被无法与人类沟通的异生物·奇居子破坏的太阳系，只剩下一小部分的人类尚存活。他们为了生存制作了如同小行星本巨大的宇宙播种船希德尼娅，并在宇宙中进行旅行。 经过了1000年后，时值希德尼娅出航纪元1009年，由地下层部培育的少年谷风长道自祖父死后而来到上层市区。并入学巨大人型兵器「卫人」的操控师训练学校，这也是谷风长道首次与外界人接触。 令谷风长道首次抱有异性意识的女性是——星白闲。 谷风长道首次的友人是无性别的科戸濑伊佐奈。 令谷风长道意识到挫折的少年是——岐神海苔夫。 在和各式各样的训练师一同度过校园生活的谷风长道，获得了首次的任务。虽然不是非常艰难的任务，但在谷风长道和队友们面前，突然出现了奇居子！遭遇沉寂了100年后的突袭，作为人类的谷风长道将如何抉择？

於2015年3月6日限定兩週上映，本作是將電視動畫第一季全12集內容再編輯並濃縮而成的總集篇，此外也新增了一些全新畫面及音效。

The year is 3394. The solar system has been long destroyed by a strange alien race called Gauna. Now humans are barely maintaining population in their seed ships - the ones they also used to escape a thousand years ago. After several years of drifting though space, Sidonia, a seed ship with a population of over 500,000 people, is once again threatened by Gauna. Follow Tanikaze Nagate, a mysterious young man from the deep corners of the ship, and his friends as they try to strike back against these gigantic creatures and at the same time learn what they really are for the sake of humanity's survival. -MAL

Eine Zusammenfassung der ersten Staffel mit zusätzlichen Scenen neuen Soundeffekten.

1,000年前に対話が一切できない異生物・奇居子によって太陽系が壊滅して以来、人類の一部は巨大な宇宙船シドニアで繁殖しつつ宇宙をさまよっていた。シドニアの地下で生活してきた少年の谷風長道は、衛人と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、やがて歴史的名機・継衛の操縦士となる。あるとき、再び奇居子が出現し……。

태양계 멸망 이후 천년, 인류는 시도니아라는 인공 방주를 타고 우주를 떠돈다. 하지만 시도니아를 노리는 우주 생명체 '가우나'에게 매일 생존의 위협을 받고 있다. 어느날 지하 세계에서 할아버지와 살고 있던 타니카제 나카테가 쌀을 훔치지 위해 지상으로 나온다. 붙잡혀 취조를 받게 된 그에게 신변 보호를 자처하는 사람이 나타나게 되고, 그는 모리토 조종사가 된다. 첫 출전에 '츠구모리'라는 기체에 타게 되면서 이목을 끌게 된 타니카제는 몇번의 출전을 통해 정식 조종사로 임명 받는다. 그리고 이에 자극을 받은 조종사 '쿠나토'는 그를 위험에 빠뜨리기 위한 어떤 계략을 준비하게 된다.

Ano 3394. O sistema solar foi destruído há muito tempo por uma estranha raça alienígena chamada Gauna. Agora os humanos mal conseguem manter a população nas suas naves de sementes - aquelas que eles também usaram para escapar há mil anos. Depois de vários anos à deriva pelo espaço, Sidonia, uma nave semeadora com uma população de mais de 500.000 pessoas, é mais uma vez ameaçada por Gauna. Siga Tanikaze Nagate, um jovem misterioso dos cantos mais profundos do navio, e seus amigos enquanto eles tentam contra-atacar essas criaturas gigantescas e ao mesmo tempo aprender o que elas realmente são para o bem da sobrevivência da humanidade.

Largometraje estrenado en cines que hace una recapitulación de la serie "Knights of Sidonia".