Shiomi Academy, una escuela secundaria de élite, cuenta con un cuerpo estudiantil de 50.000 y es el hogar de la shiomi Daitoshokan (Gran Biblioteca). También tiene una famosa leyenda urbana: una figura misteriosa llamada "El Pastor", que aparece antes de los estudiantes que trabajan duro que les conceda un deseo.

Kyotarou Kakei es un segundo año de Shiomi Academia, y le encanta leer más que cualquier otra cosa. Aparte de cuando está en clase, su nariz es casi siempre en un libro en el Daitoshokan. Su sueño es difundir su amor por la lectura a través de la biblioteca del club.

Una mañana Kyotarou consigue un extraño correo electrónico de 'El Pastor', que le dice que algo va a pasar con él que va a cambiar su destino. Esto desencadena una sensación de aprensión en su interior que le hace lanzas de nuevo a la plataforma del tren y ahorrar otro estudiante, Tsugumi Shirasaki, de perder la vida por un descarrilamiento. Tras una serie de malentendidos embargo, Kyotarou se encuentra con tres nuevos miembros unirse a su club de la biblioteca a la vez que involucrarse con Tsugumi del "Proyecto feliz".

Las preguntas siguen sin embargo; lo que es "Proyecto feliz" de Tsugumi? ¿Quién es este misterioso Pastor que les impide el envío de mensajes de correo electrónico? El año escolar está a punto de conseguir mucho más interesante para Kyotarou y sus nuevos amigos.