这是一个受到名为R.U.C的超大型企业所管理的城市。由于“极光雷击”事件中失去女儿的孤独奖金猎人罗伊，他在追捕通缉犯时反倒陷入危机，最后被一名从天而降的少女所救。这名失去记忆的少女，不知为何一直缠着罗伊不放；这时候，两名企图前来报仇的通缉犯突然出现在罗伊面前，少女为了保护罗伊竟然发挥出了惊人的力量……

罗伊隶属之猎人公司的美女所长蜜兰达，居然差点被人枪杀！由于警察过于懦弱无法信赖，蜜兰达与卡夏因此请罗伊当她们的贴身保镖。此时，少女突然又出现在罗伊面前，蜜兰达在看到这名少女之后马上就喜欢上了她。隔天，蜜兰达向罗伊提议带这名少女上街买衣服穿…

索露缇收到了一封信；为了让索露缇能正式被登录为罗伊的养女，因此市公所寄来了一封要索露缇到医院接受健康检查的通知书。由于蜜兰达帮罗伊准备的新工作，恰巧也是来自这家医院的委托，因此罗伊便带着索露缇一起前往医院…

像平常一样在路上散步的索露缇，遇到了一名迷路的少女；平安将少女送回家里的索露缇，最后和这名少女成为了好朋友。另一方面，参加R.U.C秘密实验的实验对象，居然从实验室逃到了大街上…

索露缇一行人利用久违的假日来到游泳池戏水，没想到R.U.C的成员们也刚好来到这里度假，而假扮成女服务生的罗丝居然也出现在游泳池，让周围产生了一触即发的紧张气氛。不过仔细观察后，发现似乎只有罗丝是为了某个目的而来……

罗伊刚答应接下缉捕未登录市民罪犯的任务，就在此时他接到了一通电话……。挂上电话之后，他马上放着刚接下的任务不管，头也不回地就开车出去了。当索露缇问他发生了什么事时，他只回了一句“找到我女儿了”……

罗丝突然跑到罗伊的家中住了下来，她还趁着罗伊外出时，将房间的装潢与家具改成自己喜欢的风格。看到罗丝此般的任性妄为，罗伊感到十分震怒，而此时的索露缇也只能在一旁安抚两人的情绪……

罗丝宣言要将索露缇挖角，让她一起成为盗贼，而罗丝的哥哥拉利则只给她三天的期限。就这样，罗丝开始了她的索露缇挖角大作战！罗丝虽然想尽了各种方法，试图让索露缇点头答应，但是……

罗丝与假面男子再次重逢。假面男子邀请萝丝一同外出约会，罗丝也抱著玩玩的心情答应了他，然而假面男子所准备的这场豪华约会，就算是罗丝也不免感到惊讶。就在此时，罗丝的背后出现了两个人，偷偷地监视着他们的行动……

在追捕悬赏对象时，突然发生了一起崩落意外，悬赏对象、索露缇以及罗丝等人都被卷入这起意外事件，并摔到了地下空洞里。义体救援队此时也展开了救援行动，没想到罗伊却相当冷静，因为他认为这两人不会那么简单就出事……

罗伊的生日就要到了！索露缇等人为了给罗伊一个惊喜，因此偷偷地进行准备：就在此时，逃出监狱的炸弹客霍丘正策划着一场对罗伊的复仇计划，原本平稳的生活也因此渐渐遭到破坏……

为了引诱罗伊出面，霍丘使出了将罗丝抓来当人质的卑劣手段。罗伊为了救出萝丝同时也为了清算过去，决定接受霍丘的挑战；就在同时，拉利与英特葛拉等人也各自追查着霍丘的下落。每个人的战斗，即将就此展开！

炸弹魔的事件以来，让罗伊和罗丝的关系变得僵硬。两人之间无法相互理解，就这样，时间悄悄的流逝着。索露缇一直在担心着这两个人。直到有一天，尤特付款委托了工作……

在钟塔发生那起爆炸事件之后，罗伊再次把自己关进了自己的世界。虽然索露缇等人很努力的想要替他打气，但罗伊依旧完全不理。罗伊现在的模样，彷佛回到了12年前刚失去女儿那时候的他……

因为自己不是人而是机器，所以无法抚慰罗伊的心……。抱着这种想法的索露缇，独自在距离市街相当遥远的荒野中徘徊着。索露缇茫然的走在无止尽的荒野上，最后终于因为体力不支而倒下；此时，她的身边出现了一名青年……

与青年威尔的邂逅以及别离，让索露缇的心灵得到了大幅度的成长……；就在此时，罗伊在蜜兰达的帮助下终于走出了自我封闭的灰暗生活，并准备去找索露缇。此时，在R.U.C内部以假面男子为首，开始产生了一股不寻常的气氛…。

罗伊为了寻找索露缇的下落而来到荒野，并在此遇见了一名老人；此时，索露缇已经回到蜜兰达等人的住处，并受到温暖的迎接。与渐渐找回原有生活的索露缇等人相比，R.U.C内部的“Proceed”成员们却即将遭到某项阴谋的魔爪侵袭……

罗伊与索露缇终于顺利的再次相逢，找回原有生活的两人，一起去执行了久违的猎人任务。此时，为了逃脱事业部长的阴谋，“Proceed”成员们逃出了R.U.C，并暗中等待着反击的机会……

当“Proceed”的成员们被卷进了阴谋而无路可退之际，在R.U.C地底设施秘密研发中的神秘物体也即将进入完成阶段。在下雨的街头角落，因为和同伴走失而充满了绝望感的亚克塞拉，突然有个人悄悄地出现在她身旁并替她撑伞。

由于被怀疑隐匿亚克塞拉，R.U.C的追兵开始监视索露缇等人的公寓；在这种一触即发的气氛中，罗伊收到了一个指名寄给他的包裹……。最后，假面男子和索露缇终于进行了接触！这同时也意味着他的计划即将进入收尾的最终阶段。

藏匿亚克塞拉的事终于被发现了！大群的追击队，对罗伊与蜜兰达等人居住的公寓发动攻击！即时逃出公寓的罗伊等人，逃往未登录市民所居住的地下都市……

罗伊等人企图潜入R.U.C，亚克塞拉在此时提出一项由自己当诱饵的声东击西作战。由于没有其它更好的方法，罗伊等人也只好接受此一提案，但亚克塞拉其实却有其它目的…

为什麼会发生“极光雷击”这样的灾害？R.U.C是如何成立的？当一切谜题解明之时，索露缇也找回了过去的所有记忆。“我有话得去告诉“那个人”……”，索露缇最后终于踏上R.U.C最重要的区域。

天真无邪的机械少女索露缇，她在与罗伊这段奇妙的共同生活中学到了许多事。索露缇在与众多人交流后，得到了许多无可取代的东西；为了保护这些东西，索露缇前往最后的决战。