Het jaar is 21XX. Reploids zijn nu gemeengoed, nadat Dr. Cain het oude laboratorium van Dr. Light heeft herontdekt en verschillende ontwerpen heeft gebaseerd op het origineel van Dr. Light, genaamd 'Mega Man X'. X heeft zich ondertussen aangesloten bij de Maverick Hunters en werkt samen met eenheidsleider Zero onder het bevel van commandant Sigma. Het is hun taak om reploïden die gewelddadig zijn geworden te stoppen.

The year is 21XX. Reploids are commonplace now, after Dr. Cain rediscovered Dr. Light's old lab and based several designs off of Dr. Light's original, called "Mega Man X". X, meanwhile, has joined the Maverick Hunters, and works with unit leader Zero under the command of Commander Sigma. It is their job to terminate reploids who have become violent.

El año es 21XX. Los Reploides son comunes en la sociedad después de que el Dr. Cain re descubriese el viejo laboratorio del Dr. Light y basara sus diseños en el original, el llamado "Megaman X." Mientras tanto X, se ha unido a los Maverick Hunters, y trabaja con el lider de la unidad, Zero, bajo el comando del General Sigma. Su trabajo es eliminar a los reploids subversivos que se han vuelto violentos.

La historia del personaje principal X , un robot que el Dr. Light selló hace décadas porque su investigación estaba incompleta . Un mundo donde coexisten humanos y robots con circuitos de pensamiento similares a los humanos, " Reploids ", (hay robots que solo son usados ​​por humanos, y esos robots se llaman "Mechaniroids"). En un mundo así, al igual que los humanos cometen delitos, algunos Reploids y Mechaniroids también se descomponen y cometen delitos. El " Cazador Irregular " es una agencia especial organizada para destruir y borrar rápidamente a los llamados "Irregulares ".