あの別れから半年。軍の迎撃砲を無断使用した咎により、少佐から大尉へ降格となったレーナだったが、シンたちスピアヘッド戦隊の遺志を胸に、新たな部隊で、今も絶え間なく続く〈レギオン〉との戦いの指揮を執り続けていた。そして「特別偵察任務」のなかで、〈レギオン〉との交戦の末に戦地に倒れたシン達。深手を負いながらも意識を取り戻した先で、彼らを待ち受けていたのは……。

ギアーデ連邦に保護されてひと月。シンたちは、アルバイトをしたり、料理教室に通ったりと、「普通の少年・少女」としての日々を送っていた。街のそこかしこに広がるのは、彼らが今まで過ごしてくることのなかった「平穏な日常」。しかしそれを見つめる彼らの表情はどこか晴れない様子で……。思い思いに街の様子を見聞きして過ごした彼らは、ある決意を固める。

特別士官学校への入学を決めたシンたち。かつてスピアヘッド戦隊として過酷な戦場を生き抜いてきたシンは、特士校でもその戦闘能力を発揮し、周囲を驚かせる。しかし、戦闘慣れした〈エイティシックス〉であるシンに向けられる視線は、決してあたたかなものだけではなかった。そうした状況のなか、配属先の部隊でシンは、図書館で出会った青年・ユージンと再会を果たす――。

特士校を卒業後、シンたちはその優れた戦闘力から、それぞれ別部隊の救援へと駆り出される毎日を送っていた。久々に本拠地へと集められた彼らは、グレーテから、近く〈レギオン〉の大規模攻勢が予測されていることを聞かされる。既に〈レギオン〉の動向を察知していたシンは、軍勢がグレーテたちの予想を遥かに超える数であることを上申するのだが――。

遂に開始された、〈レギオン〉の大規模攻勢。出撃先でノルトリヒト戦隊の隊員たちが目の当たりにしたのは、地平線を埋め尽くし、こちらへと押し寄せる〈レギオン〉の大軍だった。兵力も攻撃力も、連邦軍のそれを遥かに超える〈レギオン〉からの一斉攻撃を受け、西部戦線は――。

大規模攻勢を凌ぐも、突然の長距離砲撃により、甚大な被害を受けたギアーデ連邦の前線部隊。敵の兵装は「電磁加速砲」と推定された。かつてシンたちスピアヘッド戦隊を半壊させた、フレデリカの騎士――。かつてない強力な〈レギオン〉に、連邦はある決断を下す――。明日訪れるかもしれない死への緊張感に包まれる連邦軍人たちの中、しかしシンはどこか心ここに在らずな様子で……。

〈電磁加速砲型（モルフォ）〉の討滅――。〈レギオン〉の支配域を単独突破して進む決死の作戦に、シンたちノルトリヒト戦隊の15名が選出された。この連邦に辿り着いてなお最前線に立ち、絶望的な生存率の作戦に就くこととなった〈エイティシックス〉の少年少女たち。その命を顧みぬ作戦に、憤るフレデリカだったが……。

故郷を、家族を守るため、連邦軍は退かない――。前線で死闘を続ける彼らの様子は、無線を通してシンたちのもとにも届いていた。〈エイティシックス〉たちが活路を開くと信じ、散っていく兵士たち。しかし〈ナハツェーラー〉の進路にも、回避できない〈レギオン〉の軍勢が立ちはだかる。戦闘を避けつつ、シンたちを〈モルフォ〉の元へと送るためグレーテは――。

先の大攻勢、そして対モルフォ戦でのシンの異変。かつての兄との闘いを彷彿とさせる危うさを滲ませはじめたシンに、ライデンはフレデリカを連れて退くよう告げる。連邦で得た新たな仲間を喪い、再び負うこととなった「死神」としての役割。自らを託したレーナの生存も絶望的となった今、拠り所を失いゆくシンを繋ぎとめるものは……。

各国が持ちうる技術の全てを結集させ、〈モルフォ〉の討滅作戦へと臨む。その先鋒を担うは〈エイティシックス〉の少年少女たち――。しかし〈モルフォ〉へと至る道は、幾度となく〈レギオン〉の攻撃によって阻まれる。一人でも多く先へと進ませるため、囮を引き受け次々と減ってゆく仲間たち……。彼らが身を賭して切り拓いた道の先で、ついに〈モルフォ〉と対峙したシンだったが――。

仲間たちを失いながらも〈モルフォ〉の元へと辿り着き、決死の攻防を続けるシン。そこに突如飛来した小口径榴弾の支援砲撃と、フレデリカの決死の行動によって〈モルフォ〉に僅かな隙が生まれた。降り注ぐワイヤーの斬撃をくぐり抜けて〈モルフォ〉へと飛び移ったシンは、キリヤが取り込まれている中央処理装置に向け、最後の一撃を放つ。しかし、トリガーを引こうとしたその瞬間、シンの耳にある“声”が聞こえ――。