Naruto está soñando y observa como ráfagas de viento golpean a muchas personas y de un momento a otro se observa a un joven el cual tiene una mano vendada, para después pasar al zorro de Kyūbi que esta atacándolos y luego despierta. Luego Sakura visita la biblioteca y se encuentra con Sai que este busca información de cómo relacionarse con la gente y cómo tratarlos, mientras Sakura le pregunta que lee. Después se reúnen con Naruto que se asombra que Sai esté ahí y se dirigen a visitar a Kakashi. Ellos tratan de informar a Kakashi lo ocurrido en la misión pero este les dice que Yamato le ha puesto al tanto de todo y les recalca que necesitan hacerse más fuertes para poder recuperar a Sasuke. Ellos se preguntan el cómo se pueden hacer tan fuertes en tan poco tiempo y Kakashi le dice a Naruto que tiene que realizar un entrenamiento especial y que puede llegar a convertirse en un ser más poderoso que Kakashi. Cuando este le iba a decir que tipo de entrenamiento era, entra Asuma con Shikamaru, Chōji e Ino que se admiran al ver a Sai; Ino queda encantada con él. Asuma les ordena ir a comer barbacoa porque él necesita platicar con Kakashi y hasta a Shikamaru le ordenan retirarse, este regresa para hablar con ellos. Luego en el restaurante, Sai aplicando lo que aprendió en la biblioteca elogia la belleza de Ino, causando la furia de Sakura. Al final Sai le intenta decir gordo a Chōji, lo que causa una pelea entre todos.

A Kakashi le dan de alta en el hospital y va a empezar el entrenamiento especial con Naruto, pero antes le da una explicación acerca del chakra. Cada ninja puede ser de cinco tipos de chakras básicos diferentes: fuego, rayo, viento, tierra y agua. Le dice que para hacer una técnica realmente poderosa debe saber manipular el chakra y combinarlo con alguno de estos elementos. Por ejemplo el Chidori que es una técnica de rayo. Muestra unos papeles especiales que muestran que tipo de chakra es la persona, si el papel se arruga es rayo, si se moja es agua, si se quema es fuego, si se parte en dos es viento y si se hace polvo es tierra. Aparece Yamato quien muestra que puede controlar chakra de tierra y de agua (Un ninja de nivel Jōnin debería poder manipular dos tipos diferentes de chakra) y dice que él está ahí para suprimir el chakra del Kyūbi en caso de que Naruto pierda el control. Se muestra que Naruto es de chakra viento y a continuación empieza el entrenamiento. Kakashi le pide a Naruto que haga el Taju Kage Bunshin no jutsu y trate de partir las hojas de un árbol con el chakra (Una hoja por clon).La idea de este entrenamiento es que si Naruto logra dividir su trabajo en varios clones su entrenamiento especial se acortaría en poco tiempo; por ejemplo si algo que Naruto aprende en una semana si trabajó con un clon a la vez lo haría en 4 días.

Naruto sigue entrenando después de hacer el Taju Kage Bunshin no jutsu con el cual comienza a intentar romper una hoja. Mientras tanto un clon de Naruto sale a pedir consejo a otro usuario del Elemento viento, Asuma Sarutobi, quien le recomienda que tiene que afilar el chakra en partes muy finas como sus cuchillas. Tsunade se ve obligada a mandar a Sai, Sakura, Yamato y Naruto a una misión de rango B, mientras que el equipo de Asuma se dirige a otra misión. En los límites del País del fuego una aldea se encuentra destruida, cuatro Ninjas la observan desde arriba hablando de cómo cambiar el País del Fuego, su objetivo es deshacerse de Konoha, muchos serán los peligros que les aguarden, pero deberán estar preparados para destruir el mal.

El equipo Yamato se dirige hacia el punto donde habían quedado con los monjes del templo del Fuego. Yamato y Sakura se van a buscarlos mientras que Naruto desobedece dejando a Sai solo, por un problema que hubo entre los dos (Sai pensó que Naruto estaba asustado y se acercó demasiado para el gusto de Naruto). Naruto llega a un extraño lugar, cuando se adentra encuentra una tumba, en ese momento llega un chico llamado Sora_(Naruto_Shippuden) y comienzan a pelear, más tarde llegaron los monjes y el equipo Yamato que después de presentarse llegaron al templo que Naruto había estado soñando.

El objetivo por el cual habían sido elegidos los de Konoha era por que Los doce Ninjas que protegían al señor feudal, actualmente cuatro de ellos muertos, quieren ser robados por motivos desconocidos por cuatro Ninjas. Más tarde Naruto sale en busca de Sora_(Naruto_Shippuden) y lo encuentra entrenando con técnicas de viento. Naruto se da cuenta de que por alguna razón a él lo miran con los mismos ojos que lo miraban a él cuando aún era un chico. Sora le confiesa que quiere ser fuerte y vengar la muerte de su padre y juntos vuelven al templo. Mientras tanto los monjes observan que las tumbas han sido robadas y sin dudarlo más, el equipo Yamato sale en busca de ellas.

El equipo Yamato se dirigen a un único lugar donde pueden salir los ladrondes de tumbas, cuando llegan, se encuentran las cuatro tumbas dirgiendose hacia una montaña, El equipo Yamato las sigue, con Naruto y Sora por delante, dejando a el Monje solo por si hay una emergencia. Cuando Naruto y Sora los alcanzan, las tumbas desaparecen entre la tierra, Uno de los Ninjas que hizo la técnica se queda con las tumbas, y los otros tres hacen un Jutsu con el cual hace que entre montañas el equipo Yamato se disperse, y así, comienzan las peleas.

Ya separado el equipo de Yamato se enfrentan cada uno, con los tres ladrones de las tumbas.Yamato se enfreta al primero y lo engaña, haciéndole creer que quedó vencido y escapa para buscar a los demás;Sora deja atrás a Sakura y ella se encuentra en una de las trampas de los ladrones y es atacada por una araña gigante que luego es derrotada por Sai, quedando herido en su brazo. Naruto se enfrenta a la otra integrante de los ladrones de tumbas (con la habilidad de manejar los chakras de fuego, agua, rayo, tierra y viento) ella intenta besarlo pero era un kage bunshin cosa que la hace amargar y le ataca fuertemente dejando malherido de gravedad a Naruto.

El joven monje Sora, del Templo del Fuego, ahora separado del Equipo Kakashi, baja a la última tumba, encontrándose con el líder de toda esta confusión, Furiido. En medio de la pelea, Furiido alaba las habilidades de Sora, diciendo que tiene un poder divino. A su vez, le dice que era amigo de su padre, justo antes de desaparecer. Después de la pelea, Sora se dirige hacia donde esta Naruto ya que sintió que este lo llamaba y quien ahora está siendo atacado, por suerte los monjes del Templo del Fuego vienen como refuerzo y los Ninjas desaparecen. Más tarde Yamato decide llevarse a Sora a Konoha.

Asuma Sensei le reporta a Tsunade los estragos que hubo en una aldea provocados según el por el país de la lluvia, y después, el joven monje Sora conoce a Tsunade (de una manera muy peculiar) y le revela a Naruto la triste historia del pasado de su padre al que considera como héroe pero su pueblo lo considera como alguien que merecía morir, después de los problemas que tuvo Sora para adaptarse a Konoha con Akamaru y Kiba, Chōji y Rock Lee, Naruto le pide a Asuma que le muestre a Sora sus técnicas de viento y mientras Sora y Naruto entrenan para lograr dominar más sus poderes de viento, Furiido y sus secuaces atacan una aldea del clan Kohaku para el "bien" del País del Fuego.

El Equipo Kakashi se encuentra reunido, mientras Yamato les explica que Sora tomará el lugar de Sai mientras éste se recupera, Naruto y Sora entrenan con Asuma, Asuma les dice que deberán enfocar el elemento viento en el objetivo, después del entrenamiento Asuma los invita a comer ramen, ahí, Asuma le dice a Sora que se quede con él, se van a una tienda, Sora se da cuenta que Asuma le había regalado sus garras reparadas, después Sora se dirige al pueblo , en eso hace su aparición Furiido, tras una pequeña discusión con éste, Furiido le dice, que Asuma fue uno de los que mató a su padre, Kazuma, Furiido desaparece, mientras esto ocurría Tsunade se entera de que Danzō ha desaparecido, cuando Naruto se encuentra con Sora, éste está confundido por lo que Furiido le dijo, y muestra un poder escondido bastante superior a lo normal.

Los ANBU atrapan a Danzō que quería escapar de Konoha a través de la Aldea de la lluvia, Sora confronta a Asuma, éste admite que si mató al padre de Sora, y éste, enfadado se lanza a por él con su garra de la muerte que ha tomado otra forma. Después, Naruto, que había estado observando, resulta herido mientras protege a Sora del ataque de un desconocido, probablemente miembro del "NE" Furiido le dice a Sora que debe matar a Asuma y a la quinta Hokage para tomar venganza. Sora lo intenta, pero Naruto lo detiene. Sora escapa cuando Shizune y otro ninja llegan para salvar a Naruto, pero este persigue a Sora. Es ese momento una extraña tormenta deja a Konoha sin luz.

Konoha queda completamente sin luz, la villa entera se pone en estado de emergencia. Asuma, enviado por Tsunade va en busca de Naruto y Sora, finalmente, los encuentra. Asuma se da cuenta que los 4 invasores planean aniquilar la villa entera usando el poder relámpago que obtuvieron de cadáveres, reviviéndolos, Yamato se encarga de repeler los ataques, El equipo Konohamaru se encarga de llevar a toda la gente a un lugar seguro. Mientras los enemigos, que son muertos fuerzan por atacar.

Sora se niega a dejar que la aldea sea destruida, a pesar de su rencor contra Asuma. Furiido lo golpea y afirma que su padre era igual de débil. Mientras tanto, Asuma pelea contra Kitane pero al final queda atrapado en un campo eléctrico hecho por Kitane. Yamato y Sakura derrotan a sus respectivos oponentes. Shikamaru se presenta en la entrada principal para ayudar a Chöji, Ino, Rock Lee, Kiba y Akamaru, Ebisu y los otros jōnin en contra de los zombies. Dada la derrota de Fudō a manos de Yamato su técnica de resucitación se desvanece.

Naruto sigue luchando con Fūka, y descubre su punto débil, consiguiendo vencerla, mientras Sora esta con Furiido, y Asuma logra vencer a Kitane.

Asuma descubre que Furiido era uno de los 12 guardianes ninjas y recuerda la pelea en la que le hizo esa cicatriz, descubre impresionado que Furiido era el padre de Sora. Naruto trata de calmar a sora y este empieza a liberar un chakra de color rojo, entonces Furiido les explica a Naruto y Asuma que cuando el 4to hokage(Yondaime) sello al kyubi en un bebe de konoha con el chakra que andaba disperso por la zona formaron en Sora una especie de kyubi y este así puede utilizar el chakra del Jinchuriiki. Mientras Naruto hablaba con Sora, este le recrimina de que no sabe lo que siente estar solo. En ese momento llega el capitán Yamato con Sakura, después de esto Yamato atrapa a Sora con su técnica de elemento madera y Sora logra liberarse mediante su chakra ya que cada vez se hace más y más fuerte, luego llega el equipo 9 con Kiba , Akamaru y Lee. Después de la llegada de estos, Shikamaru usa su técnica de posesión de sombras y Choji atrapa a Sora con su técnica de expansion mientras tanto Naruto le cuenta que el sabe lo que es la soledad por que lo vivió y le dice a Sora que el sabe porque él tiene el kyubi sellado en su interior y que no perdió nunca tiempo en vivir la soledad sino en tratar de resaltar entonces Sora se descontrola y con el chakra del kyubi quema a Choji y libera la tercer cola del chakra del Kyūbi.

Sora esta descontrolado, no entiende nada de lo que Naruto y los demás intentan decirle mientras pelean contra el. Mientras que Fūriido y Asuma siguen peleando, Chōji, Shikamaru, Kiba y Akamaru atacan a Sora, pero es imposible, así que deciden dejarle el trabajo a Naruto, quien al acercarse a Sora, el chakra de Kyubi, se traspasa también al cuerpo de Naruto. Cuando Sora consigue sacar las cuatro colas, Naruto se niega a sacarlas también, mientras que hay un enfrentamiento entre el y el Kyubi, por suerte consigue quitarse el chakra del Kyubi de encima, gracias a su fuerza de voluntad, mientras que Sora, esta apunto de convertirse en nada más y nada menos que el mismísimo Kyubi.

Sora transformado golpea a Naruto, Sakura trata de ayudarlo pero Sora ataca a todos. Yamato logra protegerlos con su mokuton mientras Naruto protege a Sakura con su cuerpo, finalmente Naruto logra que Sora entre en razón, volviéndolo a la normalidad. Asuma logra matar a Furido donde hace aparición nuevamente Sai. al final del episodio aparecen Hidan y Kakuzu, dos miembros de Akatsuki, persiguiendo a una mujer llamada Yugiito Nii, el jinchūriki del bijū de dos colas.