Dans une contrée sauvage et inhospitalière, quelques années après la guerre de Sécession, une diligence dépose le Dr. Quinn au coeur de Colorado Springs, une petite ville située à la frontière des terres colonisées. La venue du premier médecin de la ville suscite la curiosité...

Une épidémie de grippe mortelle s'abat dans la région de Colorado Springs. N'ayant aucun endroit où soigner ses malades, Michaela, aidée par Sully, rouvre la pension de famille de Charlotte Cooper. L'épidémie domine et prend une ampleur inquiétante et Michaela commence à manquer de médicaments alors qu'elle-même commence à avoir les symptômes de la maladie...

Suite au télégramme de Matthew disant que Michaela était très malade, Elizabeth Quinn quitte sa chère ville de Boston et fait le voyage jusqu'à Colorado Springs pour rendre visite à sa fille. Malgré la bonne volonté de tous, les retrouvailles sont loin d'être chaleureuses...

Un camp d'immigrants s'est installé aux portes de Colorado Springs. Matthew se lie d'amitié avec Ingrid, une jeune Suédoise dont les parents viennent de mourir. Son frère, qui est accusé de vol, risque la pendaison. Kid Cole, un tireur d'élite, est engagé comme shérif...

Loren Bray, l'épicier, a contracté une hernie abdominale en transportant le nouveau piano de l'église. Refusant catégoriquement de se faire examiner par une femme, il préfère suivre les conseils de Jake, le barbier. Il risque de mourir si Michaela ne l'opère pas rapidement...

Après des années d'absence, Ethan Cooper revient à Colorado Springs pour récupérer ses trois enfants. Il implore leur pardon et réclame une seconde chance. Il est sur le point d'y parvenir mais Michaela découvre que ses intentions ne sont pas sincères...

C'est la stupeur au village : les réserves d'eau sont chargées de mercure et plusieurs personnes tombent gravement malades. Le responsable de ce désastre est Craig Harding, le propriétaire d'une exploitation minière qui pollue la rivière. Michaela tente de l'arrêter...

Le Dr. Eli, un soi-disant médecin, arrive à Colorado Springs. Il présente un remède miracle de son invention censé soigner des maladies comme le cancer. Michaela n'apprécie pas la publicité faite autour de ce produit douteux. Elle est déterminée à chasser son confrère...

Red McCall, un cow-boy solitaire, arrive en ville et dévalise le magasin de Loren. Après avoir commis son forfait, il abandonne son bébé malade au docteur Quinn et prend la fuite...

Un chasseur est engagé par la compagnie du chemin de fer pour tuer des bisons. Sully lui demande d'en laisser quelques-uns aux Indiens mais l'homme n'apprécie pas et le frappe à mort. Nuage-Dansant le retrouve et le conduit immédiatement chez le Dr. Mike...

Nuage-Dansant est capturé par les hommes du Général Custer. L'officier prononce une sentence impitoyable : la pendaison. Michaela et Sully mettent tout en oeuvre pour faire évader l'Indien. La soeur de Loren décide d'ouvrir une école de danse à Colorado Springs...

Matthew veut abandonner ses études et épouser Ingrid. Pour prouver qu'il est devenu un homme, il se soumet à un rite initiatique cheyenne. Michaela est sous le choc...

Sully est devenu un héros aux yeux de Colleen depuis qu'il l'a sauvée d'un accident mortel. Lectrice assidue de romans à l'eau de rose, la jeune fille se croit amoureuse de lui. Elle décide de se mettre volontairement en danger pour que « son prince » vienne la secourir...

Sous la surveillance de Sully, Brian fait une chute en tombant d'un arbre et se blesse à la tête. Michaela est obligée de pratiquer une opération très risquée. Pendant ce temps, les habitants de Colorado Springs évoquent la possibilité de construire une nouvelle école...

Une patiente du Dr. Quinn meurt en laissant derrière elle Zack, un petit garçon mentalement perturbé que personne ne connaît. Michaela se sent responsable de cet enfant jusqu'à ce qu'elle découvre qu'il est le fils illégitime de Hank. Zack se révèle très doué en dessin...

Daniel Watkins, un célèbre photographe de guerre, est de passage à Colorado Springs. Atteint de diabète, il perd peu à peu la vue. Il souhaite réaliser des portraits des habitants de la ville avant de devenir complètement aveugle. Une course contre la montre s'engage...