人生どん底のダメフリーターの花垣武道（タケミチ）は、中学時代に付き合っていた人生唯一の恋人橘日向（ヒナタ）が犯罪組織“東京卍會”の抗争に巻き込まれて死亡したことを知る。突然の悲報に驚きながらも変わらぬ日常を過ごすタケミチだったが、駅のホームで何者かに突き飛ばされて線路へ転落。迫り来る電車に死を覚悟したが、目を開けると何故か12年前にタイムリープしていたのだ。

ヒナタの弟・橘直人（ナオト）と握手した瞬間、現代へ戻って来たタケミチは、成長して刑事になったナオトと再会。東京卍會を犯罪組織に変貌させたキーマンである佐野万次郎と稀咲鉄太の出会いをタイムリープして阻止し、ヒナタを救って欲しいと頼まれる。しかし、未来を変えるため、再び12年前に戻ったタケミチを待っていたのは、東京卍會メンバーの清水将貴（キヨマサ）から奴隷のように虐げられる日々だった。

身体の弱い山本タクヤを守り、逃げてばかりだった自分を変えるため、キヨマサに無謀なタイマン勝負を挑むタケミチ。一方的に攻撃を受け続けても膝をつかず、ボロボロの身体で啖呵を切る姿は、キヨマサを動揺させる。そこにふらりと現れたのは、東京卍會総長の佐野万次郎（マイキー）と、副総長の龍宮寺堅（ドラケン）だった。

中学時代のヒナタと幸せな時間を過ごしている最中、現代へ戻って来たタケミチ。12年前の人柄を知ったことで、マイキーが東京卍會を極悪集団に変えたとは思えないとナオトに主張する。マイキーに直接話を聞こうとするが、刑事のナオトでさえ居所が分からない。マイキーに繋がる手がかりを探す中、ヤンキー仲間だった千堂敦（アッくん）が東京卍會の幹部になっていることが分かり……。

12年前、東京卍會で“マイキー派”と“ドラケン派”に分かれての内部抗争が起こり、ドラケンが死亡したことを知ったナオト。ナオトからの報告を聞いても、マイキーとドラケンが争うことなどあり得ないと信じるタケミチは、抗争の真の原因を探り、ドラケンを救うため、再び過去へと戻る。決意を新たにタイムリープしたタケミチだが、目を開けるとそこには下着姿の見知らぬ少女がいて…。

東京卍會参番隊隊長・林田春樹（パーちん）の親友が襲われたことをきっかけに、東京卍會と、新宿を仕切っている愛美愛主（メビウス）の抗争が始まろうとしていた。ナオトによると、ドラケンが死亡するのは愛美愛主（メビウス）との抗争ではなく、東京卍會の内部抗争が原因のはずだが…。その日、本当は何が起きるのか。愛美愛主の総長・長内信高から真実を聞き出すため、タケミチは現代に戻る。

過去に戻ったタケミチは、東京卍會と愛美愛主の抗争を必死に止めようするが、マイキーやパーちんの意志は変わらない。そんな中、総長の長内が、愛美愛主のメンバーを引き連れて奇襲してきた。激昂したパーちんは、長内にタイマン勝負を挑むが、2歳年上の長内の強さは圧倒的で一方的に殴られ続けてしまう。しかしマイキーは、パーちんをただ見つめるだけで…。

愛美愛主による襲撃の後、対立中のマイキーとドラケンがタケミチのお見舞いで鉢合わせし、喧嘩を始めてしまう。大暴れする二人に大事な思い出の品を次々と壊されたタケミチは激怒。アッくんたちの制止も振り切って食ってかかると、二人や東京卍會への思いを泣きながら語った。その言葉はマイキーとドラケンの心を動かし、二人を仲直りさせるのミッションは成功したかに思えたが…。

ナオトからの情報を頼りに、ドラケンの死に場所とされる駐車場へと駆けるタケミチ。そこでは、たった一人で愛美愛主と戦うドラケンがいた。タケミチと三ツ谷は、孤軍奮闘するドラケンを見つけ加勢しようとするが、敵の数の多さに圧倒されてしまう。そんな中、駆け付けたマイキーの前には「ドラケン狩り」を画策した黒幕が姿を現した

東京卍會と、仮総長の半間修二が率いる愛美愛主による大乱闘の中、ドラケンがキヨマサに刺されてしまった。マイキーは、重傷を負って動けないドラケンのもとに駆け寄ろうとするが、半間に邪魔され近づけず、タケミチにドラケンを託す。しかし、救急車の到着を待つタケミチたちの前には、キヨマサとその仲間たちが立ちふさがる。タケミチは、ドラケンを守るため、因縁の相手キヨマサに二度目のタイマン勝負を申し込む。

タケミチが執念でキヨマサとのタイマンに勝ち、アッくんたち溝中の仲間も体を張ってキヨマサたちを食い止めたことで、救急車の到着まで、ドラケンを守ることができた。しかし、ドラケンは意識不明の重体。同じ頃、東京卍會と愛美愛主の乱闘も決着がつきつつあった。マイキーと互角の戦いを続けていた半間は、まもなく関東最凶の暴走族連合「芭流覇羅」が誕生し、自分が副総長になることを告げ、去っていった。

ドラケンの命を救ったタケミチが現代に戻ってくると、アッくんは美容師になるという夢を叶え、ヒナが巻き込まれて死亡した東京卍會による事件も起きていなかった。再会したナオトからヒナが生きていることを教えられたタケミチは、ナオトに連れられてヒナに会いに行くが、今の自分は何も変わってないことを恥じて、直前で会うことを拒否してしまう。

ヒナタの葬儀の折り、あきらめかけたナオトに決意を伝えるタケミチ。マイキーにドラケンがついていたのに同じ未来になってしまっているのはなぜか。ドラケンに会って確かめたいと考えるタケミチだが、この世界の彼はすでに東卍に属しておらず、死刑囚となっていた。

東京卍會の新たな参番隊隊長の任命式が開かれ、元・愛美愛主の稀咲が選ばれた。一部のメンバーは不満の声をあげるが、マイキーは、新興勢力の芭流覇羅とぶつかるために稀咲の力が必要だと説明し、不満の声を封じ込める。しかし、稀咲のせいで東卍が巨悪化していき、ヒナやアッくんが犠牲になってしまうことを知っているタケミチは、我慢ができず……。

マイキーから、東京卍會を抜けて芭流覇羅へと加わった元・壱番隊隊長の場地圭介を連れ戻すように頼まれたタケミチ。マイキーとの約束で、成功すれば稀咲を東卍から追い出せることになったが、「失敗したら、殺す」と脅されてしまう。場地に接触するため、不良に詳しい山岸から芭流覇羅の内部事情などのレクチャーを受けているところに、芭流覇羅のNO.3である羽宮一虎が現れた。

2年前、マイキー、ドラケン、場地、三ツ谷、パーちん、一虎の6人は揃いの特攻服を作り、神奈川へとツーリングに出かける。総長のマイキーだけは「ホーク丸」と名づけた原付バイクに乗っていた。偶然、遭遇した地元の暴走族に絡まれるが、マイキーは年上の暴走族たちに「俺のホーク丸に指一本でも触れたら、殺すよ？」と啖呵を切った。

場地と一虎の過去を聞き、場地を東卍に連れ戻すことの難しさを知ったタケミチ。翌日、マイキーとの約束が果たせそうになく途方に暮れるタケミチの前に、場地の下で壱番隊副隊長を務めている松野千冬が現れる。千冬は、場地が芭流覇羅に入ったのは東卍を潰すためではなく、芭流覇羅に潜入して暗躍する稀咲の尻尾をつかむためだと信じていた。

東卍と芭流覇羅の決戦の日「血のハロウィン」で一虎が場地を殺し、それに激昂したマイキーが一虎を殺してしまったことを現代のドラケンから聞かされるタケミチ。その結果マイキーの心は堕ち、芭流覇羅に乗っ取られた東卍は、稀咲を筆頭とした悪逆非道な巨大組織新生・東京卍會へと変貌していったのだ。場地を守り、悲劇を阻止するという新たなミッションのため、タケミチは過去へ戻る。

東卍が芭流覇羅に乗っ取られて変貌していくきっかけとなる「血のハロウィン」が始まった。半間ら大勢の芭流覇羅メンバーと対峙するドラケンは仲間を守りながらの苦しい戦いを強いられていた。しかし、この抗争を終わらせ、場地とマイキーを救いたいと奮戦するタケミチの姿が東卍メンバーたちの心に火をつける。

「血のハロウィン」の乱戦の中、1対3の戦いで自由な動きを封じられ、一虎に鉄パイプで殴られたマイキーは、その場で座り込んでしまう。動かなくなった「無敵のマイキー」にとどめを刺そうと芭流覇羅のメンバーが殺到。ドラケンやタケミチたちは、マイキーを助けようとするが、近くまで辿り着くこともできない。そのとき、絶体絶命のマイキーの前に現れたのは、意外な男だった。

芭流覇羅に潜入していた場地は、激しい抗争の中で稀咲を追い詰めるが、突如吐血し膝から崩れ落ちてしまう。それを見たマイキーは半間を瞬殺し、一虎を容赦なく殴り殺そうとする。その光景はタケミチが未来で死刑囚となっているドラケンから聞いた通りの展開だった。このままだと、マイキーが一虎を殺してしまい、稀咲に東卍が乗っ取られる悲劇的な未来が訪れてしまう。それを食い止めようとするタケミチだが、マイキーの怒りは凄まじく……。

2年前、一虎が地元の暴走族「黒龍」と揉めていることを知ったマイキーは、黒龍とやり合うことを決めたが、暴走族相手に喧嘩を仕掛ける大義名分が欲しいと思っていた。そこで、場地が自分たちもチームを作ることを提案。一人一人がみんなの為に命を張れるチームにしたい。結成記念にみんなでお金を出し合いひとつの交通安全のお守りを買ったあの日の約束を守るために、場地は一人で戦っていた。

「血のハロウィン」と名づけられた東卍と芭流覇羅の抗争は、東卍が勝利するも、場地を失い、一虎が逮捕されるという悲惨な結果に終わった。タケミチは、何もできなかったことを悔やんだが、マイキーが一虎を殺すことは回避することができた。 タケミチはドラケンと共に一虎に会いに行き、その帰りにドラケンの家へと誘われる。

初めて東卍の特攻服を着て集会へと参加したタケミチは、マイキーの隣に芭流覇羅の副総長である半間と、千冬の姿を見つけて驚く。東卍に負けた芭流覇羅が東卍の傘下に降ることになったのだ。しかも、間を取り持ったのは稀咲鉄太だという。タケミチは、場地が命を賭けて東卍を守ろうとしたにもかかわらず、まだ未来を変えられていないのかと絶望しそうになる。そんな中、千冬が口を開く…

東京卍會（東卍）と芭流覇羅（バルハラ）による抗争「血のハロウィン」の終結後、現代に戻った花垣武道（タケミチ）は東卍の最高幹部になっていたが、裏切り者として総長代理の稀咲鉄太に捕らえられてしまった。稀咲の凶弾によって、千冬が目の前で殺されてしまい、その銃口はタケミチへと向けられた。

橘直人（ナオト）と再会し、現代が最悪の世界になったことを知ったタケミチは、佐野 万次郎（マイキー）を変えた元黒龍（ブラックドラゴン）組と稀咲を東卍から追い出し、橘日向（ヒナタ）たちを救うため過去へタイムリープ。直後に、東卍弐番隊副隊長の柴八戒と出会う。現代では、元黒龍総長で金のために先代総長を殺したと噂のあった八戒だが、12年前では気さくにタケミチに話しかけるなど、まったくの別人だった。

知り合ったばかりの八戒の家に遊びに来たタケミチとヒナタは、周辺を縄張りにしている黒龍の九井一（ココ）や乾青宗（イヌピー）らに遭遇。八戒は黒龍からタケミチたちを守るが、八戒の兄で十代目黒龍総長の柴大寿の姿が。タケミチを一撃で蹴り倒した大寿は、八戒に「コイツ殴り殺せ」と命令する。動けない八戒の前で、タケミチを殴り続ける大寿。そのとき、ヒナタが大寿の前に立ち塞がる。

タケミチを助ける代わりに、東卍をやめて黒龍に入ることを大寿と約束した八戒。しかし、幼い頃から八戒のことを知っている弐番隊隊長の三ツ谷隆は、副隊長の八戒がやめることを認めず、大寿に会いに行くという。八戒が黒龍に入ることは、東卍が巨悪になる最悪の未来へと繋がると知っているタケミチは、相棒の千冬と一緒に三ツ谷に同行したが……。

八戒から「オレは、大寿を殺す」という決意を聞いたタケミチと千冬。八戒を止めたい二人は、黒龍を潰すために八戒を止めたいと語る稀咲と半間に連れられて、黒龍のメンバーに接触。大寿の情報を入手し、八戒が大寿を襲うのは、クリスマスの夜だと確信する。稀咲は、タケミチたちに手を組んで八戒を止めようと提案するが、タケミチは返答に迷う。

雪が降りしきるクリスマスイブの夜、タケミチは、大好きなヒナタを守るため自分から別れを告げた。そして、大寿が一人で教会を訪れるクリスマス。大寿の命を狙う八戒を止めるため、タケミチ、千冬、稀咲、半間の4人は教会へ。千冬たち3人が教会の外で大寿を足止めしている間に、タケミチがすでに中にいるはずの八戒を説得するという計画を実行する。

タケミチと八戒の目の前で、柚葉に刺された大寿。しかし、無防備な背中に刃が刺さる直前、柚葉に気づいたタケミチが叫び声を上げたことで大寿は瞬時に反応。致命傷は免れ、逆に柚葉を殺そうとする。元の歴史で大寿を殺したのは柚葉で、最悪の世界を回避するキーマンは柚葉だと気づいたタケミチは、大寿から柚葉を守ろうと決意するが、柚葉はもう一度、大寿を刺そうと短刀を構える。

千冬からの連絡を受けて駆けつけた三ツ谷も大寿の強さに押され気味になり、黒龍のココとイヌピーが合流。絶望的な状況で、八戒は再び短刀を手にするが、タケミチに止められる。そして、タケミチは、「オレが勝ったら、黒龍をもらう!!」と宣言し、大寿との圧倒的な力の差にひるまず立ち向かい続ける。

幼い頃から心身に染みついていた大寿に対する恐怖を克服し、タケミチとともに兄に立ち向かう八戒。しかし、大寿との力の差は大きく、教会の周りも100人の黒龍メンバーに囲まれていた。圧倒的に不利な状況の中、現れたマイキーはどこか様子がおかしく……。

大寿はマイキーの強烈な一蹴りで昏倒し、100人余りいた黒龍のメンバーはドラケンが一人で制圧。黒龍は再び東卍によって壊滅させられた。安堵したタケミチは意識を失うが、目が覚めるとマイキーのバブに乗せられており、ヒナの家に連れていかれる。

新たな年を迎えて最初の東京卍會全体集会が開かれた。ドラケンは、メンバーの前で黒龍との戦いに勝利したことを報告。八戒は、自分のついた嘘が原因で東卍を黒龍との抗争に巻き込んだことを謝罪したが、誰も責めることなく弐番隊副隊長を引き続き務めることになった。さらに、タケミチが隊長を務める壱番隊には、意外な新メンバーが加わることに。そして、最後にマイキーから驚くべきことが告げられた。

黒龍を潰して、稀咲を東卍から追い出すことにも成功。未来を変えたと確信して現代に戻ったタケミチ。ところが、戻った先は三ツ谷の葬儀の会場。東卍幹部の三ツ谷は何者かに殺されてしまったのだ。衝撃の事実に混乱しながら自宅のボロアパートに戻ると、タケミチが現代に戻ってきたことを察したナオトが尋ねてくる。そして、ナオトが語った現代の状況は、タケミチが見てきた中でも最悪の世界だった。

ドラケンら東卍の元幹部を次々に殺害したマイキーは、タケミチの目の前でナオトに射殺された。死の間際のマイキーに自分がタイムリーパーだと告白し、最悪の世界を回避すると誓ったタケミチは、2006年にタイムリープ。しかし、みんなを救うための方法が分からず、自分が強くなるしかないと公園で吊されたタイヤを殴り続けていた。帰ってきた相棒を見つけて事情を聞いた千冬は、「オレ、何すればいいかわかった気がする」と語りはじめる。

横浜のチーム「天竺」が東京卍會を潰しに渋谷に乗り込んできた。タケミチたち溝中5人衆と千冬は、ちょうど天竺のメンバーと鉢合わせて奇襲を受けてしまう。孤軍奮闘するタケミチたちだったが、圧倒的な人数差で太刀打ちできない。絶体絶命のピンチの状況で天竺の特攻服姿の稀咲に続き、天竺四天王の望月莞爾（モッチー）も現れて、さらに絶望の淵に立たされる。

天竺に襲撃されたタケミチたちは、肆番隊隊長の河田ナホヤ（スマイリー）と副隊長の河田ソウヤ（アングリー）に助けられて、天竺のアジトに乗り込む。そこにいたのは、タケミチの幼なじみの鶴蝶で、敵同士だと言いつつも「“裏切り者”に気をつけろ」と助言する。その翌日、天竺についての情報を集めるため、東京卍會は緊急集会を開くが、タケミチは鶴蝶の助言や稀咲の企みが気になっていた。

天竺や稀咲の思惑を探るため、タケミチは千冬の助言を受けて一度現代に戻ることにした。そこで柴大寿に出会ったタケミチは、今の東卍の実質的なトップが、天竺の総長だった黒川イザナだと知る。しかし、その現場にイザナの命令で乾青宗（イヌピー）、九井一（ココ）が現れて、最終的に稀咲と鶴蝶に追い込まれてしまう。ナオトと最後の握手をして、タイムリープしたタケミチは、安否を確かめるため幼いナオトを呼び出し握手しようとする。

現代のナオトの死を知り、落ち込むタケミチ。しかし、ヒナタの言葉や、マイキーとイザナを繋ぐ手がかりを得たことで、もう一度戦うことを決意する。意気込む壱番隊メンバーたちだったが、伍番隊隊長の武藤泰宏（ムーチョ）が現れて、タケミチは拉致されてしまう。目が覚めると、壱番隊の隊員となったイヌピーとココも一緒だった。状況が読めないタケミチに、ムーチョは説明を始める。

ムーチョは“S62世代”で天竺の創設メンバーだった。つまり“裏切り者”はムーチョで、ココの金をつくる力を求めていることを知ったタケミチは、ココを天竺に渡さないことが勝機に繋がると確信する。不利な状況でもココのために奮起するタケミチを見て、イヌピーは十一代目黒龍をタケミチに継いで欲しいと嘆願し、タケミチはそれを承諾した。マイキーにムーチョの裏切り行為を報告すると、決起集会が行われることになった。

タケミチがイヌピーと真一郎の墓参りに行くと、イザナとマイキー、エマと鉢合わせる。しかし、突然バイクで突っ込んで来た稀咲にエマがバットで殴られてしまい、病院に運ばれる途中、マイキーの背中で息を引き取った。一部始終を目の前で見ながら何もできなかったタケミチは、マイキーと東卍が闇に堕ちるきっかけは、エマの死だったことに気づいたが、取り返しがつかない。慰安室で横たわるエマの前に、ドラケンは立ち尽くす。

突然のエマの死によってマイキーとドラケンが茫然自失となり、トップ不在のまま天竺との決戦に挑むことになった東卍。勝算のない戦いに尻込みしていたメンバーの心を奮い立たせ、マイキーに代わって東卍の先頭に立つのは、稀咲との決着を付けると心に決めたタケミチだった。一方の天竺は、総長のイザナが東京中の不良のトップを満身創痍にさせて、天竺四天王や元東卍のムーチョらと横浜の埠頭に勢揃いして東卍を待ち構えていた。

マイキーやドラケンたちの不在も響き、タケミチら東卍のメンバーは、“極悪の世代”を擁する天竺との決戦に苦戦する。華麗なコンビネーションを見せる天竺四天王の灰谷蘭と弟の竜胆の相手をするのは、末っ子同士である八戒と河田ソウヤ（アングリー）。しかし、甘やかされて育った末っ子の悪い部分が出てしまい、灰谷兄弟のような連携ができないでいた。兄のスネかじりと罵られた2人は“末っ子同盟”を結んで立ち向かう。

アングリーの覚醒により好転したかに思えた戦況は、天竺四天王筆頭の鶴蝶によって再び劣勢に。東卍の主力メンバーが一瞬にして戦闘不能にされる中、鶴蝶に一方的に殴られても立ち続けるタケミチ。見かねた千冬が止めようとしても諦めず、幼なじみである鶴蝶の核心をついていく。その背後に稀咲が現れて、タケミチは額に銃口を突きつけられるが、真っ直ぐに見つめ返して微動だにしなかった。

イザナの圧倒的な攻撃を受け続けても諦めないタケミチだったが、ほとんど体力は使い果たしている。瀕死の場面で、失意のどん底であるはずのマイキーとドラケンが登場。タケミチがタイムリーパーで、自分や仲間の命を救うために戦っていることをヒナタから聞かされた2人は、その話に納得し、心を動かされていた。マイキーは“兄貴”のイザナと対峙し、東卍と天竺の頂上対決が始まった。

真一郎に自分だけの兄になって欲しかったイザナは、マイキーの存在が気に入らなかった。イザナが優勢のように見えた頂上対決は、マイキーの蹴りを受け続けて身体にダメージが溜まってしまったことが、イザナの敗北に繋がる。やけになったイザナは、孤独なイザナを救いたいと伝えるマイキーに、稀咲から奪い取った拳銃の銃口を向ける。

鶴蝶を庇って稀咲の銃弾を受けたイザナは、マイキーたちとは血が繋がっていないことを告げて事切れた。これで抗争が終わり、天竺の幹部たちを残して散り散りになるメンバーたち。ここで逃がせば再びタイムリープされてしまうと考えたタケミチは、半間に担がれて逃げる稀咲を、ドラケンと共に追う。雪の舞う中、ついにタケミチは稀咲を追い詰めて駐車場で殴りあう。