הצבים מנסים להיפטר מהמוטציות שלהם, דונטלו משתמש בתוכנית מציאות מדומה כדי לבדוק את ההשפעות של תרופה פוטנציאלית שיצר באמצעות קריסטלי המערבולת.

לאחר שהשתלטו על ליאונרדו המוטאנט, הצבים מחזירים אותו לעצמו באמצעות טכנולוגיית קריסטל המערבולת. בתחילה נראה שהניסוי הצליח אך עד מהרה כף רגלו מתחילה לזרוח.

מונג מודיע לדרג שהוא נתקל בשני אנשים שטענו שהם מכרים ותיקים של הצבים - שרדר וקרנג!

כישורי הקרב, הכוחות והזיכרונות של הצבים, שרדר וקרנג נספגים בדרג.

דרג והצוות שלו מתכננים פלישה לכדור הארץ כדי להפוך אותו לבסיס הבית החדש שלו, אבל קודם כל הוא צריך להחזיר את השבב שלו משרדר.

ד"ר אלווין האקסלי הוכיח את המצאתו פורצת הדרך: מחשב שחושב מהר כמו המוח האנושי. הגלאבפאטר נמצא על כדוה"א ומוכן למכור את מחשב החלבון למרבה במחיר.

כשהעיר מתפרקת, הצבים יוצאים לרחוב כדי לחקור ולראות את הדראגנאוט מופיע בשמים. בעזרתו של מונג, דראג מתכנת מחדש את המשגר כדי לפתוח עיוות בחלל.

Lord Dregg launches a final attack on the Ninja Turtles.