The TLT is a covert international anti-monster unit established secretly to combat Space Beasts, mysterious monsters that are out to attack humans in the year 2009. One of the TLT's new recruits, Kazuki Komon, is attacked by one of them prior to reporting for duty. However, he is saved by a silver giant that he names "Ultraman". What no one knows is that the silver giant is an Ultraman — to be precise, Ultraman Nexus, ready to fight the Space Beasts to save the planet Earth.

　　故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。

　　然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。

本作是自前作《超人力霸王高斯》完結兩年後推出的電視劇系列。該系列旨在擴大受眾年齡層，採用完全連續劇形式展開劇情，採用大河劇式的系列結構，並引入了許多新的設定，例如多個變身者的出現等。廣告代理商從之前的JR東日本企畫改為電通，節目製作局則從之前的每日放送改為CBC。這是圓谷製作公司首次擔任該系列的製作，同時該系列也首次選定於早晨播出。

「新宿大災害」から5年後、レスキュー隊員･孤門一輝は非公然防衛組織TLTへの配属を突如命じられる。そこへ向かう途中で彼は謎の怪物ペドレオンに遭遇する。諦めかけた孤門を救ったのは、赤い光の中から降臨した銀色の巨人「ウルトラマン」だった。