La trama se centra en el año 4088 S.C., donde el planeta de los humanos se ve envuelto en un fenómeno denominado Lost Property que acaba destruyendo a 4nsistemas planetarios.

Por ello, la humanidad se ve obligada a vivir en colonias espaciales, y, aunque los humanos todavía tienen un planeta donde poderse alojar, el planeta Zion, deben defenderlo de unos seres llamados Victims.

Para defenderlo, crearon una especie de robots de gran poder y de gigantescas proporciones, a los que bautizaron Diosas. Sin embargo, para poder controlarlos, se requiere un entrenamiento especial y tener poderes sobrenaturales: los poderes EX. Y para entrenar a los candidatos se crea el G.O.A, una academia de adiestramiento.

El protagonista, Zero, tiene como sueño ser piloto de una de esas diosas debido a que cuando tenía 10 años, en la destrucción del planeta, vio cómo una de las diosas salvaba su colonia. Y debido a ello se inscribe en G.O.A. junto con otros candidatos.