Après le combat face au Last Ninja, l'armée des Yokai est libérée une fois de plus et il est temps que les cinq descendants du Last Ninja, Takaharu, Fuuka, Yakumo, Nagi et Kasumi deviennent les futur Ninningers afin de protéger le monde de l'armée des Yokai. Takaharuqui lui revient enfin dans sa ville natale quand une horde d'ashigaru attaque sa demeure.

Après leur premier affrontement face à l'armée Yokai, les cinq Ninningers s'entrainent au Dojo Ninja. Takaharu, lui donne des conseils à Ninjutsu aux autres, mais Yakumo, qui est un génie à ce sujet, n'est pas d'accord avec lui. Les cinq héros commencent leur entraînement au ninjutsu. Cependant, Takaharu confronte Yakumo, qui adopte une attitude assez froide.

Nagi est obsédé par les diplômes et les tests. Sa formation ninja ne fait pas une exception à un point qu'il porte ses manuels tout le temps. Lorsque le Yokai Kasha apparaît et Nagi, voulant être au même niveau que Takaharu et Yakumo, décide de l'affronter seul en ayant un plan soigneusement basé sur les principes et les stratégies de ses livres.

Pendant ce temps, Kyuemon Izayoi, assistant de l'armée des Kibaoni, apparaît devant Takaharu. Gabi Raizo, le Général en Chef de l'armée des Kibaoni, apparait devant Yakumo, Fuuka et Kasumi. Ils remarquent que les Pouvoirs de Gabi Raizo sont bien au dessus de les leurs.

Les Ninningers continuent de s'entraîner alors que Takaharu prend une pause car celui-ci à un niveau bien plus élevé. Jusqu'à ce que le Yokai Tsuchigumo attaque. Pendant ce temps, Kyuemon essaie d'ordonner à Gabi de recueillir des peurs humaines, mais celui-ci refuse son ordre.

Lorsqu'un nouveau Yokai, Ungaikyo, apparaît en ville. lorsque les Ninningers arrivent, ils constatent qu'il vient de donner des ballons aux enfants. Le Yokai affirme qu'il veut simplement être populaire. Les ninjas décident de regarder pendant un certain temps, à tour de rôle. Cependant, Kasumi est incapable de dormir assez car elle poursuit ses études universitaires. Elle rêve de devenir scientifique, mais a commencé à avoir des doutes quant à savoir si elle peut être à la fois étudiante et Ninninger. C'est à ce moment que Takaharu et Ungaikyo disparaissent ...

Les Ninningers débutent un examen de mi-parcours pour voir s'ils ont progressé durant leur entraînement. Cependant, seul Takaharu refaire l'examen. Pendant ce temps, le Youkai Tengu apparaît et les quatre autres Ninninger le font face. Cependant, Raizo apparaît et l'équipe n'est pas taille face à lui. Insatisfait, il demande qu'ils lui ramènent Takaharu. Le Tengu décident de prendre Fuuka en otage.Durant ce temps, Kyuemon apparaît devant Yoshitaka et lui offre gratuitement Fuuka en échange du "Shuriken of the End".

Après la défaite subie par l'équipe contre Gabi Raizo, Tsumuji décide d'emmener deux nouveaux enseignants au Ninninger, et il s'agit du Kakurangers Red Ninja Sasuke et le Hurricaneger Hurricane Red Yousuke Shiina. Après avoir vu les Ninningers en action, les enseignants annoncent sévèrement que l'équipe manque de force et que Takaharu n'est pas à la hauteur pour être le leader des Ninninger.

Bien qu'ayant battu le Youkai Nekomata, celui-ci revient de nouveau à la vie mais Takaharu et Fuuka arrivent à le poursuivre et se trouve dans le passé et rencontrent une version plus jeune d'eux même et les sauvent de Nekomata. A présent, ils doivent vaincre le Youkai Nekomata et gagner du temps et de l'espace avant qu'il ne soit trop tard.

La mère de Yakumo, Harukaze Katou arrive en ville de sorte à prendre Yakumo et le ramener en Angleterre et lui annonce aussi par la même occassion qu'il n'a plus à être le AoNinger. Cependant, le Youkai Ittan-momen attaque. Que choisira Yakumo : Continuer à être le AoNinger ou revenir en Angleterre de sorte à finir son apprentissage de la magie ?

Yoshitaka a été attaqué. L'équipe crée un plan pour attirer celui qui a attaqué leur grand-père. Le coupable, qui est tombé directement dans le piège, était Kinji. Après que l'équipe l'entoure, il se transforme en StarNinger. Ses techniques éclatantes envoient les Ninningers prennent une nouvelle défaite. Pendant ce temps, le Yokai Daidarabotchi apparaît. Les Ninningers arrivent sur la scène mais ils voient que Kinji déjà là. Quelles sont ses intentions en venant au Japon?

Yoshitaka a dit à Kinji qu'il le prendrait en tant que disciple que si et seulement si il peut vaincre ses petits-enfants. Kinji devient une sorte de servante au dojo d'Igasaki en s'occupant maintenant de tout le monde. Cependant, en même temps, il prend même la moindre opportunité d'attaquer pour que la bataille puisse commencer n'importe où. Pendant ce temps, Gabi Raizo, voulant régler ces comptes avec le "rouge", demande à Kyuemon de mettre les choses en place pour pouvoir se battre et en échange, il se concentrera sur le retour de Gengetsu. C'est alors que le Yokai Enraenra et le Gashadokuro apparaissent. Takaharu monter sur Shinobimaru et Yakumo sur Dragomaru pour faire face au Gashadokuro tandis que Kasumi et le reste font face à Enraenra. Cependant, Shinobimaru s'enfuit soudainement et se cache dans les montagnes. Il semble avoir quelque chose à dire à Takaharu. Kasumi met en place un traducteur OtomoNin et l'équipe demande à Shinobimaru ce qu'il ressent.

Les six Ninningers doivent trouver un moyen de travailler ensemble afin de combiner le Shurikenjin et le Bison King et le Roi Shurikenjin afin d'arrêter le puissant Gabi Raizo, une fois pour toutes. Pendant ce temps, Kyuemon prépare les préparatifs afin de refaire revivre un général tombé pendant que Gabi Raizo débute sa dernière bataille face aux Ninningers!

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La route vers la bataille finale commence alors que Gengetsu Kibaoni et les généraux de Kibaoni sont ressusciter et décide de saccager se déplacent alors qu'AkaNinger affronte le Last Ninja.

Takaharu informe les autres que le titre de Last Ninja ne s'obtient qu'en battant le détenteur précédent et en volant lui volant sa Nintality. Les autres, tout comme Takaharu, ne sont pas capables de nuire à leur grand-père. Ensuite, Kyuemon Shingetsu Kibaoni apparaît. Les Ninningers essayent de le confronter mais maintenant que Kyuemon a maîtrisé le Shuriken Ninpo, ils ont leurs pouvoirs scellés. Le lendemain, Yoshitaka se dirige vers le château de Kibaoni de sorte à mettre fin à cette guerre une fois pour toutes, il est très rapidement suivi par les Ninningers. Tsumuji est avec eux aussi et il a trouvé quelque chose.

Les trois générations d'AkaNingers ont finalement uni leurs forces! La dernière bataille contre Gengetsu Kibaoni a commencé. L'attaque débute par une attaque coordonnée par les six Ninningers, suivie d'une frappe complète des trois AkaNingers! Enfin, ils joignent leurs forces pour un troisième coup! Cependant, Gengetsu a rassemblé des forces durant son scellement et les choses ne seront pas aussi faciles. Yoshitaka décide de faire une attaque directe une fois de plus. Cependant, Gengetsu et son fils, Kyuemon Shingetsu, ont également uni leurs forces. Qui va gagner ce combat ?!