因“亚雷吉乌姆之乱”而被玛迪亚鲁教会流放的泰坦尼亚一边承受教团的追击，一边持续寻找着基立可的踪影。基立可的目的地是同伴们所居住的沙漠交易都市“古尔菲”。途中，基立可偶然邂逅了巴尼拉的女儿斯特比雅，然后便二人同行前往古尔菲。可是，都市已被觊觎权利的“黑色闪电旅团”的250台AT包围，情势相当紧张……被挑战的巴尼拉一家的羁绊，泰坦尼亚深藏心中的四年，以及基立可出现在古尔菲的目的究竟是什么！？

The fight with the Martial Church had dire consequences, and Chirico now finds himself a wanderer. An encounter with a woman called Stevia leads to a reunion with old friends, but the homecoming must wait since war refuses to leave Chirico alone.

세번째 시리즈는 보톰즈 시리즈의 정체성을 잇는 내용으로 타카하시 료스케가 직접 연출을 맡았다. 히로인 피아나의 죽음이라는 충격적인 결말 속에 막을 내렸던 '빛나는 이단' 편 이후 세상을 떠도는 키리코와 '빛나는 이단'편에 이어 등장한 테이타니아, 그리고 바닐라와 코노나의 딸 스테비아 등이 등장하여 새로운 이야기를 이끌어 간다. 보톰즈 시리즈의 가장 마지막 시간대를 다룬 '환영' 편 이전의 키리코의 행적이 그려지고 있다.