三年前的 8 月 31 日，突如其来的“侵略者”，—艘巨大的“母舰”降落至东京上空，世界似乎迎来了终结……在那之后，绝望融入了日常生活，巨大的圆盘飘浮在上空的世界持续到现在。小山门出、中川凰兰两个高中少女，在这个走向终结的世界中，挥洒着自己的青春时代。

A large spaceship appears over Tokyo three years before the story starts. A one-sided war against the seemingly harmless aliens ensues, sparking controversy and pacifism. Despite this unique and tragic event, high school girls Koyama Kadode and Nakagawa Ouran behave as if nothing has changed. They live their days like they always have. The focus of this story is not the alien invasion, but human nature, dialogue, growing up, and life.

入試に合格し、亜衣や凛と同じ大学に通うことになった門出と凰蘭。大学では竹本ふたば、田井沼マコトと意気投合、会長の尾城先輩がいるオカルト研究会に入部してキャンパスライフが始まった。一方、宇宙からの〈侵略者〉は東京のそこかしこで目撃され、自衛隊は無慈悲な駆除活動を粛々と実行していた。上空には、傾いて煙が立ち上る母艦。政府転覆を狙い〈侵略者〉狩りを続ける過激派グループ・青共闘の暗躍。世界の終わりに向かうカウントダウンが刻まれる中、凰蘭は、またもあの不思議な少年・大葉に遭遇する…。

De repente, uma gigantesca nave alienígena surge nos céus de Tóquio. Seriam os visitantes amigos ou inimigos? Três anos se passaram sem resposta. Países até então rivais se aliam para tentar repelir os extraterrestres. Em meio a muita insegurança e informações desencontradas, os moradores da capital japonesa tentam retomar a sua rotina sem saber o que pode acontecer enquanto se questionam o sentido das escolhas que fizeram para a vida. É nesse cenário que as estudantes do Ensino Médio Ouran e Kadode irão precisar tomar decisões que impactarão diretamente em seu futuro.