Der Film spielt zu der Zeit als Shinichi noch ein Schüler war. Seine Klasse plant einen Schulausflug auf einem Boot zu unternehmen. Shinichi lehnt zuerst ab, erhält jedoch noch am gleichen Tag einen Brief von einem Unbekannten. Dieser droht mit einer Entführung auf Wasser und fordert Shinichi auf, ihn zu stoppen. Von der Idee einer Entführung auf einem Boot gereizt, nimmt er die Aufgabe an.

工藤新一（小栗旬）这晚收到挑战书，称将有他的同学在修学旅行的船上被绑架，若新一不能保护好同学，须让出“高中生名侦探”的称号。新一本对修学旅行没兴趣，这封信令他次日赶到学校与小兰（黒川智花）、园子（岩佐真悠子）及班里另外约30名同学会合。众人刚登上旅行用船，新一即把目光投向代理班主任北岛慎吾（ふかわりょう）、导游西田麻衣（水川あさみ）、船长东邦夫（松重丰）及船员南田恭介（西村和彦）等人，时刻保持着警惕。但园子仍神不知鬼不觉失踪。着手调查尚无头绪，他再接绑架预告电话。

친구들과 함께 수학여행을 떠나는 신이치. 도전장 속 경고대로 학생 한 명이 납치되는데. 사라진 친구를 찾고 더 이상의 납치를 막아야 한다. 고교생 탐정의 명예를 걸고!

Pour conserver son titre de détective au lycée, un détective adolescent doit protéger ses camarades de classe contre l'enlèvement après avoir reçu une lettre de menace.

Om zijn titel van middelbare schooldetective hoog te houden, moet een tienerspeurder zijn klasgenoten beschermen tegen ontvoering nadat hij een dreigbrief heeft ontvangen.

In order to uphold his title of High School Detective, a teen sleuth must protect his classmates from kidnapping after receiving a threatening letter.

คดีของคุโด้ ชินอิจิ ขณะที่ยังไม่ได้รับยา APTX4869 ได้มีจดหมายท้าทายส่งมาถึงบ้านของเขา เขียนว่าจะลักพาตัวนักเรียนคนหนึ่งระหว่างการทัศนศึกษา ต่อมาสึสึกิ โซโนโกะ ถูกลักพาตัวไป และไม่นานนัก โมริ รัน ก็ถูกลักพาตัวไปด้วย