Au cœur des Landes, au cours de la grande tempête de 1999, Charlotte Meyer, 11 ans, disparaît sans laisser de traces. Le capitaine Pierre Castaing, en charge de l’enquête, doit relâcher son suspect, Serge Fouquet, faute de preuves. A quelques centaines de kilomètres de là, Sarah, une jeune enquêtrice de la Brigade des mineurs, se trouve confrontée à une autre disparition de fillette impliquant le même suspect.

Sarah veut joindre l’affaire concernant la disparition de Charlotte Meyer à celle de Fanny Vidal, la nouvelle petite victime qu’elle attribue à Fouquet. Mais au cours d’un interrogatoire le suspect manipule Sarah et la pousse à la faute, remettant en cause sa place dans l’enquête.

Fouquet apparaît comme un redoutable prédateur d’enfants. Sarah est persuadée de tenir l’auteur des disparitions de Charlotte Meyer et Fanny Vidal. Elle renoue avec Tony, sans savoir qu’il vient d’être incriminé dans sa propre enquête.

Tony est arrêté, mais nie avoir un lien avec les disparitions. Bien que Sarah soit retirée de l'affaire pour avoir été impliquée avec le suspect, elle enquête secrètement sur l'affaire Meyer et découvre un indice important.

L'ADN trouvé sur les bottes de Meyer conduit à un suspect féminin surprenant. Réalisant que cette femme est également impliquée dans la disparition de Vidal, Sarah se lance dans une course pour retrouver la petite fille avant qu'elle ne subisse le même sort que Charlotte, dans le final.