La historia se desarrolla en la ciudad de Minami Shimabara, en la prefectura de Nagasaki, el origen de los Rebeldes de Shimabara, que aterrorizaron a todo Japón a inicios del periodo Edo. También es el lugar donde el estudiante de tercer año de secundaria, Shirou, pasa sus días con sus compañeros.

Un día de verano, la amiga de la infancia de Shirou, Akane, regresa desde Tokio a Minami Shimabara. Ambos dan un paseo por la ciudad con otro amigo, Tokiya. Mientras los tres comparten recuerdos y sentimientos complejos, una misteriosa criatura llamada Goron aparece ante ellos. Este encuentro marcará el inicio de una serie de eventos que involucrarán a toda la ciudad…