The Earth Forces has commissioned another Archangel-class ship, the Dominion; its sole mission is to destroy the renegade Archangel. As the battle draws to its ultimate conclusion, it is possible that humanity itself will be the victim. Kira, Athrun, and the others must stop a war that threatens both sides with genocide!

TV시리즈 50화를 재구성하고 신작 컷을 추가한 총집편으로 3부로 구성되어 있다. 기동전사 건담 3부작 극장판 같은 것이라고 생각하면 좋다.

허공의 전장(虚空の戦場): 1-21화

아득한 새벽(遥かなる暁): 22-40화

명동의 우주(鳴動の宇宙): 41-50화 4:3이었던 TV판과는 달리 16:9로 제작되어 있으며, 신작 컷이 추가되고 TV시리즈와는 다른 부분(레이더 건담이 버스터 건담에 직접 파괴됨, 도미니온의 포격을 막은 후에, 파괴된 스트라이크와 함께 나왔던 무우 라 프라가의 헬멧이 삭제되는 등)이 몇 있다. 녹음도 새로 했으며, 덕분에 니콜 아말피의 경우에는 성우인 마미의 유학으로 인해 박로미로 변경되었다. 신작 컷과 작화붕괴의 수정은 히라이 히사시가 다른 작품을 만들러 간 시기였기 때문에 야마구치 스스무가 담당하였다. 해당 작품의 장면 대부분이 HD 리마스터에 그대로 유용되었고, 기동전사 건담보다 10화는 많은데 3부로 압축하기엔 애시당초 될 리가 없는 것이기 때문에 편집 상태도 그렇게 좋지 않다. 바빠서 TV판 다볼 시간이 없는 경우가 아니라면 이제와서 볼 필요는 없다. HD 리마스터를 볼 것을 권장한다.

Le second spécial est accès sur la fuite de l'Archangel en direction de l'Alaska, ainsi que son arrivé à Orb. C'est dans cette partie qu'aura lieu le combat de Kira et Asran.

戦線の舞台は再び宇宙へ。ラクスと合流したキラ、アスランは平和を取り戻すべく最終決戦の地へと向かう。PHASE－41～50までで構成された「SEED」再編集の完結編!アズラエルの子供時代や謎めいたあの人の秘密など、気になるエピソードと新作カットが盛り沢山!

De Earth Forces hebben een ander schip van de Archangel-klasse in gebruik genomen, de Dominion; zijn enige missie is het vernietigen van de afvallige Aartsengel. Naarmate de eindstrijd nadert, is het mogelijk dat de mensheid zelf het slachtoffer zal zijn. Kira, Athrun en de anderen moeten een oorlog stoppen die beide partijen met genocide bedreigt!

Królestwo Orb w wyniku ataku Sojuszu Ziemskiego upadło. Jednak zanim baza wojskowa Orb zostaje zniszczona, wysyła on załogę Archanioła i Kusanagi w kosmos, by tam ostatecznie zakończyli toczącą się od ponad roku wojnę. Główną bronią stają się ocalałe Gundamy Królestwa Orb, a także najnowsze Gundamy: Wolność i Sprawiedliwość. Do załogi przyłącza się Lacus Clone piosenkarka, która wykradła z bazy Haftu statek bojowy. Tymczasem Sojusz Ziemski powołuje załogę statku podobnego do archanioła Dominiona do zniszczenia zdradzieckiego Archanioła. Jednocześnie Sojusz Ziemski stosuje broń jądrową do zniszczenia bazy kosmicznej ZAFT. W wyniku tych działań, ZAFT ujawnia swą broń GENESIS, stację bojową, która jest zdolna do zniszczenia Ziemi. Kira i Athrun wraz z sojusznikami muszą przeciwstawić się siłom Sojuszu Ziemskiego i ZAFT by ocalić ludzkość przed zagładą. Jedynym rozwiązaniem jest zniszczenie Genesis i pokonanie największego wroga; fanatycznego Koordynatora Rau Le Creuset

Человечество нашло способ настолько хорошо усовершенствовать организм на генном уровне, что подопытные превосходили обычных людей по всем параметрам. Дети с измененными генами были быстрее, сильнее, намного умнее. Люди никогда не любили тех, кто сильно от них отличается. Началась война между Координаторами, людьми с измененным генным кодом, и Натуралами, получившими свои способности от природы. По случайности в эпицентре этой войны оказался подросток, Кира Ямато. Чтобы защитить своих друзей, он становится пилотом управляемого боевого робота GUNDAM. Сам Координатор, Кира не придает значения различию между Координаторами и Натуралами, и сражается на стороне тех, кого любит. Сражается за то, чтобы прекратить бессмысленную войну. Интерпретация оригинального сериала с 40 по 50 серии.