En la historia, Subaru Natsuki es un estudiante corriente de instituto que se pierde en un mundo alternativo, donde una preciosa chica de pelo plateado lo rescata. Para devolverle el favor decide quedarse con ella, pero el destino con el que carga la muchacha es mucho más pesado de lo que Subaru puede imaginar. Los enemigos atacan sin descanso, uno tras otro, hasta que finalmente mueren tanto él como la chica. Es entonces cuando Subaru descubre que tiene el poder de dar marcha atrás en el tiempo y volver al inicio de la historia, al punto en el que llegó al mundo desconocido. El problema es que él es el único que recuerda lo ocurrido.
Yukito es un joven viajero que se gana la vida con un espectáculo de magia y marionetas y que recorre pueblos buscando a una chica alada que vive en el cielo, una historia que su madre le contaba de pequeño, cuando ella aún estaba viva. Un día llega a una pequeña población costera en la que conoce a Misuzu, una chica de la que pronto se hace amigo y que le acoge en su casa. Con el tiempo, Yukito conoce a otros peculiares personajes (todas son chicas, que se da a entender que sienten una atracción más allá de simples amigos por él), con los cuales va profundizando su relación.
The Angel Brigade, an elite branch of the Transbaal Empire military, are assigned to search for The Lost Technology, mysterious items from the past that hold unknown powers. Led by the soon-to-retire Colonel Volcott O' Huey, the Angel Brigade travel to different planets using their specially designed Emblem Frame ships to search for Lost Technology. Unfortunately, they often mess up somehow and end up getting into all kinds of awkward and troublesome situations.
La historia se desarrolla en la Inglaterra victoriana y narra las aventuras de Lydia Carlton, de 17 años, quien es apodada "Doctora de hadas" debido a su interés en las hadas.
Su vida toma un giro de 180 grados cuando conoce a Edgar J.C Ashenbert, el "Legendario Conde Caballero Azul", y su tripulación en un viaje por mar a Londres. Edgar contrata a Lydia como asesora durante su búsqueda para obtener un tesoro: la espada que se suponía le iba a ser entregada a él por su familia.
Yuuichi Aizawa se va a vivir a la casa de su prima Nayuki, en un diferente pueblo, aunque el solía pasar las vacaciones en este pueblo, el no había vuelto desde hace 7 años y además por alguna razón el casi no guarda ningún recuerdo de lo que paso cuando solía venir a visitar el pueblo, pero a medida que va conociendo a diferentes chicas, que al parecer el nunca había visto, va recordando poco a poco importantes fragmentos de su pasado que lo llevaran a descubrir lo que le paso en este pueblo hace siete años y la razón por la que no recuerda nada acerca de esto.
La Academia de chicas Achiga en Nara derrota a la escuela Bansei en el torneo regional de Mahjong, consiguiendo avanza a las semifinales nacionales, pero pierden ante el eventual campeón, y el club Mahjong de Achiga se disuelve. Seis años más tarde, la estudiante de escuela primaria Shizuno Takakano se hace amiga de Nodoka Haramora. Las dos entran en la Academia Achiga pero Nodoka es trasladada en el segundo año. Cuando Shizuno ve a Nodoka en el campeonato individual nacional de escuelas intermedias de Mahjong, decide revivir el Achiba Mahjong Club.