De retour dans leur monde après le succès de la mission concernant Reiki, Naofumi et ses camarades se préparent à l’arrivée du Phœnix. Toutefois, les trois autres saints ancestraux semblent avoir disparu, et les tensions règnent entre les pays.

Toujours dans l’anonymat, Naofumi et son équipe enchaînent les victoires dans le sombre Colisée, ce qui augmente leur cote de popularité. Le héros retrouve par ailleurs la mystérieuse Nadia, qui combat également dans l’enceinte secrète.

Naofumi suit le marchand d’esclaves dans ses galeries. Il y rencontrera Fohl, dont l’espèce est réputée. Le jeune semi-humain tentera le tout pour le tout pour que le héros au bouclier le choisisse avec sa sœur.

Si la vie reprend dans le village de Lurolona, la nouvelle indiquant la présence de Motoyasu en Melromarc force Naofumi à revoir ses priorités. Le héros à la lance tente tout pour retrouver ses camarades.

À peine se sont-ils débarrassés de Motoyasu que Naofumi, Raphtalia et Filo se font attaquer par des inconnus aux pouvoirs très puissants. La mystérieuse S’yne jouera un rôle clé et dévoilera son identité réelle.

Le héros à l’épée subit la déchéance de son statut de héros. Lui aussi malmené et manipulé par Myne, une malédiction viendra lui apporter des pouvoirs supplémentaires, mais pas à n’importe quel prix.

L’éveil du Phœnix approche petit à petit. Naofumi met tout en œuvre pour que tout soit prêt d’ici là. Toutefois, l’arrivée d’une alchimiste dans le village viendra quelque peu troubler son élan.

Gaelion est devenu incontrôlable depuis qu’il a ingéré l’éclat de pierre du Dragon Empereur. Un plan d’urgence doit être élaboré, mais malheureusement, Filo semble gravement impactée par la situation.

Mis en difficulté face au dragon démoniaque, Naofumi et ses camarades sont sauvés de justesse par Atla. L’équipe devra rapidement mettre une stratégie en place si elle souhaite arracher Filo des griffes de l’ennemi.

De retour au village, la vie reprend son cours. Filo et Melty partent gagner des niveaux. S’yne revient et apprend alors au groupe qu’un mystérieux archer fait parler de lui au Colisée.

C’est au tour d’Itsuki d’être manipulé par Myne. Le héros à l’arc est persuadé de combattre au nom de la justice. Son ancienne coéquipière, Liscia, tentera de le raisonner dans un affrontement acharné.