朝日奈みらいはもうすぐ中学２年生になる13才の女の子。ある月夜の晩、みらいは空から魔法のほうきに乗った魔法使いの女の子が落ちてくるのを目撃しました。女の子の名前はリコ。お腹が減って力が出ないというリコを助けたみらいですが、そこに怪しい男が…！

伝説の魔法つかいプリキュアになったみらいとリコ。言葉が話せるようになったモフルンとみらいを魔法学校に連れ帰ったリコは、教頭先生に普通の人間を連れてきたことを怒られ、退学させられそうになります。リコをかばうため、みらいは校長先生に会おうと…。

みらいは春休みの間、魔法学校に通って魔法の勉強をすることになりました。リコとモフルンと一緒に魔法のじゅうたんに乗って、魔法商店街へ魔法の道具を買いに向かうみらいですが、そのさなか、クモの糸のようなものにリンクルストーンを奪われて…！

魔法図書館。そこは校長先生でも迷子になる『知識の森』がある場所。魔法学校の補習授業で紙の蝶を追いかけているうちに、図書館に向かったみらいは、知識の森に迷い混んでしまいます。ドクロシーの手下ガメッツが迫る中、みらいとリコは一冊の本に導かれ…。

二回目の補習の授業は寒い島の中で魔法のやかんを沸かしてお茶をいれること。寒くて魔法が使えない中、押しくらまんじゅうで暖かくなることを思いつき、みらいたちの魔法は大成功。でも、魔法を上手く使えなかったリコは、みらいとケンカしてしまい…。

補習授業は、教育実習生でリコのお姉さんでもあるリズ先生が担当。授業の内容は、魔法の杖を使い水でものを作って10秒間保つことでした。リコはお姉さんの前でいいところを見せようと、失敗ばかりした上、リズとケンカをして授業を飛び出してしまいます。

今回の補習授業は人魚の里でおこなわれ、補習内容は発声の練習。声で固く閉じたマール貝を開けることでした。貝を開けることができず苦戦するみんな。そんなとき、みらいとリコは３人の人魚の子供たちと友達になり、秘密の場所に案内してもらうことに。

補習授業は、空を飛ぶペガサスと一緒に記念撮影をすることです。まだ、魔法のほうきに上手く乗ることのできないみらいも、ヤル気満々でペガサスを追いかけたのですが、誤って森の中へと落ちてしまいました。その森で、みらいとリコが見つけたものは…。

いよいよ最後の補習授業です。その内容は相手の花を魔法で咲かせる魔法対決でした。補習を受けるみらいたち５人は一つのチームとなって、リズ先生との魔法勝負に挑みますが、次々と花を咲かされて、残るはみらいとリコだけになってしまいました。

校長先生に次のリンクルストーンがナシマホウ界に現れると言われ、リコはみらいを追ってカタツムリニアに乗り込んだのです。駅に着いた途端、二人はリンクルストーン・トパーズを見つけます。でも、カラスがトパーズをくわえて、どこかへ飛んでいってしまい…。

リコはみらいの家で暮らし、学校にも通うことに。でも、魔法を使うことを知られてはいけないのに、ほうきに乗って登校するところを見られたり、こっそりついてきたモフルンとはーちゃんを見つかってしまい大慌て。モフルンは甘い匂いに気がつくのですが…。

今日からみらいとリコの通う中学校では授業開始です。魔法界では優等生だったリコですが、魔法界とナシマホウ界では違うこともあって、あまり上手くはいきませんでした。みらいたちとも一緒に遊ばずに、家で一人で部屋にこもって予習をするリコにみらいは…。

数学のテストが戻ってきました。みらいは赤点で再試験ですが、リコはクラスでただ一人の満点を取ります。みらいは落ち込みます。再試験のため勉強するみらいを励ましながら一緒に勉強するリコ。みらいはリコが一生懸命努力していたのを知り…。

お腹が減ったはーちゃんですが、みらいもリコもかまってくれず、仕方なく自分で、魔法で朝ご飯を出して食べました。お腹一杯になったはーちゃんですが、くしゃみをするたびに変身してしまうようです。そのまま外へ遊びに出掛け、みんなに目撃されて大騒ぎに！

魔法界から一緒に補習を受けた魔法学校の同級生ジュン、ケイ、エミリー、さらに仕立て屋のフランソワがナシマホウ界へ遊びに来ました。さっそく町を案内するみらいとリコでしたが、みんなが魔法つかいだと知られないように気を使わなくてはならなくて大変！

一枚の写真から、おばあちゃんが今のみらいと同じくらいの歳ごろのとき出会った不思議な男の人が今でも忘れられないという話になりました。思い出の人が気になるみらいとリコは、水晶さんに協力してもらいつつ、思い出の人を捜すため街に出かけますが…。

ガメッツからの挑戦状が届き、みらいとリコは、奪われたガーネットを取り返すため、魔法界へと向かいます。本来の姿である魔法戦士へと変身したガメッツを前に、プリキュアは倒れてしまいます。そのとき、はーちゃんがガメッツを止めようと…。

プリキュアのピンチを救った、はーちゃんの不思議な力の秘密を校長先生に教えてもらおうと、みらいとリコが居なくなった校長先生を捜していると、学校を支え見下ろしている大木の頂上に校長先生にしか開けられない扉があるというので早速向かいますが…。

みらいとリコとモフルンが、校長先生のことを思い浮かべて魔法の扉を開くと、そこはドクロクシーの本拠地でした。ドクロクシーの正体は、校長先生の友だちだったクシィでした。校長先生は、今まで封印していた魔法の力を解き放ち、ドクロクシーに挑みますが…。

はーちゃんの眠るリンクルスマホンごとリンクルストーン・エメラルドを飲み込み、完全体になったドクロクシー。全てを闇で覆うドクロクシーに対して、みらいは「はーちゃんを返して！」と毅然と立ち向かいます。その姿に、リコも勇気を取り戻し…。

リコもみらいも、どこか悩みを隠しているようです。二人とも口には出さないけど、行方不明のはーちゃんが心配だったのです。そんな二人の前に、消えたはずのヤモーが現れ、強力なヨクバールを生み出しました。ピンチに陥るプリキュアの前に現れたのは…！？

成長して、プリキュアにも変身できるようになったはーちゃん。ワクワクが止まらないはーちゃんに、みらいとリコとモフルンも大喜び。これからも4人一緒にいることを誓います。でも、魔法のほうきが上手く使えず、はーちゃんだけがはぐれてしまい…。

みらいの家に住むことになったはーちゃん。そこで、使っていない屋根裏部屋を、はーちゃんの部屋にリフォームすることになりました。さっそく、片付けをしようとするみらいとリコですが、はーちゃんは魔法で部屋をキレイにし、次々と家具を作り出していきます。

みらいたちが海にやって来ました。クラスメイトも一緒です。海の家のかき氷が美味しいと教えてもらい楽しみにしていたのですが、製氷機が直るのを待たなくてはいけません。海岸で遊ぶみらいたちを楽しませようと、はーちゃんは次々に魔法を使いはじめ…。

リンクルストーン・エメラルドを狙うヤモー。はーちゃんはこのままでは、みらいとリコを危険な目に遭わせ続けると心配になります。魔法を使わない手作りのクッキーををみらいとリコに渡した翌日、はーちゃんはだまって家を出てしまい…。

夏休みになったので、みらいたちが魔法界を訪れると、夏祭りの準備中。ジュン、ケイ、エミリーたちとも再会します。食べ放題の学校の食堂へ案内されるみらいたちは、果物を運んできた魔法商店街のトッドに、ピーカンみかんの育ちが悪いことを聞かされます。

魔法学校の夏祭りで最後の打ち上げ花火の担当は、ジュン、ケイ、エミリーです。でも、花火の元になるパチパチ花が必要となり、みらい、はーちゃん、エミリーはペガサスの森へパチパチ花を探しに、残るリコたちは図書館で花を調べることになるのですが…。

図書館で『シンデレラ』の絵本を見つけるリコ。魔法界ではシンデレラでなく魔法つかいが主役でした。その夜、みらいたちは『シンデレラ』の夢を見ます。モフルンはモフデレラになり、リコは魔法つかい。みらいとはーちゃんはねずみになっていて…！？

みらいたちは、ジュンたちの夏休みの自由研究を手伝うことに。ジュンはモデルにアート製作、ケイは図鑑作成、エミリーはヘアメイクの練習。それぞれが夢のため、自由研究に取り組んでいる姿に、リコは夢を見つけていないことが不安になります。

ナシマホウ界に帰るみらいたちですが、ラブーの罠によって車両が見知らぬ空間に迷いこんでしまいます。ラブーは巨大化すると、みらいたちに襲いかかってきました。巨大化したラブーはとても強く、3人のプリキュアとモフルンは離ればなれになってしまい…。

はーちゃんは二学期からみらいとリコと同じ中学校へ通えるとあって大喜び、2時間も早く学校に着くほど。でも、それとは逆に暗い表情をしている壮太のことが気になりました。壮太はサッカー部の部長として、みんなとどう接していいのかを悩んでいたのです。

リコのお父さんで考古学者のリアンがみらいたちの前に現れました。校長先生に頼まれてリンクルストーンや精霊のことを調べに来たのです。久しぶりに会ったリコとお父さんですが、長い間会っていなかったので、二人ともお互いにどう接したらいいか悩んでいて…。

まゆみに好きな男の子ができたのですが、勇気がなくて自分の思いを伝えられないようです。そこでみらいたちは、まゆみの恋を応援することにします。かなからも、自分が信じていることをあきらめてはいけないと言われ、みんなから勇気をもらったまゆみは…。

生徒会長になるようすすめられ、やる気になったリコは選挙に立候補。活発に選挙運動をします。一方、もう一人の候補者のゆうとは、自分の気持ちを伝えるのが上手くありません。でも、彼は目に見えない場所で学校のため働いていて、リコはその姿を見かけ…。

オルーバの命令でプリキュアのことを調べているチクルンは、みらいたちに見つかってしまいますが、魔法界から来た妖精だと自己紹介し、みらいたちと仲良くなりました。オルーバは、モフルンが元はぬいぐるみだったことを知ってモフルンに興味を持ち…。

校長先生は明日のお祭りの冷凍みかんづくりのため、『ぬっくい島』でピーカンみかんを収穫中で、みらいたちも協力しますが、ピーカンみかんを凍らせるには『ひゃっこい島』のアイスドラゴンのため息が必要。でも、なかなかアイスドラゴンはため息を出しません…。

魔法商店街のお祭りで、お菓子が食べられると聞いて大喜びするみらいたち。でも、お祭りは一年に一度だけ現れるカボチャドリを誰が捕まえるのかを競うというもの。カボチャドリが持つという金の卵に、何が入っているか想像してみんなはワクワクしますが…。

今日はハロウィン。みんなが仮装して楽しむお祭りです。だから魔法つかいがいてもおかしくないと、みらいの発案で魔法学校の生徒たちを招きました。魔法界とナシマホウ界の友達が仲良くなりますが、ジュンたちがクレープ作りを手伝おうと、魔法を使って…！？

テレビで活躍の料理研究家のリリアを見ておどろくリコ。リリアはリコのお母さんだったのです。リコの誕生会に、そのリリアが家をたずねてきました。さらにお父さんのリアンとお姉さんのリズもやって来ます。お祝いされることが苦手なリコは困った顔ですが…。

最近、魔法界とナシマホウ界が近くなったことを知ったみらいたちは、学校が終わってから魔法学校へ通うことにします。明日は学校がお休みなので、魔法学校の寮にお泊まりすることにしたみらいたち。ジュンの部屋にケイとエミリーも合流して、お泊まり会が始まります。

チクルンがオルーバに従う理由。それは、妖精の女王様にサボっていたことを言いつけると、おどされていたから。リンクルストーンを奪えと命令されたチクルン。プリキュアに変身しなければ、みらいたちがもう戦わないですむと思い、いけないとは知りながら…。

扉により妖精の里にやって来たみらいたち。そこでレジェンド女王が語った話、それはまだすべての生き物が一緒に暮らしていた時代、マザー・ラパーパにより世界は平和でした。でも、デウスマストの出現によって世界は混乱してしまったのです。

オルーバの闇の魔法で、みらい、リコ、はーちゃんの3人が小さな子供になってしまいました。小さな子供になった3人は魔法も上手く使えなくなり、校長先生に連絡しました。モフルンは無事な自分が3人を助けなくてはいけないとがんばりますが…。。

闇の魔法の本を書いたのが親友のクシィだったことから、校長先生はあまり元気がありません。校長先生を笑顔にしようと、みらいたちがイチゴメロンパンを買って帰ってくると、校長先生はバッティをはげましていました。そこへオルーバがやってきて…。

今日はクリスマス。リコに連れられてサンタクロースに会いに行ったみらいとはーちゃんは、魔法商店街へ行きビックリ。何故ならサンタは魔法つかいのみんなだったからです。みらいたちはギックリ腰で倒れたアイザック先生の代わりにサンタのお手伝いを願い出て…。

神社で初詣をするみらいたち。願い事はそれぞれ違いますが、みんなこれからも仲良く一緒にやっていこうと固く誓いました。そんなときナシマホウ界と魔法界の空は急に暗くなり、一面を闇に包んでしまいました。それはデウスマスト復活の予兆だったのです。

デウスマストが、世界を混沌にして一つにしてしまいました。ナシマホウ界と魔法界を元通り別々にできても、行き来できないくらい離れてしまうそうです。マザー・ラパーパの意思に守られた二つの世界を飲み込もうと迫るデウスマストに対してみらいたちは…。

終わりなき混沌・デウスマストの巨大な力に圧倒されるプリキュアたちは、真の力に目覚めたリンクルストーンによって完成したレインボーキャリッジの魔法陣で最終決戦に臨みます！！

久しぶりの再会を喜ぶみらい、リコ、はーちゃん、モフルンは、お祝いに思い出のイチゴメロンパンを食べることにします。はーちゃんの魔法で出会った頃の姿に戻り、楽しくしていたのですが、突然、現れたドクロムシーにイチゴメロンパンを取られてしまい!?