美日基於《美日安保條約》的約定下，不允許日本開發有攻擊性的武器。但是美國鑒於亞洲的武力情勢有所變化，所以由日本出資，美國提供技術，建立核子潛艦海蝙蝠號。為符合「非核三原則」，該艦名義上隸屬於美國第七艦隊，但艦上官兵都是日本人，艦長由前日本柴電潛艇立波號艦長海江田四郎擔任。但是海江田四郎並不以此滿足，因為他極度厭惡核子武器淪為大國之間的競賽武器，所以他改名海蝙蝠號為大和號，並同時告知各國，大和號是由82名潛艦官兵所組成的獨立戰鬥國家。該國的主要宗旨，提供無核武國家「核屏障」服務。第一場戰役是在美日聯合演習下，海江田艦長發動叛變，地點位於日本海，此戰役的的重點是他獵殺整個第七艦隊，隨後美國派出了海狼級潛艦獵殺大和號於北極冰洋，他一路擊敗美國、蘇聯的潛艦，最後與印度、蘇聯、中國漢級潛艦、法國綠寶石潛艦、英國的潛艦抵達紐約的聯合國大廈。故事的結局是海江田艦長與美國貝耐特總統相約於聯合國大廈發表新的宣言，但是海江田艦長卻於聯合國發表演說時，慘遭暗殺，最後以植物人的型態沉睡於醫院中。

Codename: Seabat. The most dangerous submarine ever created. Explosively nuclear and manned by a crew that is officially dead, the Seabat is the most closely guarded military secret in the world. And it has just gone rogue.

Zusammen mit den Amerikanern haben die Japaner unter strengster Geheimhaltung ihr erstes Atom-U-Boot gebaut. Die neue „Sea Bat“ fährt unter amerikanischer Flagge, jedoch mit einer komplett japanischen Besatzung unter dem Kommando von Kapitän Kaieda. Während der Probefahrt im Pazifik meutert jedoch die gesamte Besatzung der „Sea Bat“ und entkommt der amerikanischen siebten Flotte. Nachdem Kaieda durch die Drohung eines nuklearen Angriffes auf die siebte Flotte einen kurzzeitigen Waffenstillstand erzwungen hat, erklärt er vor den entsetzten Amerikanern die „Sea Bat“ zur autonomen Nation Yamato. Völlig außer sich über die Handlungen Kaiedas, entscheidet sich die amerikanische Führung zur Zerstörung des meuternden U-Boots, die Japaner sind jedoch gegen die Entscheidung und schicken der „Yamato“ eine Eskorte. Ein Krieg zwischen Japan und Amerika scheint unausweichlich …