受到歌剧院老板黑泽和马的邀请，金田一、美雪和剑持警部再次造访歌岛。金田一不知为何有种不祥的预感，他的预感果然实现了。和怪人幽灵寄来的预告书一样，在密室状态下的剧场里饰演卡尔罗达的女演员遭到残杀，从此揭开了连续杀人的序幕

Invited for a anniversary celebration, Kindaichi, Miyuki and inspector Kenmochi re-visit the Opera House. There they discover that a play of The Phantom of the Opera is being rehearsed again. However, it doesn't take long when members of the acting troupe are killed by the Phantom. Kindaichi will once again have to solve a murder series in the Opera House.

Invités pour une célébration d'anniversaire, Kindaichi, Miyuki et l'inspecteur Kenmochi revisitent l'Opéra. Ils y découvrent qu'une pièce du Fantôme de l'Opéra est à nouveau répétée. Cependant, il ne faut pas longtemps lorsque des membres de la troupe d'acteurs sont tués par le Fantôme. Kindaichi devra une fois de plus résoudre une série de meurtres à l'Opéra.

Kindaichi, Miyuki und Inspektor Kenmochi sind zu einer Jubiläumsveranstaltung eingeladen und besuchen daher erneut das Opernhaus. Sie entdecken, dass dort das »Phantom der Oper« abermals aufgeführt wird. Es dauert allerdings nicht lang bis die ersten Mitglieder der Schauspieltruppe dem äußerst realen Phantom zum Opfer fallen. Wieder muss Kindaichi eine Mordserie im Opernhaus aufklären.

かの名探偵・金田一耕助の孫である高校生・一（はじめ）が難事件に挑む、金成陽三郎とさとうふみやすによる同題のミステリー漫画の劇場用アニメ化第1作。ホテル・オペラ座館のある歌島を訪れた一とガールフレンドの美雪たち。同ホテルの劇場では「オペラ座の怪人」の上演が控えていたが、殺人事件が発生。シャンデリアで劇団員の一人である聖子が圧殺されたかに見えるも、死因は絞殺だった。大嵐で離島と外界の連絡が断たれる中、一は事件に挑む。

김전일에겐 그리운 곳임과 동시에 결코 돌아가고 싶지 않은 장소인 오페라 저택. 새로운 극장의 완성을 기념하기 위해 김전일은 다시 미유키, 켄모치형사와 함께 이곳으로 초대된다. 그리고 이 오페라 저택에서 예전과 같이 오페라의 유령 공연이 행해지려고 한다. 예전과 같이. 단지 공연만 다시 할 뿐이지만, 두근거리는 가슴은 진정이 되질 않는다. 그리고 김전일의 불안은 적중하는데…

Хадзимэ, Миюки и инспектор Кэммоти приглашены на церемонию открытия «Дома Оперы». Там они узнают, что в честь открытия будет показана новая постановка «Призрака оперы». Но очень скоро таинственный «Призрак» начинает убивать участников труппы одного за другим. Хадзимэ придётся снова раскрывать дело об убийство в «Доме Оперы».