新的学年开始，忍术学园的忍蛋们陆续回校，可是一年叶组的喜三太却因未完成作业迟迟不出现。原来上学期末全学园的暑假作业都搞错了，喜三太得到的是六年级的作业，其任务是偷出大间贺时城主的兜裆布。为了找回喜三太，园长命令雾丸、新兵卫以及其他年级几名未完成作业的忍蛋前往营救喜三太。另一方面，大间贺时正与邻近的黄昏城激战，乱太郎等叶组的小忍蛋自告奋勇前往这两座城池探听敌情。新的学年，忍术学园全员出动，却面临着巨大的危机……

The Ninjutsu Academy students return from summer break to hear that due to one of Komatsuda's mistakes, all their summer homework was mixed up. As a result Kisanta, who received an assignment meant for a sixth year, has gone missing after trying to sneak into Oomagatoki Castle to steal their lord's fundoshi. A group including Shinbei and Kirimaru is sent to rescue him, but since Oomagatoki is at war with Tasogaredoki Castle it might be a difficult mission.

뒤죽박죽이 되어버린 방학숙제! 전쟁에 휘말린 소중한 친구를 구출해라! 여름방학이 끝나고 학교에 등교한 닌자보이들. 란타로, 기마루, 신베가 1학년 교실에 들어가니 교실에서는 큰 소동이 벌어지고 있었는데, 바로 키산타가 오지않은 것. 거기다가 하필 실수로 1학년부터 6학년까지의 방학숙제가 모두 뒤죽박죽 섞여버려 6학년 방학숙제가 키산타에게 배정이 되어버린 상황. 숙제의 내용은 “땅거미성 성주의 속옷을 가져와라!” 한편 땅거미성은 해질녘성과 한창 전쟁을 벌이고 있고 교장선생님의 호령으로 친구를 구하기 위해 닌자학교 학생들이 전원 출동하여 구출작전을 벌이게 되는데...