Dans un monde futur dévasté et toxique, des milliers de survivants habitent un gigantesque silo souterrain. Après la transgression d'une règle d'or par leur shérif et la mort mystérieuse de plusieurs résidents, Juliette, une mécanicienne, perce peu à peu les terribles secrets du Silo.
"Secret Love Affair" raconte l'histoire d'une liaison secrète entre Oh Hye Won (Kim Hee-Ae), une femme d'une quarantaine d'années, et Lee Sun Jae (Yoo Ah-In), un homme d'une vingtaine d'années. Oh Hye Won travaille comme directrice de la planification à la fondation des arts Seo Han. Lee Sun Jae est un pianiste de génie.