남다른 신체능력을 가진 고등학생 이타도리 유지. 할아버지가 돌아가신 날 밤에 주술고전의 1학년 후시구로 메구미와 만난다. 그는 이타도리가 가진 '주물'을 회수하기 위해 온 것이었지만, 공교롭게도 그 '주물'은 이타도리의 선배들에 의해 봉인이 풀린다. '주물'이 불러들인 저주의 괴물에게 습격당하는 선배들. 그곳에 이타도리와 후시구로가 달려가는데.

낯선 방에서 깨어난 이타도리는 눈앞에 있는 주술고전의 교사 고죠 사토루로부터 자신의 '비밀 사형'이 결정됐다는 말을 듣는다. 고죠는 이타도리에게 두 가지의 선택지를 말해준다. 지금 당장 사형당할 것인가, '양면 스쿠나의 손가락' 20개를 찾아 모두 집어삼킨 뒤 죽을 것인가.

마지막 1학년생인 쿠기사키 노바라를 마중 나간 이타도리, 후시구로, 고죠. 합류 후 그대로 어떤 폐빌딩 안에 숨어든 주령을 퇴치하라는 과제가 주어진다. 빌딩 안 둘로 나뉘어 주령을 탐색하는 이타도리과 쿠기사키는 아이를 인질로 잡은 교활한 주령과 대치하게 되는데.

소년원에서 발생한 긴급사태에 이타도리, 후시구로, 쿠기사키가 파견된다. 임무는 언제 특급 주령이 될지 모르는 주태와 함께 남겨진 생존자의 확인과 구출. 현장에 들어간 이타도리 일행은 무자비한 현실에 직면한다. 직후 쿠기사키이 모습이 사라지고 남겨진 이타도리와 후시구로의 앞에 특급 주령이 나타나는데.

이타도리의 죽음에 화를 곱씹는 고죠. 동료의 죽음에 풀이 죽은 후시구로와 노바라는 강해지기 위해 2학년들과 특별훈련을 시작한다. 한편, 게토 스구루도 움직이기 시작한다. 그런 와중에 죽은 줄 알았던 이타도리는...

교류회를 대비한 특훈을 하던 중. 쿠기사키와 후시구로의 앞에 교토고의 젠인 마이와 토도가 나타나 두 사람에게 싸움을 건다. 후시구로를 완력으로 짓누르는 토도. 한편, 마인의 말에 혐오감을 느끼고 쿠기사키는 마이를 도발하는데.

고등학교를 땡땡이치고 영화관에 온 요시노 준페이는 자신을 괴롭히는 학생이 얼굴이 변형되어 죽은 현장을 목격한다. '범인'을 쫓아가서 범인에게 말을 건 요시노. 그 후 사건 현장인 영화관을 찾아간 이타도리와 나나미 켄토는 두 마리의 주령과 조우하는데.

마히토와 싸우다 궁지에 몰린 나나미는 주력의 제한을 해제하고 십획주법 '와락와락'으로 지하 수로의 벽을 파괴하여 마히토에게 돌무더기를 쏟아붓는다. 한편, 요시노와 접촉한 이타도리는 영화 이야기로 요시노와 의기투합한다. 그러던 중 요시노의 어머니와 만나 집에 초대받아 요시노 가족과 더욱 친해지는데.