Une nouvelle porte des étoiles découverte au milieu des glaces de l'Antarctique devient la nouvelle base secrète de l'armée. L'équipe Stargate Atlantis a pour mission d'explorer la galaxie Pégase, où de nombreuses planètes ont été peuplées par la civilisation humaine qui vivait autrefois dans la cité d'Atlantis. Dans cet univers encore inconnu de la Terre, la nouvelle équipe d'explorateurs rencontrera un nouvel ennemi craint de tous : les Wraith...

Un jour, une ville est anéantie.

Yuki est une jeune femme qui serait la seule survivante de cette fameuse ville après sa destruction et Takuya un homme solitaire. Ensemble, avec la lettre laissée par le père de Yuki, ils se mettent en route vers cette ville, maintenant appelée Lost, mais des obstacles inattendus se dressent sur leur chemin. Les pensées des défunts, des mystérieuses organisations secrètes et des conspirations les attendent alors qu'ils se rapprochent du mystère derrière Lost.