As the year 3000 approaches, a war-torn Solar System is invaded by the Imperial Alliance in search of a supreme being, the F-01. The experimental X Bomber spacecraft with its young crew must discover the secret of F-01 and turn it against the Imperial Alliance or all will be lost.

تدور أحداث المسلسل في العام 2999 وقبل بداية الألفية الرابعة حيث يسعى أسطول جيرما للهيمنة على جميع الكواكب وللحصول على لغز المسلسل صفر صفر واحد الموجود في الأرض ويهدد الأرض بالغزو، وبعد فشل جميع جيوش الدفاع أمام جيش أسطول جيرما وغير مدركين لأهميه اللغز صفر واحد الذي لايعرف سره إلا الدكتور معروف الذي اختفاء منذ فترة بعيدة، عندها يقوم طاقم المركبة إكس بومبر التابعة لمركز الدفاع عن الأرض بالتصدي للغزاة من قاعدة القمر رغم أن هذا السلاح إكس بومبر لم يكتمل بعد فهل ينجحون وماهو اللغز صفر صفر واحد.

Als het jaar 3000 nadert, wordt een door oorlog verscheurd zonnestelsel binnengevallen door de Keizerlijke Alliantie op zoek naar een opperwezen, de F-01. Het experimentele X Bomber-ruimtevaartuig met zijn jonge bemanning moet het geheim van F-01 ontdekken en het tegen de Keizerlijke Alliantie keren, anders is alles verloren.

À l’approche de l’année 3000, un système solaire déchiré par la guerre est envahi par l’Alliance impériale à la recherche d’un être suprême, le F-01. Le vaisseau spatial expérimental Bomber X avec son jeune équipage doit découvrir le secret du F-01 et le tourner contre l’Alliance impériale, sinon tout sera perdu.

西暦2999年。第三次星間戦争が終結し、ようやく戻った宇宙の平和も、ゲルマ帝国の侵攻によって打ち破られた。強力な戦力で地球防衛軍・冥王星基地を壊滅させたその先遣艦隊は、なおも地球へと迫る。この危機を救えるのはドクトル・ベンが秘かに進めていた「X計画」だけだ！そう判断した防衛軍長官、ジェネラル・黒田は、要となるXボンバーのパイロットとして、3人の若者・銀河シロー、ボンゴ・ヘラクレス、ビッグマン・リーをベンの下へ派遣する。ゲルマ帝国の探し求める「F－01」とは？そしてその鍵を握る謎の美少女ラミアの正体は？全宇宙の命運を賭けた、Xボンバーとゲルマ帝国の戦いがはじまった。

A medida que se acerca el año 3000, la Alianza Imperial invade un Sistema Solar devastado por la guerra en busca de un ser supremo, el F-01. La nave espacial experimental X Bomber con su joven tripulación debe descubrir el secreto del F-01 y volverlo contra la Alianza Imperial o todo se perderá.