El capitán Benjamin Sisko debe demostrar que el líder klingon Gowron ha sido sustituido por un metamorfo del Dominio, que pretende controlar de esta forma el Imperio para facilitar su invasión del Cuadrante Gamma. Junto con Odo, Miles O'Brien y Worf se adentrará en el espacio klingon para desvelar la identidad del impostor.

Durante una misión de exploración del Cuadrante Gamma a bordo de una lanzadera de largo recorrido, el equipo formado por el capitán Sisko, Miles O'Brien, Jadzia Dax y Worf junto con otros tripulantes de Espacio profundo 9, observan como una nave Jem’Hadar se estrella sobre un planeta. El capitán decide regresar a la estación espacial para recuperar la nave enemiga utilizando el USS Defiant, pero durante ese tiempo otra nave del Dominio hace acto de presencia.

Grilka, una mujer klingon que estuvo casada con Quark en un matrimonio de conveniencia, llega a Espacio profundo 9. Worf se siente humillado cuando, tras enamorarse de ella solo verla, observa como ésta besa a Quark. Cuando pretende cortejarla, su acompañante le rechaza asegurando que hasta que Worf no recupere su honor entre los klingons, Grilka nunca estará con él.

En su desarrollo como escritor, Jake Sisko realiza un viaje en lanzadera junto con el doctor Julian Bashir, con intención de escribir una biografía sobre éste. Al recibir una señal de socorro de una colonia de la Federación bajo un ataque klingon, Jake convence a Bashir para acudir en su ayuda, esperando poder ver al doctor en acción, salvando vidas en primera línea de combate.

El USS Defiant está de regreso del espacio cardasiano transportando a bordo el Orbe del Tiempo Bajorano, cuando un pasajero llamado Arne Darvin, un espía camuflado, utiliza el artefacto para enviar el Defiant cerca de un sigo al pasado, a la Estación Espacio Profundo K-7, con la intención de alterar la historia asesinando al legendario capitán James T. Kirk envenenando una remesa de grano.

La felicidad de Miles O'Brien ante el regreso de su esposa Keiko desde el planeta Bajor se esfuma rápidamente al tener conocimiento de que una entidad alienígena la ha tomado como rehén, poseyéndola y amenazando su vida a menos que O'Brien realice ciertos cambios técnicos en los sistemas de Espacio profundo 9.

Worf viaja al planeta de ocio Risa, junto con Dax, Bashir, Quark y Leeta, con la intención de asentar su relación sentimental con Dax. Al llegar allí, sin embargo, se verá desalentado al descubrir que la máxima responsable en el planeta es un antiguo amor de Curzon Dax. Mientras tanto, un hombre llamado Pascal Fullerton, líder de un movimiento conservador de la moral y la cultura de la Federación, le informa que tienen la intención de destruir el sistema de gestión climático del planeta.

Tras el regreso de una misión en lanzadera, Bashir descubre como Sisko, Dax, Odo y Garak están inconscientes. Mientras él intenta que se recuperen, ellos despiertan en Terok Nor, el antiguo nombre de Espacio profundo 9 durante la ocupación cardasiana de Bajor, y descubren que de alguna forma han viajado al menos 9 años al pasado.

Odo debe escoltar a Quark en un viaje de ocho días para formar parte de un Jurado en un juicio. Poco tiempo después de salir de Espacio profundo 9 empiezan a oír un extraño sonido dentro de la lanzadera, y descubren que alguien ha escondido una bomba a bordo. Pese a que logran expulsarla de la nave, la explosión causa importantes desperfectos en ella, forzándoles a realizar un aterrizaje de emergencia en un planeta cercano en el que parecen no tener señal de radio.

Al ver un cuadro de la legendaria ciudad B’hala, de la que no se conoce su ubicación, que los cardasianos devuelven a los bajoranos tras haberlo expoliado durante la ocupación, Sisko se obsesiona con la búsqueda de la ciudad. Para lograr encontrarla inicia su investigación recreando en la holocubierta un obelisco representado en la pintura y que supuestamente indica el lugar exacto.

La muerte de Latha Mabrin, miembro del grupo de resistencia de Shakaar en el que sirvió Kira Nerys, unido a un mensaje recibido por la mayor, indica que alguien está planeando asesinar a todos los integrantes del antiguo comando. Kira realiza las gestiones para lograr que otro de los miembros, Fala, viaje a EP9 para poder garantizar su seguridad, pero durante el transporte en lanzadera también muere.

Coincidiendo con el parto de la mayor Kira, Odo adquiere en el local de Quark un recipiente que contiene a un ser de su especie, pero que es demasiado joven como para lograr alcanzar un estado sólido. Su intención de encargarse en solitario de su adiestramiento se verá alterada con la llegada del doctor Mora a Espacio profundo 9, el científico bajorano que crió a Odo en sus primeras etapas.

Garak es llamado por los oficiales de Espacio profundo 9 para descifrar un mensaje cardasiano recibido desde el Cuadrante Gamma. El sastre asegura que se trata de un mensaje irrelevante, pero es descubierto poco después tratando de abandonar la estación a bordo de una lanzadera. Al ser interrogado reconoce que se trata en realidad de una llamada de auxilio lanzada por su antiguo mentor y líder de la Orden Obsidiana: Enabaran Tain.

Numerosas tropas de diferentes orígenes se preparan en los alrededores del agujero de gusano para un inminente ataque cuando una flota Jem’Hadar pasa a través suyo, pero poniendo incomprensiblemente rumbo hacia espacio cardasiano. Gul Dukat rompe la formación y los persigue, pero en lugar de atacarlos se une a sus fuerzas, desvelando un acuerdo secreto alcanzado entre el Dominio y la Unión Cardasiana.

El doctor Lewis Zimmerman informa a Bashir que ha sido seleccionado como modelo para la nueva serie del programa médico de emergencia, por lo que realizará diversas entrevistas con amigos y familiares suyos, así como un amplio estudio de su historial. El doctor de Espacio profundo 9 no se muestra especialmente cómodo ante esta situación.

Odo queda sorprendido en Quark’s por los dotes de observación que muestra una bella mujer llamada Arissa. Inesperadamente, Arissa es capturada poco después cuando es descubierta intentando obtener información confidencial de los ordenadores de la estación. Al ser interrogada informa a Odo que quiere recuperar a su hija, que le arrebataron 15 años atrás y que uno de los pasajeros de Espacio profundo 9 tenía importante información del caso.

Gaila, el primo de Quark, llega a Espacio profundo 9 con una oferta de negocio que podría liquidar sus deudas en tan solo un mes. Quark debería encargarse de alojar y mostrar a sus clientes las diferentes armas del catálogo de su primo, pero sin quebrantar la ley gracias a el uso de las holocubiertas.

Tekeny Ghemor, el cardasiano que intentó hacerse pasar por el padre de la mayor Kira cuando fue secuestrada y quirúrgicamente alterada para hacerle creer que era cardasiana, visita a Kira como disidente por su oposición ante la alianza Cardasia-Dominio. Pese a que una enfermedad está a punto de acabar con su vida, ofrece a Kira la posibilidad de realizar un rito cardasiano por el que alguien que va a morir puede transmitir a sus familiares secretos que puedan causar daño a sus enemigos.

Acosado por su mala fortuna en los negocios, Quark decide regresar a Ferenginar, para vivir nuevamente en la casa de su madre, Ishka. Ésta lo recibe con alegría, pero al conocer las intenciones de su hijo de permanecer allí indefinidamente muestra su desacuerdo. Al entrar Quark en su antigua habitación descubre que el Gran Nagus Zeq está allí, ocultando una relación sentimental con su madre.

El general klingon Martok recibe su primera misión tras huir del campo de prisioneros del Dominio: debe encontrar la nave B’Moth, desaparecida cerca de la frontera con Cardasia. A bordo del Rotarran contará con la ayuda de Worf y Dax, que descubren como las constantes derrotas ante los Jem’Hadar han minado completamente el orgullo y la moral de los klingons de la tripulación.

Al iniciar una investigación sobre un planeta rodeado por una extraña barrera de energía, el USS Defiant se estrella en la superficie, donde descubren una colonia humana liderada por una mujer llamada Miranda O'Brien. Los colonos les informan que son en realidad sus descendientes, dado que al intentar despegar de la superficie sufrirán un accidente que los transportará 200 años al pasado y les atrapará en el planeta.

Sisko dispone de menos de once días para detener una serie de devastadores misiles camuflados que un pequeño grupo de Maquis que resisten ha lanzado hacia Cardasia. Dada la alianza entre Cardasia y el Dominio, de no lograr evitar el ataque se entraría en una guerra abierta en la que la superioridad de los enemigos de la Federación resultaría aplastante.

Durante las reparaciones de EP9, O'Brien ve como necesita algunas piezas que los replicadores son incapaces de generar, por lo que Sisko debe autorizar una misión para obtenerlas de la estación gemela, Empok Nor, en espacio cardasiano y abandonada.

Ante el avance del Dominio en el Cuadrante Alfa el capitán Sisko parece haber entrado en una depresión, que Jake trata de que supere adquiriendo una tarjeta de un jugador de béisbol legendario. Pese a convencer a Nog para ofrecerle todos sus ahorros, pierden la subasta ante un hombre llamado doctor Giger.

El capitán Sisko recibe órdenes de la Flota Estelar de evitar que más refuerzos del Dominio lleguen a territorio cardasiano. Como única posibilidad, Sisko decide desplegar una red de minas alrededor del agujero de gusano, medida que inevitablemente conduce a un rápido ataque de sus enemigos.