Après sa fuite de Tokyo Jupiter avec Haruka, Ayato commence à se poser de nombreuses questions : pourquoi est-ce que sa mère a du sang bleu ? Reika est-elle morte lors de l'affrontement avec les deux dolems de Mu ? Il va alors se retrouver dans l'autre monde qu'il croyait à jamais détruit. Il y a plus d'hommes sur Terre qu'il ne le croyait, il reste d'autres villes et d'autres pays qu'il croyait disparus. Un doute l'assaille lorsqu'il arrive à rentrer en contact avec sa mère par téléphone alors qu'elle se trouve toujours dans Tokyo Jupiter.

Elfie et quatre autres pilotes rejoignent l'organisation de Terra et intègrent le bataillon Alpha. Les forces de coalition quant à elles y dépêchent Isshiki. Alors qu'Elfie est en danger en combattant un Dolem, elle est sauvée de justesse par le Rahxephon qui encaisse le rayon d'énergie à sa place. Ayato est en danger et c'est alors qu'il aperçoit...

Kisaragi Quon continue sa période de léthargie. La fondation Barbemu veille alors sur elle sans discontinuer, mais un jour, elle disparaît sans prendre son système de survie. Après que Quon ait rencontré Reika, elle se rend auprès d' Ayato et s'apprête à lui révéler son secret quand un Dolem fait son apparition. Ayato et le RahXephon se préparent à lutter contre lui, lorsque Quon apparaît soudainement dans le cockpit du Dolem...

Ayato et Quon se dirigent vers Tokyo avec Rahxephon. Isshiki ordonne à Elfie de partir au combat à bord du Vermillon. Mais Elfie emmène Haruka à son bord, sans aucune autorisation. Un Dorem, Allegretto, fait alors son apparition et se dirige vers Ayato. Haruka essaie de suivre Rahxephon, mais celui ci disparait dans un couloir dimensionnel et disparait au sein de Tokyo Jupiter. Là, Ayato va retrouver sa mère et apprendre qui elle est en réalité.

Après avoir caché le RahXephon, dans un lac tout proche, Ayato s'enfuit avec Hiroko, de Tokyo Jupiter. Il décide de se cacher avec Hiroko dans un hôtel. Ils surviennent à leurs besoins grâce à divers petits boulots. Otogami et Terra sont aussi à la recherche d'Ayato. La ville est soudain attaquée par un Dolem. Ayato jure de protéger Hiroko.

Haruka décide de quitter Terra et de ne plus obéir à Isshiki. Quon, sur l'île de Barbemu, continue tranquillement de jouer du piano. Reika apparait alors. Elle est en fait Ishtori. Ishtori apparaît devant Quon. C'est à ce moment que l'œuf dimensionnel noir éclot... Le dôme est enfin détruit mais cela entraîne alors des effets inattendus...