Una richiesta di soccorso da parte del tenente Noonien-Singh costringe Spock a disobbedire agli ordini e a portare l'U.S.S. Enterprise e il suo equipaggio nello spazio conteso, rischiando nuove ostilità con i Klingon nel tentativo di aiutare il loro compagno di viaggio.

Il comandante Una deve affrontare la corte marziale con la possibilità di essere imprigionata e radiata con disonore dalla Flotta Stellare. La sua difesa è affidata a un avvocato che è anche un amica d'infanzia con il quale ha avuto un terribile litigio.

La'an viaggia indietro nel tempo fino alla Terra del XXI secolo per prevenire un attacco che altererà la storia futura dell'umanità e la porterà a confrontarsi con la sua controversa eredità.

Un incidente alla navetta porta alla rimozione del DNA vulcaniano di Spock da parte degli alieni, rendendolo completamente umano e del tutto impreparato ad affrontare la famiglia di T'Pring durante un'importante cena cerimoniale.

Data stellare 2394.8: L'Enterprise giunge alla raffineria nel nebulosa Bannon per raccogliere deuterio, ma scopre che è stata sabotata. Uhura sperimenta allucinazioni spaventose, mentre Pelia e Chin-Riley indagano. Trovano Saul Ramon, in stato confusionale e in grave pericolo. Uhura capisce che le allucinazioni sono messaggi di soccorso di una forma di vita legata al deuterio. Convincendo il capitano Pike, distruggono la raffineria, salvando gli esseri. Le tensioni tra Chin-Riley e Pelia si placano. Uhura si confida con Kirk, rivelandogli il suo dolore per la morte dei genitori e di Hemmer, trovando una soluzione insieme. Nel bar, Uhura presenta Kirk a Spock.

Un incidente durante un'indagine su un portale temporale manda i guardiamarina Beckett Mariner e Bradward Boimler nel tempo dal 24º secolo, e il capitano Pike e il suo equipaggio devono riportarli nel loro tempo prima che possano alterare la linea temporale.

Il Capitano Pike e il suo equipaggio danno il benvenuto a bordo dell'U.S.S. Enterprise a un disertore Klingon, ma la sua presenza scatena la rivelazione di alcuni scioccanti segreti.

Un incidente con un campo sperimentale di probabilità quantistica fa sì che tutti i membri della U.S.S. Enterprise si mettano a cantare in modo incontrollato, ma il vero pericolo è che il campo si sta espandendo e comincia a colpire altre navi, sia amiche che nemiche.

Quando l'U.S.S. Enterprise indaga su un attacco a una colonia ai confini dello spazio della Federazione, il capitano Pike e il suo equipaggio si trovano ad affrontare il ritorno di un formidabile nemico.