公元2012年，MU族在东京降下，当时的驻日美军和日本自卫队联合对其进行进攻并在后期使用了战术核武器，结果是惨败，MU族使用TOKYO JUPITER割断了东京与外界的一切联系，地球上的国家组成了地球联合军与之对抗，但是在初期受到了MU的人形兵器的毁灭性打击，在TERRA成立之后，由于对MU的研究深入和科技发展，双方一度处于胶着状态，直到２０２７年，在TERRA组织的一次名为OVERLORD的渗入行动后神名绫人驾驶着RAHXEPHON投向地球联合阵线，才使这一切有所改变，旧世界毁灭新世界诞生的乐章就此开始演奏

2010年，異次元的訪客[MU]一族來到地球，由於回應人類的進攻，因此爆發了「MU大戰」。 MU最後佔據了日本的首都東京，在四周展開了巨大的防護壁將城市籠罩起來，形成被稱為“TOKYO JUPITER”的包圍網，令城市內時間與外界相差了12年，並通過洗腦使城市裡的2,300萬人相信自己是地球僅存的人類。 2015年，地球各國聯合組成的反MU組織“TERRA”，向“TOKYO　JUPITER”發動攻擊，城市中被洗腦的少年神名綾人因空襲與同學失散，在他走出隧道時，他發現天空中出現了奇怪形狀的巨大兵器“多力武”，在混亂中綾人被2個人用槍脅迫要他跟他們走，幸得一名叫紫東遙的神秘女子所救，在紫東遙帶他離開“ TOKYO JUPITER」時，由於神秘力量的作用，飛機墜落，綾人在醒後遇見了他的同學美島玲香，在玲香的指引下來到了位於東京灣的地下神殿，在那綾人見到了一棵巨大的蛋，就在他驚疑不定時，玲香唱起了歌，她的歌聲使巨蛋裂了開來，露出了裡面名為Rahxephon巨型機器人，綾人在見到Rahxephon時，奇異的與它產生了共鳴，最後綾人駕駛它和紫東遙一起衝出了“TOKYO　JUPITER”…

　　在反MU組織「TERRA」裡，綾人遇到如迷一般的少女如月久遠。由於綾人第一次來到外面世界，情緒非常煩躁，再加上Rahxephon被地球聯合軍運走，所以他被關了禁閉。在他關禁閉時，MU的巨型機器人對TERRA發起了進攻，在基地的人們快抵擋不住進攻時，綾人在禁閉室裡奇蹟般的召喚回了被運走的Rahxephon，並用Rahxephon 一舉擊敗了MU的巨型機器人的進攻，拯救了大家，綾人因此也加入了TERRA，與MU派來的巨型機器人進行了一次次的激烈戰鬥…

Kamina Ayato en Haruka Shitou, ontmoetten elkaar beide op 17 jarige leeftijd in Tokio. Het was duidelijk dat Haruka iets voor Ayato voelde. Echter, na een aanval van de Mulian op Tokio, ontstond er een barrière om de stad. Haruka wist te ontsnappen, maar Ayato zat vast. Haruka sluit zich aan bij TERRA, een organistatie die zich gespecialiseerd heeft in het verdedigen van de Mulian aanvallen. Hierbij hoopt ze haar vroegere liefde ooit terug te krijgen. Maar of zij haar missie kan volbrengen, Ayato (die inmiddels 12 jaar jonger is, omdat de barrière enkele vreemde werkingen heeft) om te brengen om zo te voorkomen dat hij de RahXephon kan gebruiken, is nog maar de vraag.

Ayato and Haruka are middle-school sweethearts whose lives take a dire turn when the mysterious Mu invade Tokyo in the year 2012. Protecting humanity from the Mu may be Ayato's destiny, but what he really wants is to regain the relationship he once had with Haruka... a love that will have to transcend space, time, and reality itself.

Ayato et Haruka, élèves dans la même classe, sont deux jeunes amoureux à qui tout semble sourire. Mais l'apparition soudaine de visiteurs venus d'une dimension alternative, les « Mû », les sépare brutalement. Tokyo se retrouve enveloppée d'un dôme d'énergie qui la coupe du monde extérieur. Si Haruka a pu s'enfuir à temps, Ayato est restée à Tokyo. Trois ans plus tard, alors qu'Ayato a presque tout oublié de sa relation avec Haruka, des envahisseurs attaquent à nouveau, plongeant Tokyo dans les affres de la guerre. Errant dans la ville à moitié détruite, Ayato rencontre une femme qui dit s'appeler Haruka Shitow et qui prétend avoir des révélations à lui faire…

L'opera è una versione alternativa della serie tv. La storia si sviluppa in un arco di tempo inferiore e molti elementi sono raccontati in modo diverso. Lo stesso approccio di Haruka nei confronti di Ayato, il ruolo marginale di Helena, Itsuki e Makoto, la scomparsa totale di personaggi quali Futagami, Sayoko e Kim, sono soltanto alcuni degli elementi che differiscono rispetto alla controparte televisiva. Alcune scene sono recap, sebbene abbiano dialoghi diversi, ma quelle nuove aggiungono nuovi elementi e chiariscono cose che si sapevano superficialmente. Tuttavia l'elemento centrale della storia rimane immutato, ovvero: la storia d'amore tra Haruka e Ayato

突如現れた謎の存在・MUによって、隔絶された東京。中に残った高校生の神名綾人は逆に外の世界が滅亡したと教えられ、恋人の同級生美嶋遙との記憶も遠くなりつつあった。その綾人の前に一人の女性が現れる。

2012년 12월 도쿄. 해질녘까지 남아 이야기를 나누던 카미나 아야토와 미시마 하루카. 그들이 있는 교실에 편지를 손에 숨긴 아사히나 히로코가 들어온다. 하루카는 가족들과 만나 도쿄를 벗어난다. 그때, 기묘한 돔 형태의 반구가 나타나 도쿄를 뒤덮는다. 아야토의 상태가 걱정되는 하루카는 아야토의 이름을 부르짖지만 이미 도쿄는 격리되어버렸다. 그로부터 3년 후. 아야토는 그전과 아무런 차이없는 생활을 보내고 있었다. 도쿄밖의 세상은 모두 멸망했는다는 이야기와 함께 하루카의 존재조차 까맣게 잊어만 갔다. 그런 평온한 매일이 지속되던 중, 정체를 알 수없는 괴물체가 도쿄를 공격한다. 공격을 피하며 도망치던 아야토의 앞에 하루카의 환영이 나타난다. 환영에 이끌려 도착한 곳에는 시토 하루카라는 이름의 소녀가 있었다. 아야토가 또다른 하루카와 만난 그 순간, 세상은 예상치 못한 방향으로 움직이기 시작한다.

Ayato Kamina foi separado da garota que amava. Três anos depois sua cidade é subitamente atacada, e Ayato conhece Haruka Shitow uma Agente da TERRA, que conta a ele a verdade sobre o mundo. Esse é o começo de uma série de eventos estranhos, que vão desde da ativação de um mecha gigantesco conhecido como Rahxephon, e dimensões alternativas até a constatação de que o próprio Ayato pode não ser humano.

ShitoHaruka, es una joven mujer de 29 años que perdió al amor de su vida en un instante. Intenta recordar "algo" muy importante para ella, y para ello se une a la institución TERRA. El objetivo de Haruka es Kamina Ayato. Es un estudiante 12 años más joven que ella. Sin embargo, Ayato era la persona por la que sentía algo cuando se fue con él a Junior High. Amantes separados en el tiempo, un entorno de ciencia ficción y la prueba de la verdad en los corazones de la gente. La película se anima con el RahXephon de Ayato y la batalla conta los Dolems. Si Ayato despierta completamente, el mundo experimentará una terrorífica situación. Para evitarlo, Haruka debe matar a Ayato. Será capaz Haruka de tomar esa decisión Y la "bella durmiente" espera el beso de Ayato. Cómo cambiará su amor

El joven Ayato Kamina ha despertado en una nueva realidad en la que la raza humana lleva quince años librando una desesperada batalla contra unas misteriosas fuerzas invasoras. Ahora, la única oportunidad de supervivencia de la humanidad pasa por descubrir todos los secretos de un gigantesco robot que sólo él puede controlar, el arma definitiva conocida como RahXephon....