就在人们高度期待“日本第一位女总理”诞生的总选举当天的凌晨0时，CTU第一支部A班班长狮堂现马，正在自己家与女儿美有其乐融融地打扑克。但是，很快，他发现回到自己房间的美有悄悄从家里溜出去了。现马担心女儿，想去寻找美有，却接到CTU东京本部长乡在兵辅的紧急集合通知。据说情报显示有人计划在24小时内暗杀总理候选人朝仓丽。在分秒必争的状况下，CTU的众人为阻止暗杀计划，要寻找丽的周围的人与恐怖分子的交集。这时，乡中只告诉他信任的现马：“CTU中有与暗杀计划相关的内鬼。”并且命令现马开展调查。然而，东京本部第一支部长鬼束元司出现在负有机密任务的现马面前，要提供新情报。现马觉得鬼束的举止可疑，采取了出人意料的行动。另一方面，独自留在家中的现马妻子六花正挂念着美有，却接到一通电话。与此同时，正在空中飞行的民航客机中，一桩将震撼日本的恐怖计划正在进行中。

纽约开往东京的客机突然坠毁。第一时间接到通报的CTU第一支部A班班长狮堂现马凭直觉感到此事与暗杀日本第一位女总理候选人朝仓丽的计划有关。他命令CTU的密码解析系长南条巧马上调查客机乘客的经历，但是南条不相信现马，直接拒绝服从命令。这时，炸毁客机后靠降落伞逃离的神秘女人冰川七七美回到地面与同伙汇合。他们谈起从坠毁的客机上的乘客皆川身上抢来的ID卡，而皆川正是约好几小时后采访朝仓丽的摄影师。另一方面，CTU东京本部长乡中兵辅与负责秘密调查的CTU第三支部搜查员三上彻见面，拿到了已删除所有者号码的CTU卡片。那上面记载着身份不明的内鬼记载的与丽有关的海量数据。但是，刚拿到卡片，乡中和三上就遭人枪击。现马接到乡中的电话，马上前去救援，等待他的却是令他穷途末路事态。与此同时，丽从所住的酒店失踪了。现马的女儿狮堂美有仍然下落不明，现马在公私两方面被不知就里的案件搞得团团转。好似雪上加霜似的，这样的他得到了难以置信的新情报。

与好友函崎寿寿夜游未归的美有给母亲六花打电话说“非常喜欢妈妈”，六花则意识到这绝不是正处于反抗期的女儿会说出的话。这时，被长谷部研矢与鲛岛刚正计划将绑架的美有交给与炸毁客机的恐怖分子冰川七七美有联系的神秘人神林民三。美有发现自己被绑架后，决心与寿寿逃走。被研矢和刚追捕的美有和寿寿拼命逃跑，但是她们的行为导致了第二场悲剧。另一方面，负责阻止暗杀朝仓丽的CTU第一支部A班班长现马根据认为属于内鬼的门卡，查到输入丽的机密情报的终端，得知内鬼是他颇为信任的A班成员水石伊月，不禁愕然。在A班密码解析员明智堇帮助下，他再度调查是否真是伊月输入的。这时，伊月的恋人、A班密码解析组长南条巧做出了出人意料的行为。与此同时，丽悄悄从下塌的旅馆中溜出，秘密与情报贩子上州见面，请对方帮忙让掌握着能要了她性命的情报的新闻播报员山城闭嘴。

盗取朝仓丽的秘密情报，把CTU门卡带到外面的人不是CTU第一支部A班的水石伊月。在证明自身清白的同时，伊月听A班长狮堂现马说了关于丽的暗杀计划和CTU有内鬼后，与A班密码解析员明智堇着手解析门卡内被加密的数据。从其中一部分中，她们解读出与丽没有交集的某个住所的信息。但就在这时，第一支部长鬼束元司把整个办公室都封锁了。他接受要求现马解职的A班密码解析组长南条巧的委托，要开始内部调查。不过，现马机智地成功逃脱，前往去从房卡读取的地址。另一方面，丽终于向丈夫遥平说明暗杀计划。但是，更让丽头疼的是，如何应对新闻主播山城，山城要报道丽的儿子夕太过去犯有杀人罪的真假不明的情报。遥平对儿子的这件丑闻一无所知，感到很惊讶。这时，现马的女儿美有再度被绑架犯研矢、刚抓住。他们把她带到神秘男人神林民三那里。

狮堂六花与函崎要吾寻找着被绑架的女儿们，他们得知女孩子的车被撞了，急忙前往医院。经确认，被送到手术室的是函崎的女儿寿寿。寿寿生死未卜，而本应和她在一起的六花的女儿美有也不知在何处。六花心急如焚。听妻子说了事情后，现马告诉她会从别的线索调查美有的下落，然后前往警察署的审讯室。在审讯室里人，是当着现马的面杀死警察的男人陈元永福。这个男人极有可能与暗杀日本第一位女性总理候选人的计划有关。但是，陈元知道美有被绑架的事。为了调查暗杀计划的黑幕和寻找美有的下落，现马想审讯陈元。然而，站在他面前的人却是CTU第一支部的部长鬼束。这时，丽正在苦恼着。她儿子夕太曾杀死了对妹妹日奈施暴的少年，这个惊人的新闻眼看就会被山城报道了。如果真那样，日奈受到的打击将是不可估量的。丽思考着是否在新闻被报道前就把事情告诉日奈。终于，为了摆脱这个困境，她做出了决定。另一方面，美有正被带到神秘人神林民三所在之处。这时，现马做出出人意料之举，终于找到了与美有下落有关的线索。

朝仓丽马上要出席与党派相关人士的早餐会时，从地下情报员上州那里得到了令人震惊的事实。丽的儿子夕太杀人的证据已经被隐藏起来。但是，委托人正是夕太。丽因为自己事先不知情而备受打击，宣布与上州绝交。然而，上州却向她说了令人不安的话。而丽的丈夫遥平也瞒着众人采取了意外的行动。另一方面，现马确定女儿美有的被绑架案与暗杀丽的计划有关联。他察觉到与女儿一起被绑架、让车撞成重伤而被送至医院的函崎寿寿会被凶手灭口，急忙赶到医院。他向妻子六花问明情况，表示一定要求回美有。而疑似与暗杀计划有关的神秘男人神林民三出其不意地给现马打来电话。接到陌生男人打来的电话，现马浮现出紧张的表情。神林以现马爱女的性命为条件，称如果现马还想见到女儿就必须听从他的指示。对此，现马无法反抗。就在这时，CTU调查了神林命令手下陈元永福处理的身份不明的尸体，终于查明死者的真实身份。从此曝光的令人难以置信的事实，暗示着另一个危机正逼近现马及其家人。

狮堂现马听从绑架他最爱的女儿美有的幕后黑手神林民三的指示，来到CTU第一支部。在办公室里，正解析着存有与日本第一位女总理候选人朝仓丽的暗杀计有关的“身份不明的CTU内奸”的情报的门卡。神林的目标正是那张门卡。他命令现马用假门卡掉包。现马犹豫不绝。就在这时，水石伊月送来了有关神林要处理的尸体的身份情报。接到报告后，现马脸色大变。死者就是本应与为寻找美有而四处奔走的六花在一起的会计师函崎要吾。现马意识到不仅是女儿，连妻子的命也捏在神林手中。尽管不愿意，他也只能在神林胁迫下奉命行事。另一方面，六花察觉到自己处于危险中，想从假函崎身边逃走。这时，丽决定在与政党相关人士一起参加的早餐会上，宣布儿子夕太曾因正当防卫杀人的事。她要求夕太参加早餐会，但被拒绝了。而她与反对公开真相的遥平商谈时也谈不拢。现马和丽在以各自的方式守护家人，却被逼得走投无路。这时，被有退路的现马终于拿起枪，展开前所未有的“终极行动”。

在总选举当天的早上七点。朝仓丽与政党相关人士举行早餐会。在神秘男神林民三指令下，乔装成丽的摄影师皆川恒彦的男人通过了会场严格的安保措施。另一方面，狮堂现马因为妻女都在神林掌握中，不得不听从对方指令，来到了会场。这时，现马根据神林指令枪杀的水石伊月，在现马的巧妙计划下保住了性命，她马上联系CTU总部。但是，在与接电话的A班密码解析班班长南条巧对话之中，她终于意识到潜伏在CTU内部的暗杀丽的内奸的真实身份。伊月不知内奸的目的到底是什么，陷入重重谜团的她为找出真相展开行动。而假皆川出现在正在会场的一间屋子内待命的现马面前。他向现马下达了命令。这时，在早餐会的主会场，丽的演讲开始了。准备将儿子夕太过去因正当防卫而杀人的事公诸于众的她，正待张口，会场中却发生了令人震惊的最糟糕的事情。

根据神秘男人神林民三的指示，针对朝仓丽的暗杀计划被实施了。CTU第一支部A班班长狮堂现马不敢违抗以他的妻女为人质的神林，被迫参加暗杀行动，但在千钧一发之际引发骚乱，救了丽的性命。但是，现马被误认为是杀手，被逮捕了。现马被警方带走，但他想亲手抓住神林、救出家人，所以逃走了。他藏身于街镇一隅，给部下水石伊月打电话。正巧，此时在CTU，伊月与南条巧正在审讯与暗杀计划有关的内奸明智堇。他们终于撬开了堇的嘴，得知操纵她的人是神林。现马接到报告后，在电话里劝说堇帮助他逮捕神林。但是，堇不答应。于是，现马秘密向伊月下达了冷酷的指令。另一方面，丽虽然知道有生命危险，却仍是坚毅从容。这时，山城决定在1小时后报道丽的儿子杀过人的事。丽的丈夫想阻止山城，背地里采取了行动。与此同时，与美有一起被监禁在神林老巢的六花，付出巨大代价秘密拿到了手机。她找机会给伊月打电话。但就在那个瞬间，神林的手下出现了。不久，形势又急转直下，发生了现马预料不到的惊人的事。

与暗杀日本第一位女性总理候选人朝仓丽的计划有关的内奸、CTU第一支部A班的密码解析员明智菫在被揭穿后企图自杀。审讯她的水石伊月和南条巧惊慌地将她送到医院，然后各自投入工作。另一方面，因为被误认为要暗杀丽，狮堂现马被警察追捕，正在逃亡中。因为到处都有警方盘问，他无法脱身。这时，被与暗杀计划有关神秘男神林民三绑架的现马的妻子六花再次瞒过看守的耳目，打电话给伊月。虽然没打通电话，但现马请伊月进行逆探查，以便找到六花以及一起被监禁的女儿美有的所在之处并救出她们。然而，通路线路被加密，要逆探知非常困难。现马不能长时间等待，在发现大致区域后，就不顾危险，尝试突破警方的包围圈。不久后，CTU在堇的电脑上发现了加密邮件，好不容易才判明的邮件上，显示发件人是“ted福井”这个可疑的名字。接到南条报告后，现马策划与“ted福井”接触，采取大胆行动。就在这时，在CTU第一支部，九死一生的丽，以及神林那里，都受到令人震惊的通知。

因为被怀疑是暗杀朝仓丽的犯人，CTU第一支部A班班长被解职。他逃脱了警察的追捕，还绑架了被认为与暗杀计划有关的投资公司社长Ted福井。他想问出被神林民三绑架的妻子六花和女儿美有的下落。但是，Ted却一口咬定不知道，就算是与暗杀计划关联者的交集也佯装不知。另一方面，负责分析失事客机乘客数据的南条巧发现，在暗杀未遂的现场逃走的摄影师皆川恒彦的姓名数据被人消除了。也就是说，皆川早在暗杀发生前数小时就已经死于坠机事故。终于，现马得知某个男人紧急约见Ted。他请A班的水石伊月调查那个男人的情况，同时，他自己去见那个身份不明的男人。然而就在这时，Ted持刀袭击了现马，而且说这一切都是现马自作自受，要现马接受报应。这时，六花和美有也面临着生命危险。为完成暗杀丽的计划而着手二号作战计划的幕后黑手安德烈·林命令神林杀了她二人。

CTU第一支部A班的前班长现马因涉嫌暗杀日本首位女性总理候选人朝仓丽而展开逃亡。这时，现马与与丽的暗杀计划有关的神林民三的手下音守清介接触。他要音守清介带他去监禁着被神林绑架的六花、美有的基地。与此同时，现马与水石伊月联络。为了正确找出基地的位置，他让伊月秘密追踪自己手机的GPS。然而现在伊月的行动正被致力于抓住现马的A班现任班长小畑绿子彻底监视。她使用强硬手段，逼问伊月和南条巧，要他们供出现马的下落。现马躲过神林的追捕，潜入了基地，终于与心爱的妻女相见。不过，此前不久，六花和美有射杀了想要杀她们的神林的手下。神林为手下迟迟不归感到奇怪。这时，地下情报员上州正企图完全消除丽的儿子子夕太所谓正当防卫而杀人的事实。如此一来，知晓夕太秘密的葵塔子的生命就面临危险。有着不好预感的丽不顾自己身处险境，做出了一个决定。

在实施暗杀朝仓丽的恐怖计划的神林民三的手下长谷部研矢帮助下，现马救出被监禁在神林基地的妻子六花、女儿美有。但是，在神林穷追不舍之下，现马和妻女走散了。他到处寻找六花和美有，最终和神林正面对决。另一方面，丽被无法忽视的怀疑折磨着。知道她儿子夕太因正当防卫杀人的葵塔子死于意外事故。丽认为是上州为抹去夕太杀人的事而杀了葵塔子，准备告发所有的事。但是，以其丈夫遥平为首的她左右的人纷纷进言，那些话动摇着她的决心。与此同时，CTU方面得知自杀的内奸明智菫在五个月中给她母亲的账户存入了大量金钱。伊月和南条巧调查菫的账户的存款记录后，怀疑现马七年前执行的机密任务“夜幕作战”与这次的暗杀计划有关联，便展开详细调查。于是，表明暗杀丽的计划仍未终止的“令人震惊的事实”浮出水面。

现马终于救出了被恐怖分子绑架的妻女。他把二人送到医院，自己则为了接受审问留在CTU。但是，现马心中隐隐不安，就请A班的水石伊月去看一下妻子的情形。伊月马上赶到医院，但是她在六花、美有所住的病房遇到某个人，马上有了不祥的预感。这时，一度被现马阻止的刺杀日本初位女性首相候选人朝仓丽的计划又一次秘密启动了。在幕后黑手林的指挥下，新的恐怖分子进入日本。A班的密码解析系长南条巧得到这个情报，向新任班长小畑绿子报告，并提议马上让在座的丽避难。另一方面，丽被地下情报员上州威胁，决定不追究知道儿子夕太正当防卫杀人之事的心理咨询专家葵塔子之死的真相。夕太怀疑葵是被人杀害，准备报警，丽与他正面发生冲突。就在这时，在丽的周围，一个令人意外的人物开始采取奇怪的行动。另外，调查了现马的经历后，丽自身也做出了让CTU吃惊的行动。

被恐怖集团定为暗杀目标的朝仓丽突拜访CTU第一支部，要求马上与现马会面。她不知道数小时前当她被暗杀时是现马救了她的了，以为现马才是主犯。与丽对峙时，现马真诚的解释误会，回顾起七年前的“夜幕作战”。那件事被认为是将他们二人与这次的暗杀计划联系起来的“起点”。这时，虽然想不出这次的离奇暗杀计划的动机，但现马和丽都意识到这次的作战背后隐藏的东西。二人马上联络当时因为丽指名而负责指挥“夜幕作战”的CTU大阪支部的番场卫二，准备通过合作来获得与暗杀计划有关的情报。另一方面，恐怖集团的幕后黑手安德烈·林的弟弟阿莱克斯·林为丽的选举工作人员真行寺三保设下甜蜜陷阱，秘密获得了时间一再变化的丽的行动计划情报。他来到基地，宣布要在今天暗杀丽。这时，被现马从恐怖分子基地救出的六花、美有母女在水石伊月等人保护下，前往秘密住宅。但六花突然腹痛。

现马官复原职，他和朝仓丽认为二人共同经历的“夜幕作战”与此次暗杀丽的计划的动机有关。但是，指挥那次作战的CTU大阪支部的番场卫二被人杀害。现马从番场处收到的“被有意删除的一部分数据”中发现了三个杀手的照片。而其中一个人——阿莱克斯·林就是死于“夜幕作战”的恐怖组织前任头目的儿子。现马很快从丽那里得知她的竞选工作人员真行寺三保与阿莱克斯是男女朋友关系，他们正在酒店约会。现马为秘密追踪阿莱克斯的动向，而制订了周密的计划。然而，他接到由CTU东京本部第一支部部长鬼束指挥这次任务的紧急通知。这时，安德烈·林所率的恐怖分子也虎视眈眈，准备收拾被保护在隐藏住宅里的六花母女。尽管有CTU重兵保护，但恐怖分子仍向这对母女伸出了魔爪。就在此时，一边担心着妻女一边拼命执行绝密任务的现马，也迎来了完全没有预想到的“可怕的命运”。

安德烈·林所率的恐怖集团计划杀害现马的妻子六花、女儿美有。他们突破CTU布下的警卫，袭击六花、美有藏身的房子。六花、美有拼命乘车逃走。但是，半路上，六花为了观察追兵的动静离开汽车，而载着美有的车子在她眼前坠下悬崖。六花受刺激过重失忆了，不记得亲爱的家人，也不记得自己是何人。她被偶然路过的女性开车带走。另一方面，美有侥幸逃生，她惊恐地打电话给CTU向父亲求救，但是现马有新任务不在办公室。走投无路的美有只得向曾经绑架过自己和母亲但最终放自己逃走的长谷部求助。现马此时正为再度阻止暗杀朝仓丽的计划而守在阿莱克斯·林与真行寺三保密会的地方。在现马、水石伊月以及机动部队的严密监视中，为帮助CTU搜查，三保准备在阿莱克斯的钱包里放进追踪器。但是，来到约会地点的阿莱克斯马上就注意到她情况不对。结果，发生了超出现马他们预期的最坏的事态。

丽的竞选工作人员得知自己被计划暗杀朝仓丽的恐怖集团分子阿莱克斯·林利用后勃然大怒。CTU第一支部A班班长现马等人准备再度阻止暗杀计划，正当他们进行秘密 监视时，三保刺杀了阿莱克斯。紧接着，现马得知阿莱克斯约好送巨款给某人，便想出一个大胆的计划。他说要乔装成阿莱克斯，查出对方是谁。现马与水石伊月一起前往交钱地点。CTU东京本部第一支部长鬼束元司打来电话说派张本哲二作为支援。但是，张本因为某事而极度仇视现马。果不其然，张本的加入使乔装作战发生大乱子。地下情报员上州杀害了知晓朝仓丽儿子夕太正当防卫杀人的咨询师，并伪装成事故嫁祸给夕太，丽决定将与此有关的决定性证据交给警方。然而，某个要阻止她的人物暗中展开行动。这时，一只魔爪再度伸向在躲避恐怖集团追杀途中失散的现马之妻六花和女儿美有。

现马为阻止再次刺杀朝仓丽的计划，与恐怖分子阿莱克斯·林展开作战。他得知阿莱克斯·林花重金雇人在晚上七点二十分到二十五分之间让位于御殿场的某一地区停电。现马利用在政府内的人脉调查出那个地区是哪里。他与指挥作战全局的鬼束一起赶到现场。对于恐怖集团要那里停电的原因，虽然现马有一种说不出的违和感，但又找不到答案。另一方面，水石伊月打电话告诉鬼束，现马的妻子和女儿失踪了，请他传告现马。但是，鬼束不知出于什么考虑，向现马隐瞒了此事。这时，失忆的六花在朋友、医生浜畑圭介帮助下回到家中。而恐怖集团幕后黑手安德烈·林所派的杀手也侵入现马家，要杀死六花。与六花走散后藏身于长谷部研矢那里的美有也卷入了意想不到的麻烦中，完全无处可逃。而且，围绕着夕太所背负的问题，丽面临着家庭四分五裂的危机。就在这时，她那精神上被逼到绝境的女儿日奈突然发生了异变。

安德烈·林与阿莱克斯·林兄弟策划暗杀朝仓丽，以他二人为中心的恐怖组织准备在晚上七点二十分起让某个地方停电五分钟。那是个黑暗的地方，什么都没有。但是，现马凭直觉认为正是因为什么都没有所以才会发生什么。鬼束元司则断定在这里调查也是无用，要回CTU，而现马决定独自留在原地，专心在周围进行调查。现马果然猜中了，他发现了奇怪的设施。当他试图进入时，被一伙武装分子袭击，昏了过去。另一方面，受到恐怖分子暗杀的现马之妻六花在极限状态下受到刺激而恢复了记忆。这时，与六花走散了的美有不幸卷入了对秘密交易的搜查，被警方带走。她称自己的父亲是CTU，自己与交易无关。但是，更不走运的是，没有人相信她。就在这期间，事态在各地快速发展。总选举的投票终止时间快到了。丽带长子召开记者会，坦白一连串的丑闻，而她的丈夫遥平则冷冷地在背后说一切都结束了。他们之间迎来了无法修复的决裂时刻。现马判明了自己发现的施设的真面目以及林氏兄弟搞出翻天覆地大事件的真实目的。他终于接近了恐怖计划的“核心”。

现马终于与被移送到特殊罪犯监狱的前恐怖组织头目维克多·林对峙。不久后，维克多的长子安德烈在暗杀朝仓丽的同时进行计划帮父亲逃走，他炸了监狱的变电所。现马与维克多都在黑暗中动弹不得。现马联络鬼束，请求支援。鬼束虽然犹豫，但还是在请求本部长中曾根尚道裁决之前，安排了支援部队。这时，选举开票了。根据山口调查，民生党获得压倒性优势，党首朝仓丽松了一口气。但是，现马却连喘口气儿时间都没有。在他等待救援期间，安德烈带着恐怖集团的手下们冲到现马面前。如愿会面的维克多和安德烈父子以现马为人质，开始和CTU谈判。维克多因为现马指挥的消灭恐怖分子的作战而永远失去了妻女，他声称这次要让现马尝尝这样的痛苦。在希望等于零的状况下，现马身心都被逼入绝境。另一方面，独自下令派出支援部队的鬼束，现马的妻子六花、女儿美有，都陷入了残酷的致命危机。就在这时，南长巧怀疑起CTU内部的某个人。

从秘密监狱逃走的维克多·林与长子安德烈一起以现马和其女儿美有为人质，换回被CTU扣押的次男阿莱克斯。维克多父子按与CTU的约定释放了现马，但实际上他们暗中以美有的性命要胁现马做两件事。一是去找朝仓丽，要求她解封被政府冻结的维克多的资产；二是在指定时间取走安德烈准备的手机交给丽。维克多父子想等确认资产解封后，再让现马杀了丽。现马要救女儿，也要救丽，只能佯装听从维克多父子指示，预约与丽见面。这时，在CTU，南条巧带给水石伊月一个令人不安的情报。维克多被移送的机密监狱的图纸被人改了。而且，根据对图纸数据的访问数据的调查结果，很可能是CTU内部的人动的手脚。这时，与丽面谈的现马已经了解事件的全貌，他请求丽与维克多父子通话以争取时间。然而，等待产的是更加无法预测的事态。

朝仓丽再次成为恐怖分子头目维克多·林与长子安德烈的暗杀目标，在现马帮助下才九死一生。然而，如果维克多父子知道暗杀失败，就会杀死手中的人质——现马的女儿美有。为了救美有的命，丽发表了自己被杀死的假情报。现马准备以自己换美有，应维克多父子的要求，前往指定地点。但是，他到达指定地点附近时，接到了维克多父子的电话，得知对方已经得知丽仍然活着。现马相信CTU内还有一个内鬼，急忙打电话回CTU。另一方面，美有逃出监禁之地，求CTU东京总部第一支部长鬼束元司帮助父亲现马。鬼束急忙派CTU部队到现马所前往的地方。然而，维克多掌握了CTU的动向，开始引诱现马现身。现马以为女儿已死，闯进维克多父子所在之处，充满仇恨地举枪相向。