Els mutants són éssers humans amb alguna variació genètica que els dota de característiques especials. També són la més moderna minoria perseguida del món. Enmig d'un clima de ràbia i de persecució, el professor Xavier ha creat un institut, un refugi, per a aquests éssers poderosos. En aquest lloc, els iniciats són preparats per acceptar i dominar les seves habilitats, i posar-les al servei de la tolerància i el combat contra la creixent histèria col·lectiva que està amenaçant amb la seva existència. Però la reputació dels mutants serà encara pitjor quan un llança un devastador atac, cosa que comporta causes una pública recriminació cap a tots ells i nous poders per a la Mutant Registration Act i William Stryker, un líder militar que pretén acabar amb tots ells centrant-se a l'escola de X-Men.