为了终结“影时间”而与暗影们战斗的主人公结城理一行人，在经历过失去同伴与家族之痛以后，逐渐都找到了自己战斗的意义，这时在理的面前出现了迷之转校生·望月绫时，命运的齿轮再次转动。

劇情將來到秋季。結城理和社團伙伴們與「影」之間的戰鬥看似接近尾聲。但眾人透過在「影時間」中的各種死鬥，突然發現他們以往所面對的某些人曾經歷過朋友及家人死亡，有些人則有著必須守護的重要事物，且這一切都與他們至今以來的戰鬥理念有所衝突…

The season turns to autumn. The fight of the protagonist and his group S.E.E.S. with the strange monsters called ‘Shadows’ is getting closer to the end. Makoto and his allies engage in life-or-death battles with Shadows in order to end the Dark Hour. Through the battles, some must face the deaths of friends and family, some must notice what precious things must be protected, and some must find meaning in the battles that have occurred. In front of Makoto, the mysterious transfer student Ryoji Mochizuki appears. When the group greets a new morning, the gears of fate begin to turn. A fight revolving around each of the heroes' bonds begins...

Alors que l'équipe des S.E.E.S doit affronter toujours et encore des « Shadows », ils doivent malheureusement faire face à la mort de proches. Cela leur permettant d'être plus fort, les S.E.E.S sont plus déterminés que jamais à en finir avec la « Dark Hour ». C'est à ce moment-là que Makoto fait la rencontre d'un élève plutôt mystérieux du nom de Ryoji Mochizuki, un tout nouvel élève transféré dans sa classe.

Als es Herbst wird, kämpft das Team um Makoto gegen den letzten der zwölf mächtigen Shadow Arcana, um die Schattenstunde ein für alle Mal auszulöschen. Doch was ein Sieg hätte sein sollen, wandelt sich zur Katastrophe, die alle Kämpfer in eine tiefe Krise stürzt. Der Tod von Freunden und Familienmitgliedern und die scheinbare Sinnlosigkeit ihres Kampfes nagt an allen Mitstreitern, die sich nun entscheiden müssen, welchen Weg sie einschlagen. Noch dazu weckt der seltsame neue Mitschüler Ryouji Mochizuki, der sich unbedingt mit Makoto anfreunden will, Aigis Misstrauen und auch von Seiten der Organisation Strega droht erneut Unheil. Es scheint, als ob die Freunde im Strudel der Ereignisse hilflos untergehen werden…

La battaglia del protagonista e del suo gruppo, il S.E.E.S., contro i mostri chiamati Shadow, si avvicina alla conclusione. In una battaglia tra la vita e la morte, Makoto e i suoi compagni cercano di porre fine alla Dark Hour; nella loro lotta alcuni si trovano ad affrontare la morte di amici e parenti, altri scoprono quali siano le cose importanti da proteggere e qualcuno trova finalmente il senso di questa battaglia. Davanti a Makoto appare Ryouji Mochizuki, il misterioso studente appena trasferitosi e gli ingranaggi del destino iniziano a girare...

理たち特別課外活動部はついに最後の大型シャドウを撃破する。情報によると、これで影時間も、そこに立つタルタロスの塔も消滅するはずだった。だが、戦いの終結に安堵する面々の期待をよそに、再び影時間は訪れる。困惑する一同がタルタロスに駆けつけると、そこには幾月理事長とアイギスがいた。明かされる衝撃の事実と訪れる悲劇、戦う理由を見失う仲間たち。その翌週、ふさぎ込む理の前に、謎めいた転校生・望月が現われる。

유우키 마코토는 어렸을 때 사고로 부모님을 잃고 친척의 손에 맡겨져서 다른 곳으로 이사를 갔다가 10년만에 원래 살던 곳으로 전학온다. 마코토가 전학 간 월광관 고등학교는 일반 사립인 듯 했으나 사실 페르소나 능력자들이 집합되어 있는 곳이었다. 마코토는 기숙사에서 쉐도우라는 괴물에 습격 받으면서 페르소나 능력의 존재를 각성을 한다. 마코토는 자신과 같은 페르소나 능력자들을 통해 자신이 살고 있는 세계의 이면에 있는 쉐도우라는 존재를 알게 된다. 그리고 동료들과 함께 쉐도우의 피해자들을 구하기 위해 노력하는데......

A história de Persona 3 realiza-se em uma cidade japonesa moderna, construída e financiada pela Kirijo Corporation. Devido aos acontecimentos ocorridos no passado, há uma "Dark Hour": um período de tempo que existe entre a meia-noite e o próximo dia que só poucas pessoas podem ver; aqueles que não estão conscientes se encontram congelados em caixões. A Dark Hour traz a curva da realidade; a Gekkoukan High School, onde a maioria dos personagens frequentam a escola durante o dia, à noite se torna um enorme torre com labirintos chamada "Tartarus", que possui bestas chamadas Shadows que estão à vagar e proteger certas áreas, às que se encontram fora do Tartarus, predam sobre as mentes das pessoas ainda consciente durante esse tempo, deixando as vítimas em estado quase catatônico fora da Dark Hour.

Creo que ahora empiezo a entenderlo… Tienes miedo de perder cosas, ¿verdad? Ahora es otoño. La lucha del protagonista y su grupo S.E.E.S contra las Shadows se acerca a su final. Makoto y sus aliados libran batallas a vida o muerte contra las Shadows para poner fin a la Dark Hour. A través de estas batallas, algunos tienen que enfrentarse a la muerte de amigos o familiares, otros tienen que darse cuenta de qué cosas preciadas deben proteger, y otros deben encontrar el sentido de las batallas en las que toman parte. En frente de Makoto aparece Ryoji Mochizuki, el misterioso estudiante transferido. Cuando el grupo da la bienvenida a una nueva mañana, las ruedas del destino comienzan a moverse. Una lucha que gira en torno a cada uno de los vínculos de los héroes…

Ya es otoño. La lucha de Makoto y su grupo S.E.E.S. contra los extraños monstruos llamados 'Sombras' se acerca al final. Makoto y sus aliados se involucran en batallas de vida o muerte contra las Sombras para poner fin a la Hora Oscura. A través de los combates, algunos deben enfrentar la muerte de amigos y familiares, otros deben darse cuenta de qué cosas preciosas deben protegerse y algunos deben encontrar significado en las batallas que han ocurrido. Frente a Makoto, aparece el misterioso estudiante de intercambio Ryoji Mochizuki. Cuando el grupo recibe un nuevo amanecer, los engranajes del destino comienzan a girar. Comienza una lucha que gira en torno a cada uno de los vínculos que unen a nuestros héroes...

กล่าวถึงตัวเอก ยูกิ มาโคโตะ นักเรียนหน้าใหม่ที่เพิ่งย้ายเข้ามาในโรงเรียนมัธยมปลายบนเกาะแห่งหนึ่งที่มีเรื่องเล่าของ Dark Hour ซึ่งเป็นช่วงเวลาพิเศษหลังเที่ยงคืนที่จะมีสิ่งลึกลับที่เรียกว่า Shadow ออกมาโจมตีมนุษย์ และมีเพียงเหล่าตัวเอกที่มีความสามารถพิเศษในการเรียกเพอร์โซนา (ร่างที่เกิดจากจิตใจ) เท่านั้นที่สามารถต่อกรกับพวกมันได้