Die Handlung setzt zehn Jahre nach der Rückkehr der Voyager aus dem Delta-Quadranten ein. Die Zeit der Ruhe scheint dabei zunächst einmal für die Förderation vorbei zu sein, als der Planet Reuel VII, Hauptlieferant von Dilithiumkristallen, plötzlich verschwindet. Raum und Zeit sind um das System gefaltet, um es zu isolieren. Dieses Phänomen ist nicht natürlich - es wird durch Etwas oder Jemanden verursacht. Die Föderation muss drastische Maßnahmen außerhalb ihrer normalen Gerichtsbarkeit ergreifen, um dem Problem zu begegnen. Admiral Pavel Chekov, Chef des Geheimdienstes der Sternenflotte, wendet sich daraufhin an Tuvok, der die neu formierte Section 31 leitet. Dieser stellt eine Crew aus Abtrünnigen zusammen, die von Captain Lexxa Singh angeführt wird. Sie sollen dem Problem auf unkonventionelle Weise auf den Grund gehen.

Everything the Admiral has feared for the Confederation, begins to come to pass. As a secret cabal enacts plans for galactic dominance on a scale never before seen, The Admiral and his crack team of Renegades do everything in their power to stop them. But their enemy is more powerful than they can imagine and The Admiral is left with a decision he never wanted to make. But will the sacrifice be too great?