At the end of World War II, a top-secret Japanese submarine and an American submarine have a fatal encounter and both are lost. Fifty years later the descendants of the submarines' officers are sent by the United Nations in a new secret submarine to investigate mysterious incidents in the Antarctics that could be linked to the old submarines' disappearances, and could also be the precursor to an invasion by aliens from deep inside the Earth

Nel 1945 dopo il bombardamento atomico di Hiroshima e Nagasaki una corazzata Americana ed una Giapponese (in stile sottomarino-trivella) si scontrarono nelle acque dell'oceano pacifico. Dalla nave Giapponese chiamata Atragon però, fuggì il vice comandante che dietro ordini portò con se una preziosa alleata. Ora ai giorni nostri i rilevamenti satellitari hanno individuato un gigantesco cilindro nero che sta sciogliendo i ghiacci del Polo. Le Nazioni Unite inviano una squadra di ricerche per capire che sta succedendo, ma la tecnologia che hanno difronte e ben superiore alle loro conoscenze perchè possa essere compresa ed affrontata.