Dans le Japon médiéval, Ichi est une jeune orpheline, aveugle de naissance, qui gagne sa vie en jouant de la musique de village en village. Mais derrière ses airs fragiles se cache un tempérament guerrier. La jeune fille possède notamment un talent exceptionnel dans l’art de manier le sabre, arme qu’elle dissimule dans son bâton de marche.

Un aveugle d'aspect pataud fait son irruption dans la petite province de Shimosa. Nommé Ichi, il se fait vite connaître pour ses talents de masseur et pour son habileté surnaturelle aux dés. Mais une autre réputation l'a précédé : en dépit de son handicap, c'est un bretteur hors pair. Et le boss Sukegoro, du clan yakuza Iioka, entend bien s'attacher ses services dans la guerre sanglante qui gronde contre son ennemi irréductible, le clan Sasagawa. Pour Zatoichi, c'est aussi la perspective d'un combat à mort contre Hirate, un mercenaire pour lequel il s'est pris d'amitié…

Zatoichi, dont la tête a été mise à prix, vient trouver refuge dans un village qu’il visita 3 ans auparavant. Mais l’endroit est depuis tombé entre les mains du parrain Masagoro, réputé pour avoir dérobé une cargaison d’or du Shogun. Masagoro vient d’embaucher un mystérieux garde du corps (Toshiro Mifune), amoureux de la maîtresse d’un marchand, père et rival de Masagoro. Ichi se fait recruter par ce marchand et commence à entretenir une étrange amitié / rivalité avec le garde du corps. La guerre entre les clans gronde...

Ichi, appelé pour masser le seigneur du fief Kuroda, est témoin de la folie du maître. Trois samouraïs, à la demande de l'intendant du han, essayent en vain de le faire taire. Ichi se retrouve pourchassé par les hommes de main du parrain Kanbei, commandités par l'intendant du fief pour que ce terrible secret ne puisse être ébruité. Aidé par Osetsu, jeune femme qui lui rappelle étrangement son prime amour Ochiyo, il gagne Lioka dans l'intention de se rendre sur la tombe d'Hiraté au temple de Sasagawa, tenant la promesse de venir lui rendre hommage un an après sa mort...

Zatoichi nous revient plus guilleret que jamais, débutant le film par un tournoi de sumotori qu'il remportera avec beaucoup d'énergie. Mais, rassurez-vous, le pessimisme ambiant ne tardera pas à refaire vite surface. La tête de Ichi est mise à prix par un parrain local. Les yakuzas, alléchés par l'argent, n'hésitent pas à s'en prendre à lui et à périr sous sa lame. Cependant, obligé de tuer un jeune yakuza attiré par la prime, Ichi décide de se rendre au village du défunt afin de présenter ses excuses à la mère de celui-ci ainsi que pour trouver qui a mis sa tête à prix...

Ichi arrive dans une ville où il est rapidement pris à partie par Tobei, un parrain local qui lui demande de l’aider à combattre le clan rival de Doyama. Ichi trouve sur son chemin un vieil homme mourant qui lui confie la jeune Mitsu, et lui fait promettre de la ramener chez son père. Mitsu appartient à une riche famille de commerçants d’Edo, et bientôt les deux clans yakuzas voient en sa capture le moyen de toucher une confortable rançon. Ichi va devoir se frayer son chemin entre les deux gangs et échapper aux griffes vengeresses d’Hisa, la veuve d’un samouraï qu’Ichi fut amené à tuer en combat.

Plein de remords après ses précédentes aventures, Zatoichi décide de retourner dans son village natal. Il y retrouve son ancien maître d'armes, Banno, qui - loin de l'image classique du sage sifu émérite - est un fourbe personnage même enclin à extirper de l'argent à ses propres élèves. Zatoichi de son côté s'adonne aux flèches de Cupidon et en pince pour la belle Yayoi pour laquelle il fait même l'impossible promesse de disposer les armes. Malheureusement condamné à errer encore plus d'une vingtaine d'épisodes cinématographiques à venir, il est obligé d'aller à l'encontre de ses bonnes intentions et de se battre contre le frère d'un ennemi assassiné au cours du précédent épisode...

Promettant à un condamné à mort de recueillir les éléments nécessaires à sa disculpation avant son exécution, Zatoichi croise la route d'un prêtre imposteur et d'une beauté fatale, avant de confronter un notable corrompu.

Une procession officielle tourne au carnage lorsque les gardes de l'escorte tentent de tuer un jeune garçon d'origine chinoise qui a eu le malheur de se trouver sur leur route. Sa famille, qui vole à son secours, est massacrée mais les agresseurs sont à leur tour décimés par un étrange bretteur manchot, Wang Kang (Jimmy Wang Yu), venu à la rescousse de ses compatriotes. L'enfant arrive à s'enfuir et est recueilli par Zatoichi qui finit par croiser la route de Wang. Mais ils sont poursuivis par les hommes du gouvernement et des yakuzas à leur solde, qui veulent faire disparaître les derniers témoins du drame tout en accusant Wang du massacre. Ce dernier se méfie de tout le monde, y compris de Zatoichi dont il ne comprend pas la langue. Ces deux justiciers devront-ils finalement s'affronter ?

Sur son éternelle route, Ichi est chargé par un mystérieux homme de remettre une lettre à une jeune femme. Arrivé à sa destination, une ville tenue par le corrompu Jinbei, il apprend que son commanditaire n'était autre qu'un assassin en fuite, cherchant à recontacter sa sœur. Ordonné par Jinbei, il a tué un homme avant d'être trahi et exilé sur une île. Ayant juré vengeance, Zatoichi aura une nouvelle fois fort à faire pour sauver la vie de l'homme, s'occuper de l'enlèvement de sa colocatrice, croiser les fantômes de sa jeunesse et rétablir la justice.

De passage dans une auberge, Zatoichi se trouve fortuitement au chevet d'une femme à l'agonie et recueille ses dernières volontés : retrouver le géniteur de son enfant, un nommé Shokichi, artiste peintre au village de Maébara. Arrivé à destination, le masseur découvre bientôt que le père est mêlé contre son gré à un trafic d'œuvres d'art érotiques dirigé par le gouverneur local. Dès lors, deux défis attendent notre justicier aveugle : arracher Shokichi des griffes du clan yakuza à la solde de l'officier corrompu ; et convaincre l'espion shogunal Jushiro Akatsuka, dépêché sur place pour étouffer l'affaire, de l'innocence de son protégé.

Zatoichi est poursuivi à travers la campagne par un groupe de mercenaires. Grâce à la complicité de voyageurs, aveugles comme lui, il parvient à les semer. Plus tard, il croise la route d'une femme, épuisée sous le fardeau de l'enfant qu'elle porte dans ses bras. Charitable, Zato lui donne sa place dans le palanquin qui le transporte. Mais ses ennemis surgissent et tuent l'innocente, croyant éliminer le masseur aveugle. Zatoichi décide alors de prendre l'enfant sous sa protection, le temps de l'amener à son père. Le périple commence…

Le masseur aveugle Zatoichi se rend dans le village Itakura pour se recueillir sur la tombe d'un homme qu'il a tué dans des circonstances troubles, plusieurs années auparavant. Il est alors accusé à tort du vol de l'or destiné à payer les impôts de la communauté. Obligé de fuir, il trouve comme compagnon d'infortune un vieil ami, le chef yakuza Chuji, également considéré comme complice du forfait. Pour prouver leur innocence, les deux hommes vont devoir se monter rusés et démêler les fils d'une machination complexe où prend part un redoutable et énigmatique personnage, le samouraï Jushiro.

Sur un pont délabré, Zatoichi provoque involontairement la mort d’une vieille femme. Rongé par le remords, il se met à la recherche de sa fille dont il sait seulement qu’elle est prostituée à Ogiya, une maison close du port de Choshi. Il finit par la retrouver et gagne la somme nécessaire pour la racheter à la table de jeu de Mangoro, un satanique parrain qui règne sur Choshi. Zatoichi se met alors en tête de remettre la prostituée dans le droit chemin, avec une insistance qui va le rendre sourd aux cris désespérés de la population persécutée par les hommes de Mangoro.

À bord du navire qui l'emporte vers la région du Mont Fuji, Zatoichi s'immisce dans une partie de dés. Avec sa ruse habituelle, il dépouille une bande de yakuzas. Sitôt débarqué, ces derniers vont tendre un piège au masseur roublard. L'affrontement tourne court mais blesse accidentellement la fillette d'une artiste ambulante. Embarrassé, Zatoichi promet à la mère de gagner l'argent nécessaire à l'achat du coûteux remède qui pourra sauver l'enfant de la gangrène. Il est aidé en cela par Tadasu Jumonji, un samouraï errant pour lequel il s'est pris d'amitié au cours de la traversée : car celui-ci est amateur d'échecs, jeu qu'affectionne aussi le masseur. Leur mission accomplie, les deux hommes continuent de cheminer ensemble vers le Mont Fuji, prétextant la moindre halte pour tâter de l'échiquier...

In feudal Japan, blind Swordsman Zatoichi comes to the aid of a noblewoman carrying a secret treasure, and must fight cyborg ninjas and a powerful and mysterious Samurai.

La prière adressée en début d'épisode par Zatoichi de ne plus avoir à tuer ne semble pas arriver aux oreilles des Dieux, un inconnu confrontant le bretteur en un duel à la vie et à la mort. En suivant le cheval de son adversaire défait, Zatoichi arrive dans un village sous l'emprise d'un gang de yakuzas. Le chef, un habile archer, avait sciemment envoyé un homme lui devant de l'argent pour affronter Zatoichi, sachant qu'il n'allait pas faire le poids face au légendaire bretteur. Blessé par la sœur de l'homme défait, Ichi va se reposer quelque temps auprès d'elle – et finit par confronter le chef de gang, avide de prendre l'entier contrôle des champs du village. En revanche, le bretteur ne saura – une fois de plus – compter que sur sa seule personne pour faire face à l'ennemi, la lâcheté des hommes les empêchant de faire face à la menace.

Au cours de ses nombreux périples, Zatoïchi croise la route d'un prêtre aveugle, qui va remettre en question la philosophie même du bretteur aveugle et lui reprocher d'avoir donné "le mauvais exemple" à un jeune garçon en ripostant aux railleries d'un groupe de yakuzas par la violence. Les tentatives de rachat se soldent malheureusement par un échec, renvoyant péniblement le masseur à sa malédiction de ne vivre que pour combattre...

Zatoichi est attaqué sur la route par deux brigands qu'il élimine. Puis il se rend dans un village dont le médecin (joué par Takashi Shimura, le chef des Sept Samouraïs) lui propose de masser ses patients à la clinique. Mais Zatoichi est à plusieurs reprises agressé par le frère de l'une de ses deux victimes. Le "vengeur" fait partie d'une bande de criminels fugitifs qui ont trouvé refuge chez le parrain yakuza Matsugoro. Ce dernier accepte de les protéger à conditions qu'ils l'aident à se débarrasser de concurrents gênants. D'abord simple observateur, Zatoichi va progressivement se mêler des affaires de Matsugoro, d'abord en le forçant à libérer une jeune femme qu'il exploite de force, puis en s'opposant aux fuyards dont le chef, Shizu, n'est autre que le fils du médecin...

Des paysans, endettés jusqu'au cou, sont dans l'impossibilité de rembourser le chef yakuza d'une maison de jeu. Ce dernier les fait kidnapper et demande à Zatoichi de servir d'intermédiaire pour collecter la somme exigée auprès du propriétaire de la maison de jeu rivale. Quand Zato se rend compte qu'il a été manipulé dans une guerre pour le contrôle des tripots, il est trop tard : son commanditaire élimine l'autre, et accroît son pouvoir. Désormais, Zato a deux objectifs : rétablir l'injustice qu'il a contribué à provoquer, et venir en aide à la femme qu'il a involontairement condamnée à la prostitution en tuant son mari lors d'une embuscade…