Οι τελευταίοι επιζώντες του ανθρώπινου είδους πολεμούν τα BRAI, μια εξελισσόμενη οντότητα που ακροβατεί μεταξύ της καθιερωμένης ζωής και της τεχνητής νοημοσύνης.

Η έρευνα του Λέον κρίνεται επιτυχής καθώς οι νέες του δυνάμεις κυριεύουν ένα τερατώδες BRAI, αναγκάζοντας τον Κέιν να ψάξει για συμμάχους για την προστασία της πόλης.

Χωρίς να το θέλει, ο Τζέι διατάσσει τον Λέον να συνεχίσει την έρευνά του για τον ασταθή υπεροδηγό, ελπίζοντας ότι θα αποκτήσει προβάδισμα κατά των BRAI.

Νιώθοντας υπεύθυνος για το ατύχημα στον αντιδραστήρα, ο Λέον προσφέρεται να πάει στην πρώτη γραμμή όταν ένα νέου τύπου BRAI απειλεί να καταστρέψει την πόλη.

Όταν ένα φορτηγό αεροπλάνο καταστρέφεται από μια άγνωστη δύναμη, ο Λέον υποψιάζεται ότι ένα BRAI με μορφή πουλιού ευθύνεται για την κατάρριψή του.

Ο Λέον ντύνεται για να πάει στην πόλη και η Κλόε τον ακολουθεί. Πιστεύει ότι είναι ερωτευμένος, αλλά αυτός ακολουθεί ένα παράξενο φαινόμενο.

Όταν άνθρωποι μέσα στην πόλη αρχίζουν να πεθαίνουν από σφαίρες, ο Λέον και η ομάδα Πανδώρα πρέπει να βρουν τον δολοφόνο προτού υπάρξουν κι άλλα θύματα.

Η ομάδα Πανδώρα τρέχει να εντοπίσει τον ένοχο όταν ένα μέλος της τραυματίζεται. Ο Κέιν αφηγείται την ιστορία ενός διαβόητου σκοπευτή που τον άφησε να ζήσει.

Ο κύριος Γκολντ ορκίζεται να ανατρέψει τη Σεσίλ και να καταλάβει την πόλη. Ο Γκρεν ικετεύει τον Λέον να εγκαταστήσει ακόμα ένα σύστημα υπεροδηγού στο MOEV του.

Ο Λέον ελέγχει τον Μαύρο Οδηγό που ίσως επιταχύνει την εξέλιξη των BRAI και θυμάται τον επικεφαλής της ερευνητικής του ομάδας που χάθηκε στο συμβάν με τον αντιδραστήρα.

Όταν μια φονική επιδημία εξαπλώνεται έξω από την πόλη, η ομάδα πρέπει να επιλέξει αν θα προστατέψει την πόλη ή θα υποδεχτεί το κύμα των προσφύγων.

Εξαιτίας των πολλαπλών επιθέσεων των BRAI, ο αντιδραστήρας είναι ασταθής, γεγονός που κάνει τον Λέον να εικάζει ότι για αυτό ευθύνεται μια πιθανή διαρροή στον πυρήνα του.

Με την επιχείρηση να αποτυγχάνει, η ομάδα πρέπει να σταματήσει το BRAI που φέρνει σε σαρανταποδαρούσα και καταστρέφει σημαντικές εγκαταστάσεις εκτός των τειχών της πόλης.

Καθώς οι συνέπειες από τη χρήση του συστήματος υπεροδηγού γίνονται εμφανείς, ο Λέον συγκεντρώνει την ομάδα για να επιδιορθώσουν τα κατεστραμμένα MOEV τους.

Η μάχη για τον έλεγχο της πόλης ολοκληρώνεται δραματικά. Ο μυστηριώδης Ζικ, συμβουλάτορας και σύμμαχος του κυρίου Γκολντ, εμφανίζεται μπροστά στον κουρασμένο Λέον.

Με τη Σεσίλ να αναρρώνει από τα τραύματά της, ο Τζέι βάζει την Κουίνι να υποδυθεί τη σωσία της δημάρχου, εκπαιδεύοντάς την να δείχνει και να φέρεται σαν εκείνη.

Μετά από σοβαρή έλλειψη τροφίμων λόγω των επιθέσεων του BRAI, η ομάδα Πανδώρα πρέπει να συνοδεύσει με ασφάλεια ένα κομβόι με προμήθειες μέσα στην πόλη.

Ενώ ο Λέον αναρρώνει από τα τραύματα που του προκάλεσε ο Ζικ, τα μέλη της Πανδώρας που χρησιμοποιούν το σύστημα υπεροδηγού παρατηρούν ένα περίεργο φαινόμενο.

Όταν μια μυστηριώδης ενέργεια καταστρέφει ολοσχερώς μια κοντινή πόλη, η ομάδα πρέπει να βρει έναν τρόπο να αποτρέψει να συμβεί το ίδιο και στη δική της πόλη.

Όταν ένα μυστηριώδες BRAI τον προσεγγίζει, ο Νταγκ ρωτά τον Λέον αν οι προσωπικότητές τους θα παραμείνουν ίδιες αφού γίνουν ένα με τα MOEV τους.

Ο Λέον και η Κουίνι αρχίζουν να ψάχνουν την αγνοούμενη Φιόνα, οι δυνάμεις της οποίας είναι κρίσιμες για την καταστολή του πυρηνικού αντιδραστήρα.

Μια ορδή από BRAI πλησιάζει προς τα τείχη της πόλης, αλλά ο Λέον πιστεύει ότι δεν έχουν εχθρικές διαθέσεις και ζητά από τη μονάδα του Γκρεν να μην επιτεθεί.

Όταν το μυαλό του Λέον εγκλωβίζεται ανάμεσα στις πολλαπλές διαστάσεις, η Φιόνα σκέφτεται να εισβάλει στη συνείδησή του για να τον φέρει πίσω και να τον σώσει.

Ενώ το διαβολικό σχέδιο του Ζικ αρχίζει να υλοποιείται, η Σεσίλ και η ομάδα Πανδώρα προετοιμάζονται για την τελευταία αποστολή διάσωσης του κόσμου.

Ο Λέον και η ομάδα Πανδώρα προετοιμάζονται για την τελική μάχη, ενώ η μορφή του Ζικ εμφανίζεται εντός της περιμέτρου της πόλης.