Finalment, el NERV rep l'Evangelion 03 i comencen els vols de prova amb el nou pilot. Però el destí torna a reservar sorpreses desagradables a l'organització: un àngel s'apodera de la nova unitat i sembra el caos. L'Asuka i la Rei no poden fer res per aturar l'evangelion descontrolat. Només en Shinji el podrà neutralitzar abans que destrossi el Quarter General del NERV 3. Haurà de lluitar contra un oponent que ni tan sols coneix, però sent que un inquietant lligam l'uneix al pilot. Però en Gendo Ikari no pensa igual i és capaç de qualsevol cosa per tal de protegir els interessos del NERV i de SEELE.