大きな月が浮かぶ、地球とよく似た違う星。そこには、地球と同じように無数の人々が暮らしている。

食いしん坊で歌が大好きなリンと発明と科学を信奉する少年のアルは、ダンデラという辺境の村で、厳格な祖父のタルジアと２人の姉で母親代わりのメルと仲よく住んでいた。ある日、森に出かけたリンとアルは、瀕死の騎士を偶然見つける。

若い騎士の命を救うため、リンは強く禁じられている「癒やしの歌」を歌ってしまい…。

それは、恐ろしい悲劇の始まりとなった。

帰る場所を失ったリンとアルは、安全な場所を求め歩き続け、やがてアジサイが咲き誇るオルテジアの村へたどり着いた。子どもたちを気遣う宿屋の厚意で、数日ぶりにまともな食事をし少し元気を取り戻したリンたち。そんな２人の前に、美人宮廷吟遊詩人を名乗る、セクシーすぎる女ポニーが現れた。一方、リンたちからはるか遠く離れた場所では、17歳の歌姫フィーニスが至高の歌声で数々の奇跡を起こし、王都を歓喜で包んでいた。しかし、色濃くなる戦争の影に、世界の闇はますます深くなっていく。

王都周辺の国々は、奇跡の歌の力を持つフィーニスを奪おうと策を巡らす。暗殺者を撃退した功により守護騎士に叙せられた心優しきヘンリー・レオボルトとフィーニスは、しだいに惹かれあっていく。しかし、歌姫は邪悪なルード王子の婚約者であり、2人の恋が叶うはずなどなかった。一方、吟遊詩人狩りに捕えられたリン、アル、ポニーの3人は、精霊の歌による風の力で王都軍を粉砕。そのすさまじい力におののきながらも、歩みを進めるが…。

戦争が激しさを増す中、卑劣なルード王子により最前線へ送られたヘンリー。愛するヘンリーを思うあまりフィーニスは命を削ってでも、彼の力になろうとするが…。一方、旅を続けるリンたちの前に、歌の力を利用する歌奏兵器がその異様な姿を現す。ひょんなことから、軍に雇われているアリューとモニカの姉妹と知り合ったリンは、ぶつかり合いながらも王都で演奏するという同じ夢を抱いていることを知る。そして「癒やしの歌」は、リン楽団を誕生させ、新たな絆を結んだ。

歌の力を使った大義なき征服戦争を止めるべく、王都へ馬を駆っていたレオボルトは、腐敗した役人により、関所で身柄を拘束される。また王都を目指すリン一行も、同じ関所で捕まってしまう。レオボルトと再会したリンは、吟遊詩人狩りや戦争の現実と、自分と同じく奇跡を起こす歌姫フィーニスの名を知った。そのフィーニスは、最前線にて自分の命と引き換えに、歌によって敵軍を殲滅していたが、彼女を見守るコルテも、フィーニス自身にも、限界が近づいていた…。

絶妙なチームワークと歌の力で関所を突破したリン楽団とレオボルト。リンたちは助言通りドクター・ヴァイゼンの研究所へ向かい、フィーニスや歌奏兵器の真実の一部を知る。一方、最前線の森で、ヘンリーと再会したフィーニスは、もはやあと１曲分の歌の力しか使えないほど激しく衰弱していた。さらに２人の恋心に気づいたルードは不気味な笑みを浮かべる。フィーニス、ヘンリー、コルテ、ルード…戦争の狂気が破滅のメロディを加速させていく。

フィーニスを救いたい一心のコルテは、ヘンリーと２人でルード王子から逃げるよう彼女を説得する。朝靄に紛れて遠く離れた地へ行ってほしい、と。しかし、翌朝、フィーニスのもとに現れたのは、ルード王子だった。王子は大きな犠牲の出た戦争を憂い、すべてを終わらせたいと語る。残された最後の力で「炎の歌」を歌ったフィーニスは、ありえない光景を目撃し…。一方、フィーニスを助ける決意を固めたリンは、ヴァイゼンの研究所を離れ、最前線へ到着していた。

常に霧が立ち込める灰の街で、歌奏兵器とフィーニスを見つけたリンたち。まずは歌奏兵器をなんとかしようと、ポニー、アリュー、モニカの３人は王都軍相手に一芝居打つことに。また、最初は隠れていたリンだったが、これまで幾度も自分の耳にこだましていた助けを求める叫びにこたえようと、霧の中へ歩み出す。そして、導かれたように、大地に刺さった古の剣にリンが触れたとき、彼女は自分とフィーニスとこの星の運命すべてを理解する。

歌の力を躊躇なく戦いに使い、自身の権勢欲のみに従う男・バズラ。いまや将軍の座にまで登り詰めたかつての傭兵は、灰の街で歌う女・リンの姿をとらえ、勝利の歓喜に震える。意識を失った少女の前には、あくまでも彼に立ちふさがる目障りなレオボルトがいるのみだ。若い騎士を片付けるのはたやすいだろう。抜け目なく繰り出されたバズラの一撃だったが…。ぎりぎりのタイミングでリン楽団と傭兵仲間が駆けつけ、間一髪、絶体絶命の危機は回避された。

この星の運命を決する星歌祭が近づく。野望に燃えるバズラはフィーニスを従え、飛空船にて王都へ戻った。再びヴァイゼンの研究所に集まったリン、アル、ポニー、アリュー、モニカ、レオボルトたちは、灰の街でリンが知ったフィーニスの恐ろしい目的と計画を聞く。絶望的な未来を前に、一人一人が自分の想いを明確にし、愛する人を守りたい強い意志を示す。図形譜に仕組まれたものがなんであれ、すべては明日決するだろう。天空の獅子団は王都を目指し、大空へ飛び立った。

王都を守るバズラの裏を巧みにかいたレオボルトたちだったが、歌の力を兵器にするバズラの暴虐をとどめるのは至難の業だった。苦しい戦いが続き、さらには終滅の歌も歌われ、すべてが無意味 になるかと思われた。星は刻々と大地に近づき、絶望が王都を包んでいく。しかし、その中にあっても、若き騎士と少年は諦めず、ついにその切っ先で敵を貫く。癒やしの歌もまた希望を奏で、誰も聴いたことのない歌が星歌祭のステージに響く。そして…。