A Guerra pelo Santo Graal: uma batalha violenta disputado entre sete magos, designados Mestres, que invocam os seus respetivos Servos para lutarem a seu lado. O objetivo da guerra é adquirir o Santo Graal, um artefacto omnipotente capaz de conceder qualquer desejo. Há praticamente 10 anos, 500 pessoas morreram no rescaldo da última Guerra pelo Santo Graal na Cidade de Fuyuki.

O Emiya Shirou conseguiu sobreviver graças ao seu pai adotivo, Emiya Kiritsugu, e aspira ser um justiceiro tal como Kiritsugu. Embora seja apenas um estudante, foi-lhe concedido um lugar como Mestre na 5.ª Guerra pelo Santo Graal, após ter presenciado uma batalha entre Servos e ter invocado um para si. Emiya Shirou alia-se a Toosaka Rin, sua colega e também participante na Guerra, em busca de resolver uma ameaça que paira sobre a Cidade de Fuyuki.