Madoka y Homura luchan una dura batalla contra la Bruja Líder de su clase. Cuando los esbirros de la Bruja atacan a Madoka, Homura detiene el tiempo y utiliza un arma para ayudarla. Sin embargo, aparece una misteriosa niña que sorprende a Homura y rompe su hechizo para detener el tiempo. Mientras los secuaces de la Bruja encierran a Madoka, Sayaka regresa de la Ciudad de Kamihama justo a tiempo para salvarla. Sayaka les explica a Madoka y a Homura lo que sucedió con Mami en Kamihama, y revela la verdad acerca de las Chicas Mágicas.

Yachiyo persigue a Black Feather y a los demás para encontrar el Hotel Faint Hope, que es donde se encuentra la sede del Magius. Después de luchar contra los Uwasa de Peeking Castle Town, camina por el distrito comercial donde los Uwasas han aparecido antes para encontrar la entrada al Hotel Faint Hope. Allí, conoce a una chica mágica llamada Kuroe de la ciudad de Takarazaki y el pequeño Kyubey, pero Kuroe de repente intenta huir. Después de perseguir a Kuroe, el ex mejor amigo de Yachiyo, Mifuyu Azusa, aparece ante ella. Mifuyu explica que los métodos del Magius son necesarios para evitar que más chicas se conviertan en víctimas como Iroha ...

Dentro del rumor de la Sakura Eterna, Yachiyo y Kuroe encuentran a Iroha. Sin embargo, fue tragada por una pesadilla de Doppel. Yachiyo se despierta y desayuna con Tsuruno, Felicia, Sana e Iroha, pero sorprendentemente Kuroe también estaba allí. Yachiyo y Kuroe se dan cuenta de que están en un mundo de sueños con la pesadilla Doppel y tratan de hablar con Iroha.

Iroha conoce la existencia de Nemu Hiiragi, la mejor amiga de la hermana menor de Iroha, Ui. Iroha descubre que Nemu, que también es miembro del Magius.

Kuroe se une a Iroha mientras continúa su búsqueda mientras Sana y Felicia se encuentran con Kyouko mientras intenta robar Grief Seeds del Magius. Touka luego revela su plan de atraer a todas las Brujas en un radio de 200 km para despertar a una Bruja Artificial llamada Embryo Eve y difundir el sistema Doppel por todo el mundo.

Kuroe deja que Iroha se le adelante mientras pelea con Magius. Kuroe escucha un susurro que la deja en estado de shock: "¿Te olvidaste de mí?" Al mismo tiempo, Iroha está escuchando la voz de Ui. Felicia y Sana están confundidas sobre el plan de Magius.

The Magical Girls break into the headquarters of the Magius. After Iroha and Yachiyo reunite, they meet up with Madoka and the other girls, but are confronted by Tsuruno Yui and Mami Tomoe who have become soldiers of the Magius. Mami and Tsuruno, who are being manipulated by another entity, begin attacking the Magical Girls. Iroha and Madoka are in a bind as they are unable to fight back. As a tactic, the Magius summon countless Witches to gather in Kamihama City. The largest ever Supercell is approaching and will hit Kamihama City in six hours. The true identity of the Supercell is actually Walpurgisnacht, the most sinister and evil Witch ever.

Tsuruno, who had merged with the Uwasa, is defeated, which triggers Touka from the Magius to direct her rage toward Iroha and her friends. Touka sends the Uwasa of the Soldier Bear army to attack them. Nemu is upset with Touka’s actions and at how things aren’t turning out the way she intended. Meanwhile, Iroha finds herself alone in a strange world. She is sitting in a seat in a theater where a Magical Girl named Mel is predicting the future. When Iroha sees Mel, she remembers the past events that Touka showed her at the Memory Museum.