故事发生在为了保护保护银河铁路而与アルフォート星团帝国激战后1年，新的威胁又向银河铁路迫近了。银河铁路的轨道上出现了原因不明的幻想空间，绝对不可能存在的街道、植被甚至还出现了美丽的大海……。连续的突发事件让银河铁路管理局陷入了前所未有的的恐慌。正在这时他们收到了从现在银河铁路已经不再停靠的的ヒーライズ星（别名：被遗忘时间的惑星）发来的微弱的求救信号。那是来自VIP银河超级特快999号的SOS求救信号。 管理局立刻派出了守护银河铁路空间安全的铁路警备队，俗称SDF(SPACE DEFENSE FORCE)的精锐天狼星小队前去营救。为了继承已故父亲和哥哥的遗志而加入SDF的主人公有纪学，为了解决这一系列的幻觉事件，向这一颗神秘惑星出发了。另一方面，向事故现场进发的星野鉄郎也收到了老邮差送来的没有署名的信，但收到信后铁郎才发现只有他能看见信上的文字。神秘的幻觉事件，被银河铁路绕过的惑星，收件人姓名消失了的信，他们能解开迷团平安回来么？

In the distant future, the planets are now connected with a massive galactic railway system. The Galaxy Express 999 has crash landed on a mysterious planet. On board are The Conductor, Killian, Maetel, and Tetsuro, a ten year-old street urchin with a heart of gold. Now it’s up to the SDF Sirius Platoon to rescue them before the Herise Time Mystery—a rift in the deep axis of time and space—repeats.