Seaview experiences a sudden power overload and blows up, killing all hands aboard. When Admiral Nelson (who was at the Nelson Institute at the time of the accident) hears of the destruction of the Seaview, he gets an impossible to refuse offer from Mr. Pem (who survived from A Time To Die): in exchange for the use of the sub's nuclear reactor, Pem will transport Nelson back in time to before the explosion which destroyed Seaview. Once back in time, Pem renergizes his time travel device and brings the sub back even further in time to the American Civil War. Before the crew has time to absorb this, the ship is boarded by Major General Benedict Arnold! Now Nelson has to stop Pem's far-reaching plan to take over the world and avoid the explosive disentergration of Seaview.

Le Neptune subit une soudaine surcharge de puissance et explose, tuant toutes les personnes à bord. Lorsque l'amiral Nelson (qui était à l'Institut Nelson au moment de l'accident) entend parler de la destruction du Neptune, il reçoit une offre impossible à refuser de M. Pem (qui a survécu à A Time To Die) : en échange de l'utilisation du réacteur nucléaire du sous-marin, Pem transportera Nelson dans le temps, avant l'explosion qui a détruit le Neptune. Une fois dans le temps, Pem réactive son dispositif de voyage dans le temps et ramène le sous-marin encore plus loin dans le temps, jusqu'à la guerre civile américaine. Avant que l'équipage n'ait le temps d'absorber tout cela, le navire est arraisonné par le Major Général Benedict Arnold ! Maintenant, Nelson doit arrêter le plan ambitieux de Pem pour prendre le contrôle du monde et éviter la désagrégation explosive du Neptune.

Die Seaview wird durch eine Explosion zerstört. Der zwielichtige Mr. Pem soll mit einer Zeitmaschine die Seaview retten. Doch insgeheim hat Pem einen anderen Plan: Er will im amerikanischen Unabhängigkeitskrieg mit der Seaview den Königstreuen zum Sieg verhelfen.