Il Conte del Millennio è un'entità malvagia che aspira a distruggere il mondo utilizzando gli Akuma, delle armi biomeccaniche costituite da un nucleo meccanico posto all'interno di un corpo umano e alimentato dalle anime dei morti. Per sconfiggerlo, un ragazzo di nome Allen Walker in possesso di un'arma anti-Akuma al posto del suo braccio sinistro si unisce all'Ordine Oscuro come esorcista.

Un ragazzo solitario che vaga per le regioni artiche del Nord America incontra un lupo, e i due diventano subito amici, dipendenti l'uno dall'altro per sopravvivere all'ambiente ostile. Ma il ragazzo ha un misterioso passato, e anche il lupo è più di quanto sembri...

In una sorta di Medioevo alternativo, Guts è un formidabile guerriero mercenario che nella vita non ha conosciuto altro che guerra e violenza. Continuando a guerreggiare da campo di battaglia in campo di battaglia, Guts attira l'attenzione del carismatico leader dell'Armata dei Falchi, Grifis, il quale lo sconfigge e lo costringe a entrare a far parte della compagnia.

Nonostante il recente attacco di Akuma, i membri dell'Ordine Nero sono di buon umore e si accingono a trasferirsi in una nuova base. Subito dopo il suo arrivo, però, Allen Walker viene improvvisamente chiamato dall'Agenzia Centrale e si vede sigillare il braccio con la forza dall'Ordine. Viene quindi condotto ad un sorprendente incontro con il suo maestro, il generale Cross Marian, che gli rivela sconcertanti segreti che circondano l'enigmatico 14° Noah. Un incidente con un ladro fantasma, l'arrivo di un misterioso gruppo di Esorcisti, la morte di un importante compagno e una battaglia totale contro la Famiglia Noah: cosa significa tutto questo per Allen, Yuu Kanda e il resto dell'Ordine? Questo è solo l'inizio di una serie di strani eventi apparentemente scollegati che portano a qualcosa di molto più grande.