Avant de devenir protecteur, Kenshin était un redoutable assassin nommé Battosaï. Après sa rencontre avec l'affable Tomoe Yukishiro, tout commence à changer pour lui.
En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.
À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos...
Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio, l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.
Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu'au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé vif et laissé pour mort. Survivant et avide de vengeance, il est désormais à Kyoto où il prépare un complot avec sa troupe de guerriers pour renverser le gouvernement. Kenshin se voit donc obligé d'aller contrer les plans de Shishio pour l'avenir de son pays.
A l'époque du déclin des samouraïs, à l'aube de l'ère Meiji. Seibei Iguchi est un samouraï de basse caste. Devenu veuf, il doit s'occuper seul de ses deux fillettes, de sa mère malade, après de lourdes heures de travail comme gestionnaire d'entrepôt. Comme il rentre toujours tôt, ses amis et voisins le surnomment "Seibei le Crépuscule". Ils lui conseillent de se remarier, mais comme il est pauvre, il devra se contenter de n'importe quelle femme.C'est alors que réapparait la belle Tomoe, son amour de jeunesse, qui a divorcé d'un mari brutal. Un soir qu'ils sont ensemble, l'ex-mari, en état d'ivresse, les surprend, et provoque Seibei en duel : ce dernier arrive néanmoins à le vaincre avec une simple épée de bois, en usant de techniques enseignées par un vieux maître.La rumeur de sa victoire se répand, et son clan le désigne alors pour mater un samouraï rebelle très dangereux...
En pleine époque Shoguns, un seigneur abuse de son autorité et de sa force pour contraindre le peuple à assouvir ses envies. 13 hommes se réunissent pour former un groupe de 13 assassins, afin de mettre un terme aux méfaits du seigneur des terres. C’est ainsi que ces hommes, emplis d’abnégation, se préparent à livrer une bataille à 1 contre 1000, au nom de la justice et de la liberté…
Au cours d'une promenade dans Yokohama, Kenshin, Sanosuke, Kaoru et Yahiko assistent à une confrontation entre des marchands soûls et une jeune femme. Un samouraï, Takimi Shigure, s'interpose et vient rapidement à bout des marchands. Lui et Kenshin se lient d'amitié, mais Kenshin découvre que Takimi essaye de fomenter une révolution contre le gouvernement Meiji…
Au moment de la chute du Shogun, le samourai Kanichiro Yoshimura n'arrive plus à subvenir aux besoins de son épouse et de ses enfants. L'argent qu'il reçoit de son clan est insuffisant. Par amour pour les siens, Kanichiro est contraint de quitter son petit village. Il part à la recherche d'un clan plus important lequel pourrait le payer à hauteur de ses besoins en échange de ses services.
Un regard sur la relation entre un jeune samouraï aveugle (Kimura) et son épouse, qui fera un sacrifice pour défendre l'honneur de son mari.
En 1860, Niino, un samouraï sans maître, aspire à la gloire, mais, né de père inconnu, il ne peut justifier d'une lignée favorable. Il tente de parvenir à ses fins en se mettant au service d'un clan et de ses alliés, mais ces derniers ambitionnent de tuer un haut dignitaire du Shogunat pour régner à sa place…
Dans une maison close de Shinagawa où se retrouvent marchands, artisans et samouraïs, un jeune conteur de rakugo qui ne peut pas régler ses dettes est pris en otage par le patron des lieux.
Izo, samouraï vagabond, tombe sous l'influence du chef de clan Tosa, qui va l'amener à commettre une série d'assassinats plus brutaux les uns que les autres. Il s’aperçoit alors qu'il est totalement manipulé par le clan Tosa, devenu le bras armé des atrocités fomentées par son maître : il va alors se rebeller et devenir son premier opposant...
Shishio's plan is enacted while Kenshin and Misao help defend the city.
Set in the 19th century, "Moeyo Ken" follows the life of Toshizo Hijikata. He was the vice-commander of the Shinsengumi and fought against the Meiji Restoration.
A l'aube de la Restauration de l'empereur Meiji, un samouraï de basse caste, Munezo Katagiri, secrètement amoureux de la servante Kie, se trouve pris dans les luttes politiques entre clans. On lui ordonne de tuer son ancien ami Hazama, condamné à la suite d'un complot qui a ébranlé le clan. Il est écartelé entre son devoir, son amour impossible pour Kie, d'une caste inférieure, et la fidélité à son compagnon de sabre...
In the year 1868, three young men join the elite Shogitai division of the Shogunate. The Shogitai fights to the end and opposes the dismantling of the feudal military dictatorship known as the Bakufu system.
En 1866, un paysan part a la recherche de sa femme qui se prostitue a Edo, capitale du Japon.
Kawabe Mikako est une enseignante de lycée pas très concernée par le futur de ses élèves. À cause d'un application de téléphone portable, elle va se retrouver avec trois d'entre eux envoyée dans le passé, plus précisément juste avant la Restauration de Meiji. Elle va y rencontrer Katsu Kaishu, une figure historique réputée pour avoir évité une guerre civile à Edo à cette époque. Pourtant, Mikako découvre un homme apparemment sans aucune envergure, bien loin de celui décrit avec moult éloges dans les manuels d'histoire qu'elle fait apprendre à ses élèves.
At Sakurada Gate in 1860, the shogun’s chief minister and his retinue of bodyguards are ambushed and annihilated. Bearing the responsibility and shame for this failure is Shimura Kingo, master swordsman and chief of the guard. Forbidden to take his own life in atonement, he is instead tasked with hunting down the remaining assassins; however, fate intervenes and now only one is left. Devoted to his late lord and his duty, he relentlessly pursues the sole remaining assassin for the next thirteen years. But times are changing in Japan and the way of the sword has become outlawed. What does this mean for Kingo?