督摩砂雪来作画，而真嗣的部分也由贞本义行来出马，在制作上也是下了较大力量的。关于这话的标题，是所有标题中含义最多的一个，シ者，既可以译成“使者”，也可译作“死者”，同时，将这两个字合起来就成“渚”，也就是渚薰的姓氏。副标题是开始与结束，敲击天国的大门，这句话意味着寻求死亡的渚薰。“开始与结束”可能是表示“生与死”。）